YuLab-SMU/MicrobiotaProcess

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:microbe: A comprehensive R package for deep mining microbiome

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Último push a GitHub: 2/4/2026
Última indexación: 21/9/2026
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Código de conducta: Sin código de conducta
Etiquetas para principiantes: Sin etiquetas para principiantes indexadas
Métricas de merge de PR: Sin PR fusionados en 30 d

Para principiantes Todo

Abierto Todos

ggdiffclade-No documentation for ‘offspring.tbl_tree_item’ in specified packages and libraries Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#136 · Abierto el 5/12/2025
Exporting rarefied matrix from mpse object? Abierto

Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#134 · Abierto el 19/5/2025
Could the function mp_plot_alpha() display the statistical value of the non-parametric tests ? Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#133 · Abierto el 15/5/2025
Bracken to MPSE Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#132 · Abierto el 14/4/2025
could you provide your custom color palette? Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#131 · Abierto el 14/2/2025
Extract abundance of mp_diff_analysis results Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 30/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#130 · Abierto el 3/2/2025
How do I get the same color as the species map ? Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#129 · Abierto el 28/12/2024
Error in seq_len: argument must be coercible to non-negative integer Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#128 · Abierto el 24/12/2024
R crash when mp is opened Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 20/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#127 · Abierto el 27/11/2024
error while running mp_balance_clade Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#126 · Abierto el 21/11/2024
Import phyloseq tax_table deactivating fillNAtax Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#125 · Abierto el 7/11/2024
alpha index statistics Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 48/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#124 · Abierto el 15/9/2024
Issue in ggdiffclade Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 42/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#123 · 1 comentario · Abierto el 24/7/2024
rarefy Abundance and rare abundance Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#122 · Abierto el 6/5/2024
Exporting MPSE generated variables Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#121 · 2 comentarios · Abierto el 5/5/2024
Using mp_diff_analysis for FAPROTAX functional data and visualization Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#120 · Abierto el 1/5/2024
如何通过物种丰度矩阵，物种分类表，样本分组信息构建MPSE对象 Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 30/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#118 · Abierto el 12/4/2024
ggrarecurve报错Error in if (obj %>% rowSums %>% var != 0 && !force) Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#117 · 1 comentario · Abierto el 7/4/2024
Report: Large memory usage when run `mp_cal_abundance` Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#115 · 1 comentario · Abierto el 5/3/2024
Possible to calculate diff_analysis with less than 5 sample per group ? Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#113 · 2 comentarios · 2 reacciones · Abierto el 22/12/2023
add labels to plot from ggrarecurve Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#111 · Abierto el 13/12/2023
diff_analysis with multiple groups Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#110 · Abierto el 5/12/2023
diff_analysis without rarefying Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 30/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#109 · Abierto el 5/12/2023
diff_analysis in ver 1.14.0 Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#108 · Abierto el 1/12/2023
Confidance interval returns NA values Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 45/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#107 · Abierto el 9/11/2023
mp_diff_analysis with CoDA algorithms Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#106 · Abierto el 5/11/2023
Error occurred while parsing the output of qiime2 Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#102 · Abierto el 24/8/2023
How to add the p value to the marginal box-andwhisker of the PCo plot Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#101 · Abierto el 23/8/2023
Include the percentage values in the stacked plots Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#100 · 5 comentarios · Abierto el 18/8/2023
rmun NOT work by default Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#99 · 1 comentario · Abierto el 17/8/2023
updated mp_import_humann_regroup to keep the abundance of contributed taxa Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 28/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#98 · Abierto el 15/8/2023
The normalisation in getpcoa() function does not work Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#96 · 2 comentarios · Abierto el 26/7/2023
关于mp_import_metaphlan中输入treefile错误的问题 Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#95 · 2 comentarios · Abierto el 17/7/2023
如何调整Biomarker可视化过程中，显示label的数量 Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#94 · 3 comentarios · Abierto el 7/6/2023
test_differential_abundance with batch effect Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#93 · 3 comentarios · Abierto el 19/5/2023
About mp_rrarefy and mp_cal_rarecurve Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#90 · 4 comentarios · Abierto el 19/4/2023
Wrong: no applicable method for 'unnest' applied to an object of class Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#89 · 2 comentarios · Abierto el 18/4/2023
Error of mp_import_metaphlan Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#88 · 7 comentarios · Abierto el 13/4/2023
include.lowest = FALSE in mp_filter_taxa seems not work Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#86 · 1 comentario · Abierto el 30/3/2023
Rarecurve output range Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#85 · 3 comentarios · Abierto el 26/3/2023
No method defined for class MPSE. Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#84 · 1 comentario · Abierto el 6/3/2023
Problem with the ggtree and ggtree extra Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#83 · 5 comentarios · Abierto el 1/3/2023
mp_plot_diff_manhattan mp_plot_diff_cladogram set_diff_boxplot_color Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#82 · 1 comentario · Abierto el 28/2/2023
!!!!! ggdiffclade issue Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 30/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#81 · 3 comentarios · Abierto el 21/2/2023
ggbox - testmethod and p-value correction Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#79 · 1 comentario · Abierto el 9/12/2022
PCoA ordination of beta diversity along with genera and other environmental factors? Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#78 · 4 comentarios · Abierto el 22/11/2022
mp_extract_abundance() errors? Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#77 · 4 comentarios · Abierto el 21/11/2022
rarefaction for first quartile? Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#76 · 5 comentarios · Abierto el 21/11/2022
Is there any easy way to assign a universal color pattern for taxa between different MPSEs? Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 30/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#75 · 1 comentario · Abierto el 11/11/2022
biomarker discovery Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#74 · 5 comentarios · Abierto el 7/11/2022

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