Tests involving Bioconductor objects

Đang mở

#9 mở ngày 8/12/2012 2 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó: 5/5
Thời gian dự kiến: Hơn một tuần
Mức phù hợp với người mới: 25/100

Loại issue: Tính năng
Độ rõ ràng: Cần làm rõ
Mức độ hoạt động: Đình trệ
Công nghệ: r
Lĩnh vực: testing

Hướng nghiên cứu

No specific files or test entry points are named. Start by reviewing the existing tests for parallel functions and how package dependencies are declared; determine how to exercise IRanges, SimpleList, GRangesList, and XStringSet without adding a BiocParallel dependency. Done means coverage for these vector-like classes and a separate benchmark plan for backend speedups.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

Currently all tests are using primitive vectors and/or lists. Since the goal is for the parallel functions to work on anything implementing c, [, and [[, we should add tests that work on Bioconductor vector-like classes, such as IRanges, SimpleList, GRangesList, and XStringSet, etc.

Issues to be addressed:

How can we use a package in a test without making BiocParallel depend on that package?
We should benchmark to see what kind of speedup is achieved with various backends. For a big complex object like GRanges, there might be a lot of overhead from transferring data between workers, as well as the splitting and joining operations. This wouldn't be part of the normal tests though.

Ngôn ngữ chính: R
Star: 69
Fork: 32
Chỉ số merge pull request: Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Hướng dẫn đóng góp

Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này

Bắt đầu từ đâu

Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của Bioconductor/BiocParallel

BatchtoolsParam handles reduce.in.order differently from others Đang mở

Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 65/100

Bioconductor/BiocParallel#286 · 1 bình luận · Mở ngày 28/5/2026
wrong args for environment subassignment Đang mở

Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 50/100

Bioconductor/BiocParallel#285 · Mở ngày 21/4/2026
futile.logger may be archived from CRAN Đang mở

Bioconductor/BiocParallel#284 · 2 bình luận · 1 người được giao · Mở ngày 24/12/2025
Problem to kill jobs with Rstudio Đang mở

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 25/100

Bioconductor/BiocParallel#283 · 2 bình luận · Mở ngày 16/12/2025
DoparParam: Captured stdout is relayed to stdout for some foreach adapters and stderr for others Đang mở

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100

Bioconductor/BiocParallel#277 · Mở ngày 19/5/2025

Tất cả issue của Bioconductor/BiocParallel

Issue tương tự

print.check_outliers() mislabels thresholds when method is a combination given in non-canonical order Đang mở

Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100

easystats/performance#950 · Mở ngày 23/9/2026
Adjust the cohort counts dissemination - only include cohorts in the manifest Đang mở

Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 70/100

OHDSI/Picard#129 · Mở ngày 23/9/2026
Unable to use 'start_time' 'end_time' params for get_airnow_monitors() Đang mở

Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100

briandconnelly/airnow#9 · Mở ngày 23/9/2026
plot.R: non-NA row-count filter collapses to a scalar, giving wrong point nudge spacing Đang mở

bug

Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100

Merck/forestly#161 · Mở ngày 23/9/2026
Copy cohorts to keep old cohorts Đang mở

Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100

OHDSI/CohortConstructor#774 · Mở ngày 23/9/2026

Thêm issue về R