Tests involving Bioconductor objects

オープン

#9 2012年12月8日に作成コメント 2 件リアクション 0 件担当者 0 名 GitHub で見る

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評価

難易度: 5/5
見積もり時間: 1週間以上
初心者へのやさしさ: 25/100

issue の種類: 機能追加
明瞭さ: 説明が足りない
活発さ: 停滞
技術スタック: r
領域: testing

調査の方向性

No specific files or test entry points are named. Start by reviewing the existing tests for parallel functions and how package dependencies are declared; determine how to exercise IRanges, SimpleList, GRangesList, and XStringSet without adding a BiocParallel dependency. Done means coverage for these vector-like classes and a separate benchmark plan for backend speedups.

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

説明

Currently all tests are using primitive vectors and/or lists. Since the goal is for the parallel functions to work on anything implementing c, [, and [[, we should add tests that work on Bioconductor vector-like classes, such as IRanges, SimpleList, GRangesList, and XStringSet, etc.

Issues to be addressed:

How can we use a package in a test without making BiocParallel depend on that package?
We should benchmark to see what kind of speedup is achieved with various backends. For a big complex object like GRanges, there might be a lot of overhead from transferring data between workers, as well as the splitting and joining operations. This wouldn't be part of the normal tests though.

主要言語: R
スター: 69
フォーク: 32
PR マージ指標: 30日以内にマージされた PR はありません

コントリビューションガイド

このリポジトリのコントリビューションガイドは索引されていません

はじめの一歩

issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。

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