Check ITS Taxon data
Nessuno ha ancora preso questa issue.
Valutazione
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Idoneità per principianti
- 25/100
- Tipo di issue
- Funzionalità
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Stato di attività
- Ferma
- Stack tecnologico
- r
- Ambito
- bioinformatics
Direzione di ricerca
Start with the ITS Blast sequence read file and select sequences from identified taxa, including taxa with multiple OTUs for one species. Save the BLAST results, check whether they indicate multiple possible species, and compare them with trnL BLASTs from species-identified OTUs, including their cutoffs.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
-
Submit sequences for some of the identified taxon in the ITS Blast sequence read file and save results. (Include some of the sequences where a single species has multiple OTUs associated with it
-
Check if these results give more than one possible species
-
Check these results against some trnL BLASTs using OTUs in our data identified to species. Are similar cutoffs being used?
- Lingua principale
- R
- Stelle
- 0
- Fork
- 1
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
Altre issue di weecology/Metabarcoding
-
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100
weecology/Metabarcoding#26 ·
-
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100
weecology/Metabarcoding#24 ·
-
Clean plant taxonomyAperta
Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100
weecology/Metabarcoding#22 ·
-
Remove hard pathsAperta
Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100
weecology/Metabarcoding#15 · 6 commenti ·
-
Create ITS OTU pipelineAperta
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100
weecology/Metabarcoding#14 · 1 commento ·
Tutte le issue di weecology/Metabarcoding
Issue simili
-
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 70/100
HelenaLC/spatialdataR#284 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
-
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 71/100
-
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 78/100
-
Hackathon: Tier 1
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 88/100
pharmaverse/logrx#309 ·
-
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 82/100
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno