virtualcell

Les issues sur lesquelles quelqu’un travaille peut-être déjà sont listées en dernier. Tout trier par date

• CLI report CSVs: named 'SId [id].csv', and one empty report stops the rest

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  Difficulté 3/5 Une demi-journée Accessibilité débutants 66/100

  virtualcell/vcell#2195 · Ouverte le 3/11/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• QuantOmexExecTest never compares HDF5 results

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  virtualcell/vcell#2193 · Ouverte le 3/11/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• CLI reports.h5: sedmlDataSetShapes per job, and Y curves labelled ::X

  Ouverte

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  Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 55/100

  virtualcell/vcell#2192 · 1 commentaire · Ouverte le 3/11/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• CLI reports.h5: repeated task without changes loses its iteration dimension

  Ouverte

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  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100

  virtualcell/vcell#2191 · Ouverte le 3/11/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• CLI reports.h5: wrong repeated-task values and parameter names for multi-parameter scans

  Ouverte

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  virtualcell/vcell#2190 · Ouverte le 3/11/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Find ways to optimize update process

  Ouverte

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  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 15/100

  virtualcell/vcell#2181 · Ouverte le 15/10/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• MathDescription Editor / Viewer could use modernization / additional features

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  Error Reporting Java-based Type: enhancement User Interface

  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 12/100

  virtualcell/vcell#2177 · Ouverte le 14/10/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• SmoldynFileWriter sets no boxsize: models starting with few or no particles get one virtual box (N×M surface checks)

  Ouverte

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  virtualcell/vcell#2159 · Ouverte le 4/10/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Spatial hybrid: combineHybrid keeps no-op particle jump processes that suppress competing Smoldyn reactions

  Ouverte

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  virtualcell/vcell#2158 · Ouverte le 3/10/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Rule-based glyph error outline is hue-only; red status text below 4.5:1 (#1605 audit D4, S8)

  Ouverte

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  Difficulté 3/5 Une demi-journée Accessibilité débutants 85/100

  virtualcell/vcell#2140 · Ouverte le 30/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Geometry subvolume/CSG palette is confusable under deuteranopia (#1605 audit G2)

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  Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 72/100

  virtualcell/vcell#2139 · Ouverte le 30/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Table renderer: yellow match-row highlight is hue-only (#1605 audit S7)

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  Accessibility Requirement Java-based User Interface

  Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 74/100

  virtualcell/vcell#2138 · Ouverte le 30/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Remove unreachable general-constraints UI (cbit.vcell.constraints.gui) (#1605 audit S6)

  Ouverte

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  Accessibility Requirement Java-based

  Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 80/100

  virtualcell/vcell#2137 · Ouverte le 30/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Input validation: keep the error reason visible after the dialog closes (#1605 audit S5)

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  Accessibility Requirement Java-based User Interface

  Difficulté 3/5 Une demi-journée Accessibilité débutants 68/100

  virtualcell/vcell#2136 · Ouverte le 30/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• webapp-ng: publication badge contrast below 4.5:1 and missing UConn accessibility footer link (#1605 audit X4)

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  Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 88/100

  virtualcell/vcell#2135 · Ouverte le 30/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• FRAP analysis table: red-on-pink text is 2.21:1 (#1605 audit X3)

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  Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 84/100

  virtualcell/vcell#2134 · Ouverte le 30/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Image-geometry ROI editor: red/green default ROI colors; verify ROI is named without color (#1605 audit X2)

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  Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 64/100

  virtualcell/vcell#2133 · Ouverte le 30/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• SpringSaLaD viewer: default site colors are confusable under color blindness (#1605 audit X1)

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  Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 64/100

  virtualcell/vcell#2132 · Ouverte le 30/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Cannot delete multiple applications selected in table view and no delete option in right mouse click menu.

  Peut-être à nouveau libre @jcschaff l’a pris il y a 35 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  virtualcell/vcell#2129 · 2 personnes assignées · Ouverte le 29/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• FEniCSx pre-run gate checks only geometry: most offered BioModels then fail in the solver

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  virtualcell/vcell#2112 · 1 commentaire · Ouverte le 26/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• prod api: repeated Java heap OutOfMemoryError exits (often all replicas together)

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  virtualcell/vcell#2106 · Ouverte le 25/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Publications page: add an "All" option to the page-size selector (10 / 20 / All)

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  Type: enhancement User Interface

  Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 76/100

  virtualcell/vcell#2083 · Ouverte le 17/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Reactome pathway import is broken: the legacy BioPAX exporter returns HTTP 200 with an error body, and the client shows an XML parse error

  Ouverte

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  Difficulté 3/5 Une demi-journée Accessibilité débutants 70/100

  virtualcell/vcell#2082 · Ouverte le 14/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• GET /api/v0/biomodel/{id}/biomodel.bngl returns 500 for any BioModel with zero applications

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  virtualcell/vcell#2079 · Ouverte le 9/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• BMDB nightly: four models give different results run to run, and BIOMD0000000613's is not numerical

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  virtualcell/vcell#2077 · 3 commentaires · Ouverte le 8/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• SpringSaLaD: the reserved Anchor site defaults to DARK_GRAY, which is nearly invisible in the trajectory viewer

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  virtualcell/vcell#2072 · Ouverte le 7/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• SpringSaLaD: auto-generated _tot observables land in the wrong structure, and there is no way to move one

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  virtualcell/vcell#2071 · Ouverte le 7/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• SpringSaLaD: exporting an application with no reactions reports success and writes a 0-byte file

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  virtualcell/vcell#2070 · Ouverte le 7/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Two reference guides on vcell.org have gone stale: six statements no longer match the client

  Peut-être à nouveau libre @vcellmike l’a pris il y a 58 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  User Materials

  virtualcell/vcell#2069 · 2 personnes assignées · Ouverte le 7/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Reaction rules can only be built in the graphics editor: no textual route, and the BNGL column is read-only for rules

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  Java-based To Discuss To Refine Type: enhancement User Interface

  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 35/100

  virtualcell/vcell#2068 · Ouverte le 7/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Release script should refuse to tag a version with no CHANGELOG section

  Ouverte

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  virtualcell/vcell#2058 · Ouverte le 3/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• VCell would really benefit from better PropertyChange infrastructure

  Peut-être à nouveau libre @CodeByDrescher l’a pris il y a 61 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  virtualcell/vcell#2056 · 1 personne assignée · Ouverte le 3/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Simulation submission stops on prod AND dev when the shared SLURM controller gets slow

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  Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 61/100

  virtualcell/vcell#2053 · 1 commentaire · Ouverte le 3/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• SBML import renames colliding user parameters to param_<id>, and the overrides filter then hides them

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  virtualcell/vcell#2044 · Ouverte le 1/9/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• DependencyConvergence swallows the real resolution error, and it misdirects diagnosis

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  Difficulté 1/5 Moins d'une heure Accessibilité débutants 74/100

  virtualcell/vcell#2038 · 1 commentaire · Ouverte le 28/8/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Auth0 does not validate email addresses for non-social logins; VCell never checks the email_verified claim

  Ouverte

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  Java-based Security

  Difficulté 3/5 Une demi-journée Accessibilité débutants 68/100

  virtualcell/vcell#2035 · Ouverte le 26/8/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• JMS-consuming services have no livenessProbe, so a dead consumer looks healthy

  Ouverte

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  virtualcell/vcell#2032 · Ouverte le 25/8/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Sim health check reports WARNING for "just restarted", pageing on every deploy — give Unknown its own tag and a startup grace window

  Ouverte

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  Error Reporting

  Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 72/100

  virtualcell/vcell#2020 · Ouverte le 22/8/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• 540 Dependabot alerts are 96 packages: Jupyter-as-runtime-dependency is a third of them, and only 6 touch shipped Java

  Ouverte

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  Security Tech Debt

  Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 72/100

  virtualcell/vcell#2016 · 1 commentaire · Ouverte le 21/8/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• BIOMD0000001065 flaps between PASS and SOLVER_FAILURE: investigate the fractional-pow-through-zero, and add an INTERMITTENT test status

  Ouverte

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  Testing validation

  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 64/100

  virtualcell/vcell#2005 · Ouverte le 20/8/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• BMDB nightly red since 08-18: the baseline accept captured an outlier pass for BIOMD0000001065, which has been failing intermittently since June (not a regression)

  Ouverte

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  validation

  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 50/100

  virtualcell/vcell#2000 · 6 commentaires · Ouverte le 20/8/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Run the Quarkus test suite against Oracle too: 55 dialect branches across 33 files are only ever tested on PostgreSQL

  Ouverte

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  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 57/100

  virtualcell/vcell#1994 · Ouverte le 19/8/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• SBMLExporter drops SimulationContextParameter; exporting it needs a rule for names that shadow model parameters

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  virtualcell/vcell#1984 · Ouverte le 17/8/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Four BMDB models fail at a second point, revealed once the COPASI annotation cast was fixed

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  virtualcell/vcell#1981 · 1 commentaire · Ouverte le 17/8/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Missing simulation datasets: 5 confirmed losses on published models, all 2004-2005 — find the extent and the cause

  Ouverte

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  virtualcell/vcell#1980 · Ouverte le 17/8/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• JSBML fork upgrade plan: catch up to upstream, and what to send back

  Ouverte

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  virtualcell/vcell#1978 · Ouverte le 17/8/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• User cannot copy / paste overrided parameters (in edit simulation panel) when the override is for a parameter scan

  Peut-être à nouveau libre @CodeByDrescher l’a pris il y a 82 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  Java-based User Interface

  virtualcell/vcell#1930 · 1 personne assignée · Ouverte le 13/8/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• regression-gate never gates: the merge queue is bypassed by admin merges

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  virtualcell/vcell#1926 · Ouverte le 13/8/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

• Normalize environment naming: four vocabularies for three environments, and the names mislead

  Ouverte

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  virtualcell/vcell#1922 · Ouverte le 13/8/2026

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• Rename the 12 unprefixed config env vars to VCELL_* (needs vcell-fluxcd coordination)

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  virtualcell/vcell#1921 · 2 commentaires · Ouverte le 13/8/2026

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