New notebook dealing with metagenomics FASTA files
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Valutazione
- Difficoltà
- 3/5
- Tempo stimato
- 1-2 giorni
- Idoneità per principianti
- 45/100
- Tipo di issue
- Funzionalità
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Stato di attività
- Ferma
- Stack tecnologico
- jupyter-notebook, python
- Ambito
- data-engineering, machine-learning
Direzione di ricerca
Inizia esaminando i notebook COSME collegati, in particolare A_convert_raw_to_parquet.ipynb, e confronta il loro approccio con quello dei notebook esistenti in questo repository. Porta il workflow FASTA-to-parquet in un nuovo notebook CodeLab, mostrando il codice di esempio e i risultati previsti.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
- What is language(s) for used in the example?
- Python
- Is it focused on a particular module/software or an IOOS data service?
- FASTA file format, parquet format, and Dask
- Can you provide a minimum example of the expected code and results in a notebook?
- See the notebooks in https://github.com/jonathancosme/COSME/tree/master/notebook_walkthroughs, especially A_convert_raw_to_parquet.ipynb.
Description of the notebook:
Folks are starting to do more work with metagenomics data in python. Jonathan Cosme (Deloitte) has written a few notebooks (linked above) that we should explore porting to the CodeLab. I like the first notebook as it converts raw FASTA files to parquet for manipulation in AI/ML techniques.
CC: @hmoustahfid-NOAA
- Lingua principale
- Jupyter Notebook
- Stelle
- 16
- Fork
- 16
- Merge medio
- 2h 42m
- PR unite (30g)
- 1
Preparare l'ambiente
- Nessun Dockerfile né file Docker Compose
- Ha un modello di pull request
- Leggi la guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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