YuLab-SMU/MicrobiotaProcess

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:microbe: A comprehensive R package for deep mining microbiome

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派生: 36
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已索引 issue: 93

主要语言: R
许可证: 没有许可证数据
最近 GitHub push: 2026年4月2日
最近索引: 2026年9月21日
贡献指南: 没有贡献指南
行为准则: 没有行为准则
新手标签: 没有已索引的新手标签
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适合新手全部

未关闭全部

ggdiffclade-No documentation for ‘offspring.tbl_tree_item’ in specified packages and libraries 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#136 · 2025年12月5日创建
Exporting rarefied matrix from mpse object? 未关闭

难度 1/5 1 小时以内新手友好度 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#134 · 2025年5月19日创建
Could the function mp_plot_alpha() display the statistical value of the non-parametric tests ? 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#133 · 2025年5月15日创建
Bracken to MPSE 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#132 · 2025年4月14日创建
could you provide your custom color palette? 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#131 · 2025年2月14日创建
Extract abundance of mp_diff_analysis results 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 30/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#130 · 2025年2月3日创建
How do I get the same color as the species map ? 未关闭

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#129 · 2024年12月28日创建
Error in seq_len: argument must be coercible to non-negative integer 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#128 · 2024年12月24日创建
R crash when mp is opened 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 20/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#127 · 2024年11月27日创建
error while running mp_balance_clade 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#126 · 2024年11月21日创建
Import phyloseq tax_table deactivating fillNAtax 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#125 · 2024年11月7日创建
alpha index statistics 未关闭

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 48/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#124 · 2024年9月15日创建
Issue in ggdiffclade 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 42/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#123 · 1 条评论 · 2024年7月24日创建
rarefy Abundance and rare abundance 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#122 · 2024年5月6日创建
Exporting MPSE generated variables 未关闭

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#121 · 2 条评论 · 2024年5月5日创建
Using mp_diff_analysis for FAPROTAX functional data and visualization 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 20/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#120 · 2024年5月1日创建
如何通过物种丰度矩阵，物种分类表，样本分组信息构建MPSE对象未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 30/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#118 · 2024年4月12日创建
ggrarecurve报错Error in if (obj %>% rowSums %>% var != 0 && !force) 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#117 · 1 条评论 · 2024年4月7日创建
Report: Large memory usage when run `mp_cal_abundance` 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#115 · 1 条评论 · 2024年3月5日创建
Possible to calculate diff_analysis with less than 5 sample per group ? 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#113 · 2 条评论 · 2 个 reaction · 2023年12月22日创建
add labels to plot from ggrarecurve 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#111 · 2023年12月13日创建
diff_analysis with multiple groups 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#110 · 2023年12月5日创建
diff_analysis without rarefying 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 30/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#109 · 2023年12月5日创建
diff_analysis in ver 1.14.0 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#108 · 2023年12月1日创建
Confidance interval returns NA values 未关闭

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 45/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#107 · 2023年11月9日创建
mp_diff_analysis with CoDA algorithms 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#106 · 2023年11月5日创建
Error occurred while parsing the output of qiime2 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#102 · 2023年8月24日创建
How to add the p value to the marginal box-andwhisker of the PCo plot 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#101 · 2023年8月23日创建
Include the percentage values in the stacked plots 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#100 · 5 条评论 · 2023年8月18日创建
rmun NOT work by default 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#99 · 1 条评论 · 2023年8月17日创建
updated mp_import_humann_regroup to keep the abundance of contributed taxa 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 28/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#98 · 2023年8月15日创建
The normalisation in getpcoa() function does not work 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#96 · 2 条评论 · 2023年7月26日创建
关于mp_import_metaphlan中输入treefile错误的问题未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#95 · 2 条评论 · 2023年7月17日创建
如何调整Biomarker可视化过程中，显示label的数量未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#94 · 3 条评论 · 2023年6月7日创建
test_differential_abundance with batch effect 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#93 · 3 条评论 · 2023年5月19日创建
About mp_rrarefy and mp_cal_rarecurve 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#90 · 4 条评论 · 2023年4月19日创建
Wrong: no applicable method for 'unnest' applied to an object of class 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#89 · 2 条评论 · 2023年4月18日创建
Error of mp_import_metaphlan 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#88 · 7 条评论 · 2023年4月13日创建
include.lowest = FALSE in mp_filter_taxa seems not work 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#86 · 1 条评论 · 2023年3月30日创建
Rarecurve output range 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#85 · 3 条评论 · 2023年3月26日创建
No method defined for class MPSE. 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#84 · 1 条评论 · 2023年3月6日创建
Problem with the ggtree and ggtree extra 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#83 · 5 条评论 · 2023年3月1日创建
mp_plot_diff_manhattan mp_plot_diff_cladogram set_diff_boxplot_color 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#82 · 1 条评论 · 2023年2月28日创建
!!!!! ggdiffclade issue 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 30/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#81 · 3 条评论 · 2023年2月21日创建
ggbox - testmethod and p-value correction 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#79 · 1 条评论 · 2022年12月9日创建
PCoA ordination of beta diversity along with genera and other environmental factors? 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#78 · 4 条评论 · 2022年11月22日创建
mp_extract_abundance() errors? 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#77 · 4 条评论 · 2022年11月21日创建
rarefaction for first quartile? 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#76 · 5 条评论 · 2022年11月21日创建
Is there any easy way to assign a universal color pattern for taxa between different MPSEs? 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 30/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#75 · 1 条评论 · 2022年11月11日创建
biomarker discovery 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#74 · 5 条评论 · 2022年11月7日创建

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