Tests involving Bioconductor objects
Nadie ha tomado este issue todavía.
Evaluación
- Dificultad
- 5/5
- Tiempo estimado
- Más de una semana
- Aptitud para principiantes
- 25/100
Línea de trabajo
No specific files or test entry points are named. Start by reviewing the existing tests for parallel functions and how package dependencies are declared; determine how to exercise IRanges, SimpleList, GRangesList, and XStringSet without adding a BiocParallel dependency. Done means coverage for these vector-like classes and a separate benchmark plan for backend speedups.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Currently all tests are using primitive vectors and/or lists. Since the goal is for the parallel functions to work on anything implementing c, [, and [[, we should add tests that work on Bioconductor vector-like classes, such as IRanges, SimpleList, GRangesList, and XStringSet, etc.
Issues to be addressed:
- How can we use a package in a test without making BiocParallel depend on that package?
- We should benchmark to see what kind of speedup is achieved with various backends. For a big complex object like GRanges, there might be a lot of overhead from transferring data between workers, as well as the splitting and joining operations. This wouldn't be part of the normal tests though.
- Lenguaje dominante
- R
- Estrellas
- 69
- Forks
- 32
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Guía de contribución
No hay ninguna guía de contribución indexada para este repositorio
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
Más de Bioconductor/BiocParallel
-
Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 65/100
Bioconductor/BiocParallel#286 · 1 comentario ·
-
Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 50/100
Bioconductor/BiocParallel#285 ·
-
Bioconductor/BiocParallel#284 · 2 comentarios · 1 asignado ·
-
Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100
Bioconductor/BiocParallel#283 · 2 comentarios ·
-
DoparParam: Captured stdout is relayed to stdout for some foreach adapters and stderr for others Abierto
Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100
Bioconductor/BiocParallel#277 ·
Todos los issues de Bioconductor/BiocParallel
Issues similares
-
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 75/100
briandconnelly/airnow#9 ·
-
Copy cohorts to keep old cohorts Abierto
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 75/100
OHDSI/CohortConstructor#774 ·
-
pre-review R TeX Track: 5 (DSAIS)
Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 60/100
openjournals/joss-reviews#11330 · 7 comentarios ·
-
Release autosync 0.1.1 Abierto
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 75/100
-
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 75/100