New notebook dealing with metagenomics FASTA files
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評価
- 難易度
- 3/5
- 見積もり時間
- 1〜2日
- 初心者へのやさしさ
- 45/100
- issue の種類
- 機能追加
- 明瞭さ
- おおむね明確
- 活発さ
- 停滞
- 技術スタック
- jupyter-notebook, python
調査の方向性
まず、リンクされた COSME ノートブック、特に A_convert_raw_to_parquet.ipynb を確認し、そのアプローチをこのリポジトリに既存のノートブックと比較します。FASTＡ-to-parquet ワークフローを新しい CodeLab ノートブックに移植し、想定されるサンプルコードと結果を示します。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
- What is language(s) for used in the example?
- Python
- Is it focused on a particular module/software or an IOOS data service?
- FASTA file format, parquet format, and Dask
- Can you provide a minimum example of the expected code and results in a notebook?
- See the notebooks in https://github.com/jonathancosme/COSME/tree/master/notebook_walkthroughs, especially A_convert_raw_to_parquet.ipynb.
Description of the notebook:
Folks are starting to do more work with metagenomics data in python. Jonathan Cosme (Deloitte) has written a few notebooks (linked above) that we should explore porting to the CodeLab. I like the first notebook as it converts raw FASTA files to parquet for manipulation in AI/ML techniques.
CC: @hmoustahfid-NOAA
- 主要言語
- Jupyter Notebook
- スター
- 16
- フォーク
- 16
- 平均マージ
- 2時間 42分
- マージ済み PR（30日）
- 1
環境構築
- Dockerfile・Docker Compose ファイルなし
- プルリクエストのテンプレートあり
- コントリビューションガイドを読む
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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