Tests involving Bioconductor objects

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#9 aperta il 8/12/2012 2 commenti 0 reazioni 0 assegnatari Vedi su GitHub

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Valutazione

Difficoltà: 5/5
Tempo stimato: Più di una settimana
Idoneità per principianti: 25/100

Tipo di issue: Funzionalità
Chiarezza: Da chiarire
Stato di attività: Ferma
Stack tecnologico: r
Ambito: testing

Direzione di ricerca

No specific files or test entry points are named. Start by reviewing the existing tests for parallel functions and how package dependencies are declared; determine how to exercise IRanges, SimpleList, GRangesList, and XStringSet without adding a BiocParallel dependency. Done means coverage for these vector-like classes and a separate benchmark plan for backend speedups.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

Currently all tests are using primitive vectors and/or lists. Since the goal is for the parallel functions to work on anything implementing c, [, and [[, we should add tests that work on Bioconductor vector-like classes, such as IRanges, SimpleList, GRangesList, and XStringSet, etc.

Issues to be addressed:

How can we use a package in a test without making BiocParallel depend on that package?
We should benchmark to see what kind of speedup is achieved with various backends. For a big complex object like GRanges, there might be a lot of overhead from transferring data between workers, as well as the splitting and joining operations. This wouldn't be part of the normal tests though.

Lingua principale: R
Stelle: 69
Fork: 32
Metriche di merge delle PR: Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Guida per i contributori

Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository

Come iniziare

Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
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