`xenium` fails on imported segmentation
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评估
调研方向
从 src/spatialdata_io/readers/xenium.py 第 232 行附近开始，检查 xenium reader 如何选择分割掩码。使用通过 xeniumranger import-segmentation 导入的分割来复现该失败，然后确定自动检测还是 mask-index 参数更适合这个 issue。完成标准是使用非标准掩码的已导入分割不再失败。
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
The xenium function assumes there are two masks corresponding to nuclear and cell boundaries, which is true of xenium segmentation, but this not necessarily true when 3rd party segmentation is imported using the xeniumranger import-segmentation tool.
Issue is here: https://github.com/scverse/spatialdata-io/blob/58b2f5d73420d4a082f1953c0cde142907dcbaa0/src/spatialdata_io/readers/xenium.py#L232
If not detecting this case automatically, there should be at least a function argument to point it to the correct mask index.
- 主要语言
- Python
- 星标
- 103
- 派生
- 64
- PR 合并指标
- 30 天内没有已合并 PR
环境准备
- 没有 Dockerfile 或 Docker Compose 文件
- 没有 Pull Request 模板
- 阅读贡献指南
从这里开始
- 先读完整个 Issue，再读项目的贡献指南。
- 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
- Fork 仓库，在一个分支上完成修改。
- 提交 Pull Request，并在描述里引用这个 Issue 编号。
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