New notebook dealing with metagenomics FASTA files
还没有人认领这个 Issue。
评估
- 难度
- 3/5
- 预计耗时
- 1-2 天
- 新手友好度
- 45/100
- Issue 类型
- 功能
- 描述清晰度
- 基本清楚
- 活跃度
- 停滞
- 技术栈
- jupyter-notebook, python
调研方向
首先查看链接的 COSME notebook，尤其是 A_convert_raw_to_parquet.ipynb，并将其方法与此 repository 中现有的 notebook 进行比较。将 FASTA-to-parquet 工作流移植到新的 CodeLab notebook 中，展示预期的示例代码和结果。
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
- What is language(s) for used in the example?
- Python
- Is it focused on a particular module/software or an IOOS data service?
- FASTA file format, parquet format, and Dask
- Can you provide a minimum example of the expected code and results in a notebook?
- See the notebooks in https://github.com/jonathancosme/COSME/tree/master/notebook_walkthroughs, especially A_convert_raw_to_parquet.ipynb.
Description of the notebook:
Folks are starting to do more work with metagenomics data in python. Jonathan Cosme (Deloitte) has written a few notebooks (linked above) that we should explore porting to the CodeLab. I like the first notebook as it converts raw FASTA files to parquet for manipulation in AI/ML techniques.
CC: @hmoustahfid-NOAA
- 主要语言
- Jupyter Notebook
- 星标
- 16
- 派生
- 16
- 平均合并
- 3 小时 32 分钟
- 30 天内合并 PR
- 4
环境准备
- 没有 Dockerfile 或 Docker Compose 文件
- 有 Pull Request 模板
- 阅读贡献指南
从这里开始
- 先读完整个 Issue，再读项目的贡献指南。
- 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
- Fork 仓库，在一个分支上完成修改。
- 提交 Pull Request，并在描述里引用这个 Issue 编号。
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