YuLab-SMU/MicrobiotaProcess

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:microbe: A comprehensive R package for deep mining microbiome

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Issue aperte per principianti: 0
Issue indicizzate: 93

Lingua principale: R
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Ultimo push su GitHub: 2/4/2026
Ultima indicizzazione: 21/9/2026
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Label per principianti: Nessuna label per principianti indicizzata
Metriche di merge delle PR: Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Adatte ai principianti Tutto

Aperta Tutte

ggdiffclade-No documentation for ‘offspring.tbl_tree_item’ in specified packages and libraries Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#136 · Aperta il 5/12/2025
Exporting rarefied matrix from mpse object? Aperta

Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#134 · Aperta il 19/5/2025
Could the function mp_plot_alpha() display the statistical value of the non-parametric tests ? Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#133 · Aperta il 15/5/2025
Bracken to MPSE Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#132 · Aperta il 14/4/2025
could you provide your custom color palette? Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#131 · Aperta il 14/2/2025
Extract abundance of mp_diff_analysis results Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 30/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#130 · Aperta il 3/2/2025
How do I get the same color as the species map ? Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#129 · Aperta il 28/12/2024
Error in seq_len: argument must be coercible to non-negative integer Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#128 · Aperta il 24/12/2024
R crash when mp is opened Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 20/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#127 · Aperta il 27/11/2024
error while running mp_balance_clade Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#126 · Aperta il 21/11/2024
Import phyloseq tax_table deactivating fillNAtax Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#125 · Aperta il 7/11/2024
alpha index statistics Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 48/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#124 · Aperta il 15/9/2024
Issue in ggdiffclade Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 42/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#123 · 1 commento · Aperta il 24/7/2024
rarefy Abundance and rare abundance Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#122 · Aperta il 6/5/2024
Exporting MPSE generated variables Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#121 · 2 commenti · Aperta il 5/5/2024
Using mp_diff_analysis for FAPROTAX functional data and visualization Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#120 · Aperta il 1/5/2024
如何通过物种丰度矩阵，物种分类表，样本分组信息构建MPSE对象 Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 30/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#118 · Aperta il 12/4/2024
ggrarecurve报错Error in if (obj %>% rowSums %>% var != 0 && !force) Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#117 · 1 commento · Aperta il 7/4/2024
Report: Large memory usage when run `mp_cal_abundance` Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#115 · 1 commento · Aperta il 5/3/2024
Possible to calculate diff_analysis with less than 5 sample per group ? Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#113 · 2 commenti · 2 reazioni · Aperta il 22/12/2023
add labels to plot from ggrarecurve Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#111 · Aperta il 13/12/2023
diff_analysis with multiple groups Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#110 · Aperta il 5/12/2023
diff_analysis without rarefying Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 30/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#109 · Aperta il 5/12/2023
diff_analysis in ver 1.14.0 Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#108 · Aperta il 1/12/2023
Confidance interval returns NA values Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 45/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#107 · Aperta il 9/11/2023
mp_diff_analysis with CoDA algorithms Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#106 · Aperta il 5/11/2023
Error occurred while parsing the output of qiime2 Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#102 · Aperta il 24/8/2023
How to add the p value to the marginal box-andwhisker of the PCo plot Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#101 · Aperta il 23/8/2023
Include the percentage values in the stacked plots Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#100 · 5 commenti · Aperta il 18/8/2023
rmun NOT work by default Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#99 · 1 commento · Aperta il 17/8/2023
updated mp_import_humann_regroup to keep the abundance of contributed taxa Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 28/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#98 · Aperta il 15/8/2023
The normalisation in getpcoa() function does not work Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#96 · 2 commenti · Aperta il 26/7/2023
关于mp_import_metaphlan中输入treefile错误的问题 Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#95 · 2 commenti · Aperta il 17/7/2023
如何调整Biomarker可视化过程中，显示label的数量 Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#94 · 3 commenti · Aperta il 7/6/2023
test_differential_abundance with batch effect Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#93 · 3 commenti · Aperta il 19/5/2023
About mp_rrarefy and mp_cal_rarecurve Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#90 · 4 commenti · Aperta il 19/4/2023
Wrong: no applicable method for 'unnest' applied to an object of class Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#89 · 2 commenti · Aperta il 18/4/2023
Error of mp_import_metaphlan Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#88 · 7 commenti · Aperta il 13/4/2023
include.lowest = FALSE in mp_filter_taxa seems not work Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#86 · 1 commento · Aperta il 30/3/2023
Rarecurve output range Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#85 · 3 commenti · Aperta il 26/3/2023
No method defined for class MPSE. Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#84 · 1 commento · Aperta il 6/3/2023
Problem with the ggtree and ggtree extra Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#83 · 5 commenti · Aperta il 1/3/2023
mp_plot_diff_manhattan mp_plot_diff_cladogram set_diff_boxplot_color Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#82 · 1 commento · Aperta il 28/2/2023
!!!!! ggdiffclade issue Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 30/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#81 · 3 commenti · Aperta il 21/2/2023
ggbox - testmethod and p-value correction Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#79 · 1 commento · Aperta il 9/12/2022
PCoA ordination of beta diversity along with genera and other environmental factors? Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#78 · 4 commenti · Aperta il 22/11/2022
mp_extract_abundance() errors? Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#77 · 4 commenti · Aperta il 21/11/2022
rarefaction for first quartile? Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#76 · 5 commenti · Aperta il 21/11/2022
Is there any easy way to assign a universal color pattern for taxa between different MPSEs? Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 30/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#75 · 1 commento · Aperta il 11/11/2022
biomarker discovery Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#74 · 5 commenti · Aperta il 7/11/2022

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