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YuLab-SMU

索引済みのリポジトリ 19 件 · GitHub で見る

clusterProfiler
:bar_chart: A universal enrichment tool for interpreting omics data

R · スター 1234 個
ggtree
:christmas_tree:Visualization and annotation of phylogenetic trees

R · スター 933 個
enrichplot
Visualization of Functional Enrichment Result

R · スター 260 個
ChIPseeker
:dart: ChIP peak Annotation, Comparison and Visualization

R · スター 259 個
ggmsa
:traffic_light: Visualizing publication-quality multiple sequence alignment using ggplot2

R · スター 220 個
MicrobiotaProcess
:microbe: A comprehensive R package for deep mining microbiome

R · スター 195 個
ggbreak
:broken_heart: An implementation of scale functions for setting axis breaks of a 'gg' plot.

R · スター 148 個
aplot
Decorate a plot with associated information

R · スター 131 個
DOSE
:mask: Disease Ontology Semantic and Enrichment analysis

R · スター 125 個
treeio
:seedling: Base Classes and Functions for Phylogenetic Tree Input and Output

R · スター 105 個
ggtreeExtra
:lemon: Add Geom Layers On Circular Or Other Layout Tree Of “ggtree”

R · スター 99 個
biomedical-knowledge-mining-book
:book: Biomedical knowledge mining using GOSemSim and clusterProfiler

TeX · スター 96 個
aisdk
🤖 A production-grade framework for building AI-powered applications in R.

R · スター 76 個
GOSemSim
:golf: GO-terms Semantic Similarity Measures

R · スター 74 個
tidytree
:shower:A Tidy Tool for Phylogenetic Tree Data Manipulation

R · スター 61 個
ReactomePA
Reactome Pathway Analysis

R · スター 46 個
Rho
an agent-native desktop workbench for R

Rust · スター 33 個
sclet
A State-Aware Single-Cell and Spatial Transcriptomics Toolkit for SingleCellExperiment

R · スター 24 個
aisdk-docs
Documentation portal for the aisdk family of R packages (Quarto site)

スター 1 個

初心者向けすべて

オープンすべて

Proper GSEA for multi-gene orthogroups/families オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

YuLab-SMU/clusterProfiler#827 · 2026年9月9日に作成
plot_program_dotplot(source = "auto") fails because auto is not handled オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 78/100

YuLab-SMU/sclet#28 · コメント 1 件 · 2026年9月7日に作成
`RunSCENIC()` issues: basilisk environment setup, dependency compatibility, incorrect `prune2df()` call, and no resume support オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 32/100

YuLab-SMU/sclet#27 · コメント 1 件 · 2026年9月4日に作成
accurate Methods / Data Availability / References オープン

enhancement

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

YuLab-SMU/Rho#108 · 2026年8月30日に作成
[Rho-aware] R packages ship inst/rho.md to auto-register as a Rho Skill; adopt sclet as the pilot オープン

enhancement

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

YuLab-SMU/Rho#107 · 2026年8月30日に作成
RunKNNPredict() fails with dgCMatrix on BiocNeighbors 2.0.x オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 72/100

YuLab-SMU/sclet#25 · コメント 2 件 · 2026年8月28日に作成
[Question] fastMNN integration drops corrected embedding and original expression assays オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 48/100

YuLab-SMU/sclet#24 · コメント 1 件 · 2026年8月28日に作成
RunCellFate() fails due to unsatisfiable conda dependencies during environment creation オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

YuLab-SMU/sclet#23 · コメント 8 件 · 2026年8月26日に作成
ask_ai()每次运行第一次都会捕获到一个奇怪的内容オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 45/100

YuLab-SMU/aisdk#37 · コメント 1 件 · 2026年8月25日に作成
[Startup Reliability Epic] Unify fast bootstrap, managed dependencies, self-healing recovery, and compatibility admission オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

YuLab-SMU/Rho#106 · 2026年8月24日に作成
geom_cladelab shows up in all panels when using geom_facet オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 72/100

YuLab-SMU/ggtree#711 · 2026年8月21日に作成
[PLUGIN] 最小可用开发者底座：本地项目插件作者路径オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

YuLab-SMU/Rho#104 · 2026年8月21日に作成
[UX] Improve startup dependency diagnostics, keyboard navigation, and Console completion オープン

enhancement

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 30/100

YuLab-SMU/Rho#100 · 2026年8月20日に作成
Agent: "Assistant unavailable / not allowed in current project state" on macOS 0.4.0 stable despite valid Provider + Model + Act authorization オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

YuLab-SMU/Rho#97 · 2026年8月19日に作成
[Compute Topology] Add one Primary Workspace plus N heterogeneous Compute Environments オープン

enhancement

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

YuLab-SMU/Rho#96 · 2026年8月18日に作成
[Remote Compute] Introduce composable Execution Targets and a target-side Runtime Host オープン

enhancement

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

YuLab-SMU/Rho#95 · 2026年8月18日に作成
[P0 Agent Runtime] Provision and verify an isolated aisdk dependency environment オープン

bug enhancement

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

YuLab-SMU/Rho#94 · 2026年8月18日に作成
[P0 Runtime Reliability] Add supervision and self-healing recovery for Workspace R / Ark オープン

bug enhancement

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

YuLab-SMU/Rho#93 · 2026年8月18日に作成
[CI] Migrate GitHub Actions off the deprecated Node 20 runtime オープン

enhancement

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 38/100

YuLab-SMU/Rho#47 · 2026年8月12日に作成
[Release/Updater] 将 Update Site 纳入候选发布契约并保留幂等恢复オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

YuLab-SMU/Rho#27 · 2026年8月11日に作成
[Release/Windows] 使用 SignPath Foundation 为安装包增加 Authenticode 签名オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

YuLab-SMU/Rho#26 · コメント 9 件 · 2026年8月11日に作成
左边侧边栏希望可以点击路径进行切换オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 42/100

YuLab-SMU/Rho#22 · コメント 3 件 · 2026年8月10日に作成
[TRACKING] 插件系统：已实现运行时与最小可用开发者底座オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

YuLab-SMU/Rho#17 · 2026年8月10日に作成
enrichKEGG报错，无法连接使用オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

YuLab-SMU/clusterProfiler#825 · コメント 3 件 · 2026年8月8日に作成
model列表会定期更新吗？オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

YuLab-SMU/aisdk#35 · 2026年7月24日に作成
这个介绍页面的全家桶包少了一个好难受オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 68/100

YuLab-SMU/aisdk-docs#1 · 2026年7月24日に作成
Support for Gemini in Vertex AI Platform オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

YuLab-SMU/aisdk#34 · 2026年7月16日に作成
using aisdk in RStudio server オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 38/100

YuLab-SMU/aisdk#31 · コメント 1 件 · 2026年6月17日に作成
收集到的提问オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 15/100

YuLab-SMU/aisdk#30 · コメント 2 件 · 2026年6月10日に作成
关于默认工作目录问题オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 42/100

YuLab-SMU/aisdk#29 · コメント 1 件 · 2026年5月28日に作成
新的版本接受文字好像多行只能一行一行的处理了オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 45/100

YuLab-SMU/aisdk#28 · コメント 2 件 · 2026年5月28日に作成
enrichPathway doesn't run inside tryCatch オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

YuLab-SMU/ReactomePA#46 · 2026年4月30日に作成
How to collaborate with `geom_taxalink` to form a chordal graph オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 45/100

YuLab-SMU/ggtreeExtra#35 · 2026年4月22日に作成
groupGO函数运行失败オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 42/100

YuLab-SMU/clusterProfiler#815 · コメント 1 件 · 2026年4月3日に作成
Error: object ‘is_ggplot’ is not exported by 'namespace:ggplot2' Execution halted オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 30/100

YuLab-SMU/ggtree#704 · コメント 1 件 · 2026年3月7日に作成
issue in posterior probability mapping オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 25/100

YuLab-SMU/ggtree#702 · コメント 1 件 · 2026年1月31日に作成
plotAnnoBar warning message オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 45/100

YuLab-SMU/ChIPseeker#268 · コメント 1 件 · 2026年1月28日に作成
Some color schemes make black text hard to read. suggestion: adaptive text color オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

YuLab-SMU/ggmsa#73 · 2026年1月16日に作成
a logical issue: all overlapping features and peaks have a zero distance オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 45/100

YuLab-SMU/ChIPseeker#266 · 2025年12月31日に作成
Has this plot been removed in the latest version of the R package? オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 25/100

YuLab-SMU/clusterProfiler#799 · コメント 2 件 · 2025年12月9日に作成
ggdiffclade-No documentation for ‘offspring.tbl_tree_item’ in specified packages and libraries オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#136 · 2025年12月5日に作成
Can you fix the layout_dendrogram() issue, the scale is reversed オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 42/100

YuLab-SMU/ggtree#689 · 2025年12月5日に作成
cex_label_gene not working on v4.14.0 オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

YuLab-SMU/clusterProfiler#794 · コメント 1 件 · 2025年12月4日に作成
how to adjust position of geom_tippoint on a tree with equal_angle layout? オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 38/100

YuLab-SMU/ggtree#687 · コメント 2 件 · 2025年12月3日に作成
facet_widths not setting facet widths オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 55/100

YuLab-SMU/ggtree#685 · リアクション 1 件 · 2025年11月28日に作成
geom_strip breaks with aes(linetype) オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 45/100

YuLab-SMU/ggtree#676 · コメント 3 件 · 2025年10月29日に作成
Why does enrichKEGG() output include Category / Subcategory, but in my case gseKEGG() does not? オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 25/100

YuLab-SMU/clusterProfiler#787 · コメント 1 件 · 2025年10月8日に作成
facet_msa creates breaks in the graph and tiles are not square オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 38/100

YuLab-SMU/ggmsa#72 · コメント 1 件 · 2025年9月26日に作成
Needing more flexible parameter/argument adjustment of geom_seqlogo() オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 55/100

YuLab-SMU/ggmsa#71 · 2025年9月11日に作成
ChIPseeker annotation: adding a "multiple" category if a cluster overlaps with multiple features (e.g. exons and introns) オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

YuLab-SMU/ChIPseeker#260 · 2025年9月8日に作成

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