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vcell
Virtual Cell Framework

Java · 140 個 star

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可能已有人在做的 issue 排在最後。全部依時間排序

CLI report CSVs: named 'SId [id].csv', and one empty report stops the rest
未關閉
- 哪裡不對？
難度 3/5 半天新手友好度 66/100

virtualcell/vcell#2195 · 2026年11月3日建立

維護者通常 1 天內回覆
QuantOmexExecTest never compares HDF5 results
未關閉
- 哪裡不對？
難度 2/5 1-3 小時新手友好度 72/100

virtualcell/vcell#2193 · 2026年11月3日建立

維護者通常 1 天內回覆
CLI reports.h5: sedmlDataSetShapes per job, and Y curves labelled ::X
未關閉
- 哪裡不對？
難度 3/5 1-2 天新手友好度 55/100

virtualcell/vcell#2192 · 1 則留言 · 2026年11月3日建立

維護者通常 1 天內回覆
CLI reports.h5: repeated task without changes loses its iteration dimension
未關閉
- 哪裡不對？
難度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

virtualcell/vcell#2191 · 2026年11月3日建立

維護者通常 1 天內回覆
CLI reports.h5: wrong repeated-task values and parameter names for multi-parameter scans
未關閉
- 哪裡不對？
難度 4/5 3-5 天新手友好度 50/100

virtualcell/vcell#2190 · 2026年11月3日建立

維護者通常 1 天內回覆
Find ways to optimize update process
未關閉
- 哪裡不對？
難度 5/5 一週以上新手友好度 15/100

virtualcell/vcell#2181 · 2026年10月15日建立

維護者通常 1 天內回覆
MathDescription Editor / Viewer could use modernization / additional features
未關閉
- 哪裡不對？
Error Reporting Java-based Type: enhancement User Interface

難度 5/5 一週以上新手友好度 12/100

virtualcell/vcell#2177 · 2026年10月14日建立

維護者通常 1 天內回覆
SmoldynFileWriter sets no boxsize: models starting with few or no particles get one virtual box (N×M surface checks)
未關閉
- 哪裡不對？
難度 3/5 1-2 天新手友好度 66/100

virtualcell/vcell#2159 · 2026年10月4日建立

維護者通常 1 天內回覆
Spatial hybrid: combineHybrid keeps no-op particle jump processes that suppress competing Smoldyn reactions
未關閉
- 哪裡不對？
難度 3/5 1-2 天新手友好度 70/100

virtualcell/vcell#2158 · 2026年10月3日建立

維護者通常 1 天內回覆
Rule-based glyph error outline is hue-only; red status text below 4.5:1 (#1605 audit D4, S8)
未關閉
- 哪裡不對？
Accessibility Requirement Java-based User Interface

難度 3/5 半天新手友好度 85/100

virtualcell/vcell#2140 · 2026年9月30日建立

維護者通常 1 天內回覆
Geometry subvolume/CSG palette is confusable under deuteranopia (#1605 audit G2)
未關閉
- 哪裡不對？
Accessibility Requirement Java-based User Interface

難度 3/5 1-2 天新手友好度 72/100

virtualcell/vcell#2139 · 2026年9月30日建立

維護者通常 1 天內回覆
Table renderer: yellow match-row highlight is hue-only (#1605 audit S7)
未關閉
- 哪裡不對？
Accessibility Requirement Java-based User Interface

難度 2/5 1-3 小時新手友好度 74/100

virtualcell/vcell#2138 · 2026年9月30日建立

維護者通常 1 天內回覆
Remove unreachable general-constraints UI (cbit.vcell.constraints.gui) (#1605 audit S6)
未關閉
- 哪裡不對？
Accessibility Requirement Java-based

難度 2/5 1-3 小時新手友好度 80/100

virtualcell/vcell#2137 · 2026年9月30日建立

維護者通常 1 天內回覆
Input validation: keep the error reason visible after the dialog closes (#1605 audit S5)
未關閉
- 哪裡不對？
Accessibility Requirement Java-based User Interface

難度 3/5 半天新手友好度 68/100

virtualcell/vcell#2136 · 2026年9月30日建立

維護者通常 1 天內回覆
webapp-ng: publication badge contrast below 4.5:1 and missing UConn accessibility footer link (#1605 audit X4)
未關閉
- 哪裡不對？
Accessibility Requirement User Interface

難度 2/5 1-3 小時新手友好度 88/100

virtualcell/vcell#2135 · 2026年9月30日建立

維護者通常 1 天內回覆
FRAP analysis table: red-on-pink text is 2.21:1 (#1605 audit X3)
未關閉
- 哪裡不對？
Accessibility Requirement Java-based User Interface

難度 2/5 1-3 小時新手友好度 84/100

virtualcell/vcell#2134 · 2026年9月30日建立

維護者通常 1 天內回覆
Image-geometry ROI editor: red/green default ROI colors; verify ROI is named without color (#1605 audit X2)
未關閉
- 哪裡不對？
Accessibility Requirement Java-based User Interface

難度 3/5 1-2 天新手友好度 64/100

virtualcell/vcell#2133 · 2026年9月30日建立

維護者通常 1 天內回覆
SpringSaLaD viewer: default site colors are confusable under color blindness (#1605 audit X1)
未關閉
- 哪裡不對？
Accessibility Requirement Java-based User Interface

難度 3/5 1-2 天新手友好度 64/100

virtualcell/vcell#2132 · 2026年9月30日建立

維護者通常 1 天內回覆
Cannot delete multiple applications selected in table view and no delete option in right mouse click menu.
可能重新可做 @jcschaff 於 36 天前認領，目前沒有進行中的 PR。未關閉
- 哪裡不對？
User Interface

virtualcell/vcell#2129 · 已指派 2 人 · 2026年9月29日建立

維護者通常 1 天內回覆
FEniCSx pre-run gate checks only geometry: most offered BioModels then fail in the solver
未關閉
- 哪裡不對？
難度 3/5 1-2 天新手友好度 66/100

virtualcell/vcell#2112 · 1 則留言 · 2026年9月26日建立

維護者通常 1 天內回覆
prod api: repeated Java heap OutOfMemoryError exits (often all replicas together)
未關閉
- 哪裡不對？
難度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

virtualcell/vcell#2106 · 2026年9月25日建立

維護者通常 1 天內回覆
Publications page: add an "All" option to the page-size selector (10 / 20 / All)
未關閉
- 哪裡不對？
Type: enhancement User Interface

難度 2/5 1-3 小時新手友好度 76/100

virtualcell/vcell#2083 · 2026年9月17日建立

維護者通常 1 天內回覆
Reactome pathway import is broken: the legacy BioPAX exporter returns HTTP 200 with an error body, and the client shows an XML parse error
未關閉
- 哪裡不對？
Error Reporting User Interface

難度 3/5 半天新手友好度 70/100

virtualcell/vcell#2082 · 2026年9月14日建立

維護者通常 1 天內回覆
GET /api/v0/biomodel/{id}/biomodel.bngl returns 500 for any BioModel with zero applications
未關閉
- 哪裡不對？
難度 2/5 1-3 小時新手友好度 84/100

virtualcell/vcell#2079 · 2026年9月9日建立

維護者通常 1 天內回覆
BMDB nightly: four models give different results run to run, and BIOMD0000000613's is not numerical
未關閉
- 哪裡不對？
難度 4/5 3-5 天新手友好度 48/100

virtualcell/vcell#2077 · 3 則留言 · 2026年9月8日建立

維護者通常 1 天內回覆
SpringSaLaD: the reserved Anchor site defaults to DARK_GRAY, which is nearly invisible in the trajectory viewer
未關閉
- 哪裡不對？
難度 2/5 1-3 小時新手友好度 84/100

virtualcell/vcell#2072 · 2026年9月7日建立

維護者通常 1 天內回覆
SpringSaLaD: auto-generated _tot observables land in the wrong structure, and there is no way to move one
未關閉
- 哪裡不對？
難度 3/5 半天新手友好度 72/100

virtualcell/vcell#2071 · 2026年9月7日建立

維護者通常 1 天內回覆
SpringSaLaD: exporting an application with no reactions reports success and writes a 0-byte file
未關閉
- 哪裡不對？
難度 3/5 半天新手友好度 80/100

virtualcell/vcell#2070 · 2026年9月7日建立

維護者通常 1 天內回覆
Two reference guides on vcell.org have gone stale: six statements no longer match the client
可能重新可做 @vcellmike 於 58 天前認領，目前沒有進行中的 PR。未關閉
- 哪裡不對？
User Materials

virtualcell/vcell#2069 · 已指派 2 人 · 2026年9月7日建立

維護者通常 1 天內回覆
Reaction rules can only be built in the graphics editor: no textual route, and the BNGL column is read-only for rules
未關閉
- 哪裡不對？
Java-based To Discuss To Refine Type: enhancement User Interface

難度 5/5 一週以上新手友好度 35/100

virtualcell/vcell#2068 · 2026年9月7日建立

維護者通常 1 天內回覆
Release script should refuse to tag a version with no CHANGELOG section
未關閉
- 哪裡不對？
難度 2/5 1-3 小時新手友好度 84/100

virtualcell/vcell#2058 · 2026年9月3日建立

維護者通常 1 天內回覆
VCell would really benefit from better PropertyChange infrastructure
可能重新可做 @CodeByDrescher 於 62 天前認領，目前沒有進行中的 PR。未關閉
- 哪裡不對？
virtualcell/vcell#2056 · 已指派 1 人 · 2026年9月3日建立

維護者通常 1 天內回覆
Simulation submission stops on prod AND dev when the shared SLURM controller gets slow
未關閉
- 哪裡不對？
難度 3/5 1-2 天新手友好度 61/100

virtualcell/vcell#2053 · 1 則留言 · 2026年9月3日建立

維護者通常 1 天內回覆
SBML import renames colliding user parameters to param_<id>, and the overrides filter then hides them
未關閉
- 哪裡不對？
難度 4/5 3-5 天新手友好度 52/100

virtualcell/vcell#2044 · 2026年9月1日建立

維護者通常 1 天內回覆
DependencyConvergence swallows the real resolution error, and it misdirects diagnosis
未關閉
- 哪裡不對？
難度 1/5 1 小時以內新手友好度 74/100

virtualcell/vcell#2038 · 1 則留言 · 2026年8月28日建立

維護者通常 1 天內回覆
Auth0 does not validate email addresses for non-social logins; VCell never checks the email_verified claim
未關閉
- 哪裡不對？
Java-based Security

難度 3/5 半天新手友好度 68/100

virtualcell/vcell#2035 · 2026年8月26日建立

維護者通常 1 天內回覆
JMS-consuming services have no livenessProbe, so a dead consumer looks healthy
未關閉
- 哪裡不對？
難度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

virtualcell/vcell#2032 · 2026年8月25日建立

維護者通常 1 天內回覆
Sim health check reports WARNING for "just restarted", pageing on every deploy — give Unknown its own tag and a startup grace window
未關閉
- 哪裡不對？
Error Reporting

難度 3/5 1-2 天新手友好度 72/100

virtualcell/vcell#2020 · 2026年8月22日建立

維護者通常 1 天內回覆
540 Dependabot alerts are 96 packages: Jupyter-as-runtime-dependency is a third of them, and only 6 touch shipped Java
未關閉
- 哪裡不對？
Security Tech Debt

難度 3/5 1-2 天新手友好度 72/100

virtualcell/vcell#2016 · 1 則留言 · 2026年8月21日建立

維護者通常 1 天內回覆
BIOMD0000001065 flaps between PASS and SOLVER_FAILURE: investigate the fractional-pow-through-zero, and add an INTERMITTENT test status
未關閉
- 哪裡不對？
Testing validation

難度 4/5 3-5 天新手友好度 64/100

virtualcell/vcell#2005 · 2026年8月20日建立

維護者通常 1 天內回覆
BMDB nightly red since 08-18: the baseline accept captured an outlier pass for BIOMD0000001065, which has been failing intermittently since June (not a regression)
未關閉
- 哪裡不對？
validation

難度 4/5 3-5 天新手友好度 50/100

virtualcell/vcell#2000 · 6 則留言 · 2026年8月20日建立

維護者通常 1 天內回覆
Run the Quarkus test suite against Oracle too: 55 dialect branches across 33 files are only ever tested on PostgreSQL
未關閉
- 哪裡不對？
難度 4/5 3-5 天新手友好度 57/100

virtualcell/vcell#1994 · 2026年8月19日建立

維護者通常 1 天內回覆
SBMLExporter drops SimulationContextParameter; exporting it needs a rule for names that shadow model parameters
未關閉
- 哪裡不對？
難度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

virtualcell/vcell#1984 · 2026年8月17日建立

維護者通常 1 天內回覆
Four BMDB models fail at a second point, revealed once the COPASI annotation cast was fixed
未關閉
- 哪裡不對？
難度 4/5 3-5 天新手友好度 52/100

virtualcell/vcell#1981 · 1 則留言 · 2026年8月17日建立

維護者通常 1 天內回覆
Missing simulation datasets: 5 confirmed losses on published models, all 2004-2005 — find the extent and the cause
未關閉
- 哪裡不對？
難度 4/5 3-5 天新手友好度 50/100

virtualcell/vcell#1980 · 2026年8月17日建立

維護者通常 1 天內回覆
JSBML fork upgrade plan: catch up to upstream, and what to send back
未關閉
- 哪裡不對？
難度 4/5 3-5 天新手友好度 42/100

virtualcell/vcell#1978 · 2026年8月17日建立

維護者通常 1 天內回覆
User cannot copy / paste overrided parameters (in edit simulation panel) when the override is for a parameter scan
可能重新可做 @CodeByDrescher 於 83 天前認領，目前沒有進行中的 PR。未關閉
- 哪裡不對？
Java-based User Interface

virtualcell/vcell#1930 · 已指派 1 人 · 2026年8月13日建立

維護者通常 1 天內回覆
regression-gate never gates: the merge queue is bypassed by admin merges
未關閉
- 哪裡不對？
難度 3/5 半天新手友好度 70/100

virtualcell/vcell#1926 · 2026年8月13日建立

維護者通常 1 天內回覆
Normalize environment naming: four vocabularies for three environments, and the names mislead
未關閉
- 哪裡不對？
難度 2/5 1-3 小時新手友好度 64/100

virtualcell/vcell#1922 · 2026年8月13日建立

維護者通常 1 天內回覆
Rename the 12 unprefixed config env vars to VCELL_* (needs vcell-fluxcd coordination)
未關閉
- 哪裡不對？
難度 4/5 3-5 天新手友好度 62/100

virtualcell/vcell#1921 · 2 則留言 · 2026年8月13日建立

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