virtualcell

Le issue su cui forse qualcuno sta già lavorando sono in fondo alla lista. Ordina tutto per data

• CLI report CSVs: named 'SId [id].csv', and one empty report stops the rest

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  Difficoltà 3/5 Mezza giornata Idoneità per principianti 66/100

  virtualcell/vcell#2195 · Aperta il 3/11/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• QuantOmexExecTest never compares HDF5 results

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  Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 72/100

  virtualcell/vcell#2193 · Aperta il 3/11/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• CLI reports.h5: sedmlDataSetShapes per job, and Y curves labelled ::X

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  Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 55/100

  virtualcell/vcell#2192 · 1 commento · Aperta il 3/11/2026

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• CLI reports.h5: repeated task without changes loses its iteration dimension

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  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

  virtualcell/vcell#2191 · Aperta il 3/11/2026

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• CLI reports.h5: wrong repeated-task values and parameter names for multi-parameter scans

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  virtualcell/vcell#2190 · Aperta il 3/11/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Find ways to optimize update process

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  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 15/100

  virtualcell/vcell#2181 · Aperta il 15/10/2026

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• MathDescription Editor / Viewer could use modernization / additional features

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  Error Reporting Java-based Type: enhancement User Interface

  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 12/100

  virtualcell/vcell#2177 · Aperta il 14/10/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• SmoldynFileWriter sets no boxsize: models starting with few or no particles get one virtual box (N×M surface checks)

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  virtualcell/vcell#2159 · Aperta il 4/10/2026

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• Spatial hybrid: combineHybrid keeps no-op particle jump processes that suppress competing Smoldyn reactions

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  Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 70/100

  virtualcell/vcell#2158 · Aperta il 3/10/2026

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• Rule-based glyph error outline is hue-only; red status text below 4.5:1 (#1605 audit D4, S8)

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  Accessibility Requirement Java-based User Interface

  Difficoltà 3/5 Mezza giornata Idoneità per principianti 85/100

  virtualcell/vcell#2140 · Aperta il 30/9/2026

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• Geometry subvolume/CSG palette is confusable under deuteranopia (#1605 audit G2)

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  Accessibility Requirement Java-based User Interface

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  virtualcell/vcell#2139 · Aperta il 30/9/2026

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• Table renderer: yellow match-row highlight is hue-only (#1605 audit S7)

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  Accessibility Requirement Java-based User Interface

  Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 74/100

  virtualcell/vcell#2138 · Aperta il 30/9/2026

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• Remove unreachable general-constraints UI (cbit.vcell.constraints.gui) (#1605 audit S6)

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  Accessibility Requirement Java-based

  Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 80/100

  virtualcell/vcell#2137 · Aperta il 30/9/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Input validation: keep the error reason visible after the dialog closes (#1605 audit S5)

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  Accessibility Requirement Java-based User Interface

  Difficoltà 3/5 Mezza giornata Idoneità per principianti 68/100

  virtualcell/vcell#2136 · Aperta il 30/9/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• webapp-ng: publication badge contrast below 4.5:1 and missing UConn accessibility footer link (#1605 audit X4)

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  Accessibility Requirement User Interface

  Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 88/100

  virtualcell/vcell#2135 · Aperta il 30/9/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• FRAP analysis table: red-on-pink text is 2.21:1 (#1605 audit X3)

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  virtualcell/vcell#2134 · Aperta il 30/9/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Image-geometry ROI editor: red/green default ROI colors; verify ROI is named without color (#1605 audit X2)

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  Accessibility Requirement Java-based User Interface

  Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 64/100

  virtualcell/vcell#2133 · Aperta il 30/9/2026

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• SpringSaLaD viewer: default site colors are confusable under color blindness (#1605 audit X1)

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  Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 64/100

  virtualcell/vcell#2132 · Aperta il 30/9/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Cannot delete multiple applications selected in table view and no delete option in right mouse click menu.

  Forse di nuovo libera @jcschaff l’ha presa 35 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  virtualcell/vcell#2129 · 2 assegnatari · Aperta il 29/9/2026

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• FEniCSx pre-run gate checks only geometry: most offered BioModels then fail in the solver

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  virtualcell/vcell#2112 · 1 commento · Aperta il 26/9/2026

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• prod api: repeated Java heap OutOfMemoryError exits (often all replicas together)

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  virtualcell/vcell#2106 · Aperta il 25/9/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Publications page: add an "All" option to the page-size selector (10 / 20 / All)

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  Type: enhancement User Interface

  Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 76/100

  virtualcell/vcell#2083 · Aperta il 17/9/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Reactome pathway import is broken: the legacy BioPAX exporter returns HTTP 200 with an error body, and the client shows an XML parse error

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  virtualcell/vcell#2082 · Aperta il 14/9/2026

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• GET /api/v0/biomodel/{id}/biomodel.bngl returns 500 for any BioModel with zero applications

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  virtualcell/vcell#2079 · Aperta il 9/9/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• BMDB nightly: four models give different results run to run, and BIOMD0000000613's is not numerical

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  virtualcell/vcell#2077 · 3 commenti · Aperta il 8/9/2026

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• SpringSaLaD: the reserved Anchor site defaults to DARK_GRAY, which is nearly invisible in the trajectory viewer

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  virtualcell/vcell#2072 · Aperta il 7/9/2026

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• SpringSaLaD: auto-generated _tot observables land in the wrong structure, and there is no way to move one

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  virtualcell/vcell#2071 · Aperta il 7/9/2026

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• SpringSaLaD: exporting an application with no reactions reports success and writes a 0-byte file

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  virtualcell/vcell#2070 · Aperta il 7/9/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Two reference guides on vcell.org have gone stale: six statements no longer match the client

  Forse di nuovo libera @vcellmike l’ha presa 58 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  User Materials

  virtualcell/vcell#2069 · 2 assegnatari · Aperta il 7/9/2026

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• Reaction rules can only be built in the graphics editor: no textual route, and the BNGL column is read-only for rules

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  Java-based To Discuss To Refine Type: enhancement User Interface

  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

  virtualcell/vcell#2068 · Aperta il 7/9/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Release script should refuse to tag a version with no CHANGELOG section

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  virtualcell/vcell#2058 · Aperta il 3/9/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• VCell would really benefit from better PropertyChange infrastructure

  Forse di nuovo libera @CodeByDrescher l’ha presa 61 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  virtualcell/vcell#2056 · 1 assegnatario · Aperta il 3/9/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Simulation submission stops on prod AND dev when the shared SLURM controller gets slow

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  Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 61/100

  virtualcell/vcell#2053 · 1 commento · Aperta il 3/9/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• SBML import renames colliding user parameters to param_<id>, and the overrides filter then hides them

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  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 52/100

  virtualcell/vcell#2044 · Aperta il 1/9/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• DependencyConvergence swallows the real resolution error, and it misdirects diagnosis

  Aperta

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  Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 74/100

  virtualcell/vcell#2038 · 1 commento · Aperta il 28/8/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Auth0 does not validate email addresses for non-social logins; VCell never checks the email_verified claim

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  Java-based Security

  Difficoltà 3/5 Mezza giornata Idoneità per principianti 68/100

  virtualcell/vcell#2035 · Aperta il 26/8/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• JMS-consuming services have no livenessProbe, so a dead consumer looks healthy

  Aperta

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  virtualcell/vcell#2032 · Aperta il 25/8/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Sim health check reports WARNING for "just restarted", pageing on every deploy — give Unknown its own tag and a startup grace window

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  Error Reporting

  Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 72/100

  virtualcell/vcell#2020 · Aperta il 22/8/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• 540 Dependabot alerts are 96 packages: Jupyter-as-runtime-dependency is a third of them, and only 6 touch shipped Java

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  Security Tech Debt

  Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 72/100

  virtualcell/vcell#2016 · 1 commento · Aperta il 21/8/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• BIOMD0000001065 flaps between PASS and SOLVER_FAILURE: investigate the fractional-pow-through-zero, and add an INTERMITTENT test status

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  Testing validation

  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 64/100

  virtualcell/vcell#2005 · Aperta il 20/8/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• BMDB nightly red since 08-18: the baseline accept captured an outlier pass for BIOMD0000001065, which has been failing intermittently since June (not a regression)

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  validation

  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 50/100

  virtualcell/vcell#2000 · 6 commenti · Aperta il 20/8/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Run the Quarkus test suite against Oracle too: 55 dialect branches across 33 files are only ever tested on PostgreSQL

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  virtualcell/vcell#1994 · Aperta il 19/8/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• SBMLExporter drops SimulationContextParameter; exporting it needs a rule for names that shadow model parameters

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  virtualcell/vcell#1984 · Aperta il 17/8/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Four BMDB models fail at a second point, revealed once the COPASI annotation cast was fixed

  Aperta

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  virtualcell/vcell#1981 · 1 commento · Aperta il 17/8/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Missing simulation datasets: 5 confirmed losses on published models, all 2004-2005 — find the extent and the cause

  Aperta

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  virtualcell/vcell#1980 · Aperta il 17/8/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• JSBML fork upgrade plan: catch up to upstream, and what to send back

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  virtualcell/vcell#1978 · Aperta il 17/8/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• User cannot copy / paste overrided parameters (in edit simulation panel) when the override is for a parameter scan

  Forse di nuovo libera @CodeByDrescher l’ha presa 82 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  Java-based User Interface

  virtualcell/vcell#1930 · 1 assegnatario · Aperta il 13/8/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• regression-gate never gates: the merge queue is bypassed by admin merges

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  virtualcell/vcell#1926 · Aperta il 13/8/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Normalize environment naming: four vocabularies for three environments, and the names mislead

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  Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 64/100

  virtualcell/vcell#1922 · Aperta il 13/8/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

• Rename the 12 unprefixed config env vars to VCELL_* (needs vcell-fluxcd coordination)

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  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 62/100

  virtualcell/vcell#1921 · 2 commenti · Aperta il 13/8/2026

  I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno