YuLab-SMU

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• Deploy as Docker and Galaxy interactive tool

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  YuLab-SMU/MicrobiomeProfiler#7 · Ouverte le 1/10/2026

• Are you moving away from supporting plotly integration?

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  YuLab-SMU/ggtree#712 · Ouverte le 28/9/2026

• `scale_y_break()` splits `facet_grid()` row strips across the broken panel pieces

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  YuLab-SMU/ggbreak#86 · Ouverte le 24/9/2026

• Proper GSEA for multi-gene orthogroups/families

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#827 · Ouverte le 9/9/2026

• plot_program_dotplot(source = "auto") fails because auto is not handled

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  YuLab-SMU/sclet#28 · 1 commentaire · Ouverte le 7/9/2026

• `RunSCENIC()` issues: basilisk environment setup, dependency compatibility, incorrect `prune2df()` call, and no resume support

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  YuLab-SMU/sclet#27 · 1 commentaire · Ouverte le 4/9/2026

• accurate Methods / Data Availability / References

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  YuLab-SMU/Rho#108 · Ouverte le 30/8/2026

• [Rho-aware] R packages ship inst/rho.md to auto-register as a Rho Skill; adopt sclet as the pilot

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  YuLab-SMU/Rho#107 · Ouverte le 30/8/2026

• RunKNNPredict() fails with dgCMatrix on BiocNeighbors 2.0.x

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  YuLab-SMU/sclet#25 · 2 commentaires · Ouverte le 28/8/2026

• [Question] fastMNN integration drops corrected embedding and original expression assays

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  YuLab-SMU/sclet#24 · 1 commentaire · Ouverte le 28/8/2026

• RunCellFate() fails due to unsatisfiable conda dependencies during environment creation

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  YuLab-SMU/sclet#23 · 8 commentaires · Ouverte le 26/8/2026

• ask_ai()每次运行第一次都会捕获到一个奇怪的内容

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  YuLab-SMU/aisdk#37 · 1 commentaire · Ouverte le 25/8/2026

• [Startup Reliability Epic] Unify fast bootstrap, managed dependencies, self-healing recovery, and compatibility admission

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  YuLab-SMU/Rho#106 · Ouverte le 24/8/2026

• geom_cladelab shows up in all panels when using geom_facet

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  YuLab-SMU/ggtree#711 · Ouverte le 21/8/2026

• [PLUGIN] 最小可用开发者底座：本地项目插件作者路径

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  YuLab-SMU/Rho#104 · Ouverte le 21/8/2026

• [UX] Improve startup dependency diagnostics, keyboard navigation, and Console completion

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  YuLab-SMU/Rho#100 · Ouverte le 20/8/2026

• Agent: "Assistant unavailable / not allowed in current project state" on macOS 0.4.0 stable despite valid Provider + Model + Act authorization

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  YuLab-SMU/Rho#97 · Ouverte le 19/8/2026

• [Compute Topology] Add one Primary Workspace plus N heterogeneous Compute Environments

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  YuLab-SMU/Rho#96 · Ouverte le 18/8/2026

• [Remote Compute] Introduce composable Execution Targets and a target-side Runtime Host

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  YuLab-SMU/Rho#95 · Ouverte le 18/8/2026

• [P0 Agent Runtime] Provision and verify an isolated aisdk dependency environment

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  YuLab-SMU/Rho#94 · Ouverte le 18/8/2026

• [P0 Runtime Reliability] Add supervision and self-healing recovery for Workspace R / Ark

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  YuLab-SMU/Rho#93 · Ouverte le 18/8/2026

• [CI] Migrate GitHub Actions off the deprecated Node 20 runtime

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  YuLab-SMU/Rho#47 · Ouverte le 12/8/2026

• [Release/Updater] 将 Update Site 纳入候选发布契约并保留幂等恢复

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  YuLab-SMU/Rho#27 · Ouverte le 11/8/2026

• [Release/Windows] 使用 SignPath Foundation 为安装包增加 Authenticode 签名

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  YuLab-SMU/Rho#26 · 9 commentaires · Ouverte le 11/8/2026

• 左边侧边栏希望可以点击路径进行切换

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  YuLab-SMU/Rho#22 · 3 commentaires · Ouverte le 10/8/2026

• [TRACKING] 插件系统：已实现运行时与最小可用开发者底座

  Peut-être à nouveau libre Une pull request pour cette issue a été fermée sans être fusionnée. Ouverte

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  YuLab-SMU/Rho#17 · Ouverte le 10/8/2026

• model列表会定期更新吗？

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  YuLab-SMU/aisdk#35 · Ouverte le 24/7/2026

• 这个介绍页面的全家桶包少了一个好难受

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  YuLab-SMU/aisdk-docs#1 · Ouverte le 24/7/2026

• Support for Gemini in Vertex AI Platform

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  YuLab-SMU/aisdk#34 · Ouverte le 16/7/2026

• using aisdk in RStudio server

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  YuLab-SMU/aisdk#31 · 1 commentaire · Ouverte le 17/6/2026

• 收集到的提问

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  YuLab-SMU/aisdk#30 · 2 commentaires · Ouverte le 10/6/2026

• 关于默认工作目录问题

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  YuLab-SMU/aisdk#29 · 1 commentaire · Ouverte le 28/5/2026

• 新的版本接受文字好像多行只能一行一行的处理了

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  YuLab-SMU/aisdk#28 · 2 commentaires · Ouverte le 28/5/2026

• enrichPathway doesn't run inside tryCatch

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  YuLab-SMU/ReactomePA#46 · Ouverte le 30/4/2026

• How to collaborate with `geom_taxalink` to form a chordal graph

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  YuLab-SMU/ggtreeExtra#35 · Ouverte le 22/4/2026

• groupGO函数运行失败

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#815 · 1 commentaire · Ouverte le 3/4/2026

• Error: object ‘is_ggplot’ is not exported by 'namespace:ggplot2' Execution halted

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  YuLab-SMU/ggtree#704 · 1 commentaire · Ouverte le 7/3/2026

• issue in posterior probability mapping

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  YuLab-SMU/ggtree#702 · 1 commentaire · Ouverte le 31/1/2026

• Some color schemes make black text hard to read. suggestion: adaptive text color

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  YuLab-SMU/ggmsa#73 · Ouverte le 16/1/2026

• ggdiffclade-No documentation for ‘offspring.tbl_tree_item’ in specified packages and libraries

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  YuLab-SMU/MicrobiotaProcess#136 · Ouverte le 5/12/2025

• Can you fix the layout_dendrogram() issue, the scale is reversed

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  YuLab-SMU/ggtree#689 · Ouverte le 5/12/2025

• how to adjust position of geom_tippoint on a tree with equal_angle layout?

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  YuLab-SMU/ggtree#687 · 2 commentaires · Ouverte le 3/12/2025

• facet_widths not setting facet widths

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  YuLab-SMU/ggtree#685 · 1 réaction · Ouverte le 28/11/2025

• geom_strip breaks with aes(linetype)

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  YuLab-SMU/ggtree#676 · 3 commentaires · Ouverte le 29/10/2025

• Why does enrichKEGG() output include Category / Subcategory, but in my case gseKEGG() does not?

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#787 · 1 commentaire · Ouverte le 8/10/2025

• facet_msa creates breaks in the graph and tiles are not square

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  YuLab-SMU/ggmsa#72 · 1 commentaire · Ouverte le 26/9/2025

• Needing more flexible parameter/argument adjustment of geom_seqlogo()

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  YuLab-SMU/ggmsa#71 · Ouverte le 11/9/2025

• ChIPseeker annotation: adding a "multiple" category if a cluster overlaps with multiple features (e.g. exons and introns)

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  YuLab-SMU/ChIPseeker#260 · Ouverte le 8/9/2025

• ChIPseeker configurations for custom annotations

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  YuLab-SMU/ChIPseeker#259 · Ouverte le 7/9/2025

• 4.16 bioconductor-clusterprofiler NOT available in https://anaconda.org/

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#784 · 1 commentaire · Ouverte le 27/8/2025