YuLab-SMU/MicrobiotaProcess

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:microbe: A comprehensive R package for deep mining microbiome

スター: 195
フォーク: 36
オープンの初心者向け issue: 0
索引済み issue: 93

主要言語: R
ライセンス: ライセンスのデータがありません
最終 GitHub push: 2026年4月2日
最新の索引: 2026年9月21日
コントリビューションガイド: コントリビューションガイドがありません
行動規範: 行動規範がありません
初心者向けラベル: 初心者向けラベルは索引されていません
PR マージ指標: 30日以内にマージされた PR はありません

初心者向けすべて

オープンすべて

ggdiffclade-No documentation for ‘offspring.tbl_tree_item’ in specified packages and libraries オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#136 · 2025年12月5日に作成
Exporting rarefied matrix from mpse object? オープン

難易度 1/5 1時間未満初心者へのやさしさ 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#134 · 2025年5月19日に作成
Could the function mp_plot_alpha() display the statistical value of the non-parametric tests ? オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#133 · 2025年5月15日に作成
Bracken to MPSE オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#132 · 2025年4月14日に作成
could you provide your custom color palette? オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#131 · 2025年2月14日に作成
Extract abundance of mp_diff_analysis results オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 30/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#130 · 2025年2月3日に作成
How do I get the same color as the species map ? オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#129 · 2024年12月28日に作成
Error in seq_len: argument must be coercible to non-negative integer オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#128 · 2024年12月24日に作成
R crash when mp is opened オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 20/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#127 · 2024年11月27日に作成
error while running mp_balance_clade オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#126 · 2024年11月21日に作成
Import phyloseq tax_table deactivating fillNAtax オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#125 · 2024年11月7日に作成
alpha index statistics オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 48/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#124 · 2024年9月15日に作成
Issue in ggdiffclade オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 42/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#123 · コメント 1 件 · 2024年7月24日に作成
rarefy Abundance and rare abundance オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#122 · 2024年5月6日に作成
Exporting MPSE generated variables オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#121 · コメント 2 件 · 2024年5月5日に作成
Using mp_diff_analysis for FAPROTAX functional data and visualization オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 20/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#120 · 2024年5月1日に作成
如何通过物种丰度矩阵，物种分类表，样本分组信息构建MPSE对象オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 30/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#118 · 2024年4月12日に作成
ggrarecurve报错Error in if (obj %>% rowSums %>% var != 0 && !force) オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#117 · コメント 1 件 · 2024年4月7日に作成
Report: Large memory usage when run `mp_cal_abundance` オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#115 · コメント 1 件 · 2024年3月5日に作成
Possible to calculate diff_analysis with less than 5 sample per group ? オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#113 · コメント 2 件 · リアクション 2 件 · 2023年12月22日に作成
add labels to plot from ggrarecurve オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#111 · 2023年12月13日に作成
diff_analysis with multiple groups オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#110 · 2023年12月5日に作成
diff_analysis without rarefying オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 30/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#109 · 2023年12月5日に作成
diff_analysis in ver 1.14.0 オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#108 · 2023年12月1日に作成
Confidance interval returns NA values オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 45/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#107 · 2023年11月9日に作成
mp_diff_analysis with CoDA algorithms オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#106 · 2023年11月5日に作成
Error occurred while parsing the output of qiime2 オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#102 · 2023年8月24日に作成
How to add the p value to the marginal box-andwhisker of the PCo plot オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#101 · 2023年8月23日に作成
Include the percentage values in the stacked plots オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#100 · コメント 5 件 · 2023年8月18日に作成
rmun NOT work by default オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#99 · コメント 1 件 · 2023年8月17日に作成
updated mp_import_humann_regroup to keep the abundance of contributed taxa オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 28/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#98 · 2023年8月15日に作成
The normalisation in getpcoa() function does not work オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#96 · コメント 2 件 · 2023年7月26日に作成
关于mp_import_metaphlan中输入treefile错误的问题オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#95 · コメント 2 件 · 2023年7月17日に作成
如何调整Biomarker可视化过程中，显示label的数量オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#94 · コメント 3 件 · 2023年6月7日に作成
test_differential_abundance with batch effect オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#93 · コメント 3 件 · 2023年5月19日に作成
About mp_rrarefy and mp_cal_rarecurve オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#90 · コメント 4 件 · 2023年4月19日に作成
Wrong: no applicable method for 'unnest' applied to an object of class オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#89 · コメント 2 件 · 2023年4月18日に作成
Error of mp_import_metaphlan オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#88 · コメント 7 件 · 2023年4月13日に作成
include.lowest = FALSE in mp_filter_taxa seems not work オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#86 · コメント 1 件 · 2023年3月30日に作成
Rarecurve output range オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#85 · コメント 3 件 · 2023年3月26日に作成
No method defined for class MPSE. オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#84 · コメント 1 件 · 2023年3月6日に作成
Problem with the ggtree and ggtree extra オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#83 · コメント 5 件 · 2023年3月1日に作成
mp_plot_diff_manhattan mp_plot_diff_cladogram set_diff_boxplot_color オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#82 · コメント 1 件 · 2023年2月28日に作成
!!!!! ggdiffclade issue オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 30/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#81 · コメント 3 件 · 2023年2月21日に作成
ggbox - testmethod and p-value correction オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#79 · コメント 1 件 · 2022年12月9日に作成
PCoA ordination of beta diversity along with genera and other environmental factors? オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#78 · コメント 4 件 · 2022年11月22日に作成
mp_extract_abundance() errors? オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#77 · コメント 4 件 · 2022年11月21日に作成
rarefaction for first quartile? オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#76 · コメント 5 件 · 2022年11月21日に作成
Is there any easy way to assign a universal color pattern for taxa between different MPSEs? オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 30/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#75 · コメント 1 件 · 2022年11月11日に作成
biomarker discovery オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#74 · コメント 5 件 · 2022年11月7日に作成

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