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YuLab-SMU

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clusterProfiler
:bar_chart: A universal enrichment tool for interpreting omics data

R · 1234 estrellas
ggtree
:christmas_tree:Visualization and annotation of phylogenetic trees

R · 933 estrellas
enrichplot
Visualization of Functional Enrichment Result

R · 260 estrellas
ChIPseeker
:dart: ChIP peak Annotation, Comparison and Visualization

R · 259 estrellas
ggmsa
:traffic_light: Visualizing publication-quality multiple sequence alignment using ggplot2

R · 220 estrellas
MicrobiotaProcess
:microbe: A comprehensive R package for deep mining microbiome

R · 195 estrellas
ggbreak
:broken_heart: An implementation of scale functions for setting axis breaks of a 'gg' plot.

R · 148 estrellas
aplot
Decorate a plot with associated information

R · 131 estrellas
DOSE
:mask: Disease Ontology Semantic and Enrichment analysis

R · 125 estrellas
treeio
:seedling: Base Classes and Functions for Phylogenetic Tree Input and Output

R · 105 estrellas
ggtreeExtra
:lemon: Add Geom Layers On Circular Or Other Layout Tree Of “ggtree”

R · 99 estrellas
biomedical-knowledge-mining-book
:book: Biomedical knowledge mining using GOSemSim and clusterProfiler

TeX · 96 estrellas
aisdk
🤖 A production-grade framework for building AI-powered applications in R.

R · 76 estrellas
GOSemSim
:golf: GO-terms Semantic Similarity Measures

R · 74 estrellas
tidytree
:shower:A Tidy Tool for Phylogenetic Tree Data Manipulation

R · 61 estrellas
ReactomePA
Reactome Pathway Analysis

R · 46 estrellas
Rho
an agent-native desktop workbench for R

Rust · 33 estrellas
sclet
A State-Aware Single-Cell and Spatial Transcriptomics Toolkit for SingleCellExperiment

R · 24 estrellas
aisdk-docs
Documentation portal for the aisdk family of R packages (Quarto site)

1 estrella

Para principiantes Todo

Abierto Todos

Proper GSEA for multi-gene orthogroups/families Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

YuLab-SMU/clusterProfiler#827 · Abierto el 9/9/2026
plot_program_dotplot(source = "auto") fails because auto is not handled Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 78/100

YuLab-SMU/sclet#28 · 1 comentario · Abierto el 7/9/2026
`RunSCENIC()` issues: basilisk environment setup, dependency compatibility, incorrect `prune2df()` call, and no resume support Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 32/100

YuLab-SMU/sclet#27 · 1 comentario · Abierto el 4/9/2026
accurate Methods / Data Availability / References Abierto

enhancement

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

YuLab-SMU/Rho#108 · Abierto el 30/8/2026
[Rho-aware] R packages ship inst/rho.md to auto-register as a Rho Skill; adopt sclet as the pilot Abierto

enhancement

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

YuLab-SMU/Rho#107 · Abierto el 30/8/2026
RunKNNPredict() fails with dgCMatrix on BiocNeighbors 2.0.x Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 72/100

YuLab-SMU/sclet#25 · 2 comentarios · Abierto el 28/8/2026
[Question] fastMNN integration drops corrected embedding and original expression assays Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

YuLab-SMU/sclet#24 · 1 comentario · Abierto el 28/8/2026
RunCellFate() fails due to unsatisfiable conda dependencies during environment creation Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

YuLab-SMU/sclet#23 · 8 comentarios · Abierto el 26/8/2026
ask_ai()每次运行第一次都会捕获到一个奇怪的内容 Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

YuLab-SMU/aisdk#37 · 1 comentario · Abierto el 25/8/2026
[Startup Reliability Epic] Unify fast bootstrap, managed dependencies, self-healing recovery, and compatibility admission Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

YuLab-SMU/Rho#106 · Abierto el 24/8/2026
geom_cladelab shows up in all panels when using geom_facet Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 72/100

YuLab-SMU/ggtree#711 · Abierto el 21/8/2026
[PLUGIN] 最小可用开发者底座：本地项目插件作者路径 Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

YuLab-SMU/Rho#104 · Abierto el 21/8/2026
[UX] Improve startup dependency diagnostics, keyboard navigation, and Console completion Abierto

enhancement

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 30/100

YuLab-SMU/Rho#100 · Abierto el 20/8/2026
Agent: "Assistant unavailable / not allowed in current project state" on macOS 0.4.0 stable despite valid Provider + Model + Act authorization Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

YuLab-SMU/Rho#97 · Abierto el 19/8/2026
[Compute Topology] Add one Primary Workspace plus N heterogeneous Compute Environments Abierto

enhancement

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

YuLab-SMU/Rho#96 · Abierto el 18/8/2026
[Remote Compute] Introduce composable Execution Targets and a target-side Runtime Host Abierto

enhancement

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

YuLab-SMU/Rho#95 · Abierto el 18/8/2026
[P0 Agent Runtime] Provision and verify an isolated aisdk dependency environment Abierto

bug enhancement

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

YuLab-SMU/Rho#94 · Abierto el 18/8/2026
[P0 Runtime Reliability] Add supervision and self-healing recovery for Workspace R / Ark Abierto

bug enhancement

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

YuLab-SMU/Rho#93 · Abierto el 18/8/2026
[CI] Migrate GitHub Actions off the deprecated Node 20 runtime Abierto

enhancement

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 38/100

YuLab-SMU/Rho#47 · Abierto el 12/8/2026
[Release/Updater] 将 Update Site 纳入候选发布契约并保留幂等恢复 Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

YuLab-SMU/Rho#27 · Abierto el 11/8/2026
[Release/Windows] 使用 SignPath Foundation 为安装包增加 Authenticode 签名 Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

YuLab-SMU/Rho#26 · 9 comentarios · Abierto el 11/8/2026
左边侧边栏希望可以点击路径进行切换 Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 42/100

YuLab-SMU/Rho#22 · 3 comentarios · Abierto el 10/8/2026
[TRACKING] 插件系统：已实现运行时与最小可用开发者底座 Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

YuLab-SMU/Rho#17 · Abierto el 10/8/2026
enrichKEGG报错，无法连接使用 Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

YuLab-SMU/clusterProfiler#825 · 3 comentarios · Abierto el 8/8/2026
model列表会定期更新吗？ Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

YuLab-SMU/aisdk#35 · Abierto el 24/7/2026
这个介绍页面的全家桶包少了一个好难受 Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 68/100

YuLab-SMU/aisdk-docs#1 · Abierto el 24/7/2026
Support for Gemini in Vertex AI Platform Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

YuLab-SMU/aisdk#34 · Abierto el 16/7/2026
using aisdk in RStudio server Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 38/100

YuLab-SMU/aisdk#31 · 1 comentario · Abierto el 17/6/2026
收集到的提问 Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 15/100

YuLab-SMU/aisdk#30 · 2 comentarios · Abierto el 10/6/2026
关于默认工作目录问题 Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 42/100

YuLab-SMU/aisdk#29 · 1 comentario · Abierto el 28/5/2026
新的版本接受文字好像多行只能一行一行的处理了 Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

YuLab-SMU/aisdk#28 · 2 comentarios · Abierto el 28/5/2026
enrichPathway doesn't run inside tryCatch Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

YuLab-SMU/ReactomePA#46 · Abierto el 30/4/2026
How to collaborate with `geom_taxalink` to form a chordal graph Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

YuLab-SMU/ggtreeExtra#35 · Abierto el 22/4/2026
groupGO函数运行失败 Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 42/100

YuLab-SMU/clusterProfiler#815 · 1 comentario · Abierto el 3/4/2026
Error: object ‘is_ggplot’ is not exported by 'namespace:ggplot2' Execution halted Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 30/100

YuLab-SMU/ggtree#704 · 1 comentario · Abierto el 7/3/2026
issue in posterior probability mapping Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

YuLab-SMU/ggtree#702 · 1 comentario · Abierto el 31/1/2026
plotAnnoBar warning message Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

YuLab-SMU/ChIPseeker#268 · 1 comentario · Abierto el 28/1/2026
Some color schemes make black text hard to read. suggestion: adaptive text color Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

YuLab-SMU/ggmsa#73 · Abierto el 16/1/2026
a logical issue: all overlapping features and peaks have a zero distance Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

YuLab-SMU/ChIPseeker#266 · Abierto el 31/12/2025
Has this plot been removed in the latest version of the R package? Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

YuLab-SMU/clusterProfiler#799 · 2 comentarios · Abierto el 9/12/2025
ggdiffclade-No documentation for ‘offspring.tbl_tree_item’ in specified packages and libraries Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#136 · Abierto el 5/12/2025
Can you fix the layout_dendrogram() issue, the scale is reversed Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 42/100

YuLab-SMU/ggtree#689 · Abierto el 5/12/2025
cex_label_gene not working on v4.14.0 Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

YuLab-SMU/clusterProfiler#794 · 1 comentario · Abierto el 4/12/2025
how to adjust position of geom_tippoint on a tree with equal_angle layout? Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 38/100

YuLab-SMU/ggtree#687 · 2 comentarios · Abierto el 3/12/2025
facet_widths not setting facet widths Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 55/100

YuLab-SMU/ggtree#685 · 1 reacción · Abierto el 28/11/2025
geom_strip breaks with aes(linetype) Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

YuLab-SMU/ggtree#676 · 3 comentarios · Abierto el 29/10/2025
Why does enrichKEGG() output include Category / Subcategory, but in my case gseKEGG() does not? Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

YuLab-SMU/clusterProfiler#787 · 1 comentario · Abierto el 8/10/2025
facet_msa creates breaks in the graph and tiles are not square Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 38/100

YuLab-SMU/ggmsa#72 · 1 comentario · Abierto el 26/9/2025
Needing more flexible parameter/argument adjustment of geom_seqlogo() Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 55/100

YuLab-SMU/ggmsa#71 · Abierto el 11/9/2025
ChIPseeker annotation: adding a "multiple" category if a cluster overlaps with multiple features (e.g. exons and introns) Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

YuLab-SMU/ChIPseeker#260 · Abierto el 8/9/2025

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