CLI reports.h5: sedmlDataSetShapes per job, and Y curves labelled ::X
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
Nessuno ha ancora preso questa issue.
Valutazione
- Difficoltà
- 3/5
- Tempo stimato
- 1-2 giorni
- Idoneità per principianti
- 55/100
Direzione di ricerca
Start in vcell-cli/src/main/java/org/vcell/cli/run/results/NonSpatialResultsConverter.java around line 170, where one shapes list is shared across data sets and each job's flat size is appended. Then check the label format strings in ResultsConverter.java at lines 84 and 93, and the comment above add2DPlotsAsReports in prepareNonSpatialDataForHdf5. Done means one comma-joined shape per data set, curve data sets labelled without the ::X suffix, and the comment matching the BioSimulators-mode condition. Confirm the output still matches the legacy writer's expected reports.h5 on the UnifiedDataModel branch, since the issue asks for both changes to be deliberate.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Summary
Two places where the CLI's reports.h5 deviates from the BioSimulators conventions. Both are intentionally reproduced, for now, by the new data system on the UnifiedDataModel branch so its output can be checked byte-for-byte against the legacy writer. Fix them deliberately, in both places.
1. sedmlDataSetShapes has one entry per data set per job. NonSpatialResultsConverter.java:170 shares one shapes list across all data sets and appends each job's flat size to it. A 3-data-set report over a 3-value scan gets 9 entries such as "21", where the convention is one comma-joined shape per data set.
2. Plots reported as reports label every curve data set <plot>.<curve>::X. That includes the Y data generators: ResultsConverter.java:84 and line 93 use the same format string.
Related, minor: the comment above add2DPlotsAsReports in prepareNonSpatialDataForHdf5 says plots are added when not in BioSimulators mode, but the code adds them only in BioSimulators mode.
- Lingua principale
- Java
- Stelle
- 140
- Fork
- 35
- Merge medio
- 17h 39m
- PR unite (30g)
- 19
Preparare l'ambiente
- Include un Dockerfile o un file Docker Compose
- Nessun modello di pull request
- Leggi la guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
Altre issue di virtualcell/vcell
-
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 72/100
virtualcell/vcell#2193 · 1 commento ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
-
Accessibility Requirement Java-based User Interface
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 74/100
virtualcell/vcell#2138 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
-
Accessibility Requirement Java-based
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 80/100
virtualcell/vcell#2137 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
-
Accessibility Requirement User Interface
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 88/100
virtualcell/vcell#2135 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
-
Accessibility Requirement Java-based User Interface
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 84/100
virtualcell/vcell#2134 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
Tutte le issue di virtualcell/vcell
Issue simili
-
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 63/100
wpilibsuite/SystemcoreTesting#446 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
-
frontend quality-assurance
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 64/100
Paul-Austin-Oswego-CSC480-HCI521/gift-app#212 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
-
Mend: dependency security vulnerability
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 65/100
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
-
Docs: AGENTS.md agent/ module-map bullet missing AgentWriteRules — the deny-by-default write gateApertadocumentation hermes-queue
Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 84/100
chrisalunlloyd2-sudo/mindpalace#334 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
-
needs-area-label
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 66/100
I maintainer di solito rispondono entro 2 giorni