New notebook dealing with metagenomics FASTA files
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Evaluación
- Dificultad
- 3/5
- Tiempo estimado
- 1-2 días
- Aptitud para principiantes
- 45/100
- Tipo de issue
- Nueva funcionalidad
- Claridad
- Bastante claro
- Estado de actividad
- Estancado
- Stack tecnológico
- jupyter-notebook, python
Línea de trabajo
Comienza revisando los notebooks de COSME enlazados, especialmente A_convert_raw_to_parquet.ipynb, y compara su enfoque con los notebooks existentes en este repositorio. Traslada el flujo de trabajo de FASTA-to-parquet a un nuevo notebook de CodeLab, mostrando el código de ejemplo y los resultados esperados.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
- What is language(s) for used in the example?
- Python
- Is it focused on a particular module/software or an IOOS data service?
- FASTA file format, parquet format, and Dask
- Can you provide a minimum example of the expected code and results in a notebook?
- See the notebooks in https://github.com/jonathancosme/COSME/tree/master/notebook_walkthroughs, especially A_convert_raw_to_parquet.ipynb.
Description of the notebook:
Folks are starting to do more work with metagenomics data in python. Jonathan Cosme (Deloitte) has written a few notebooks (linked above) that we should explore porting to the CodeLab. I like the first notebook as it converts raw FASTA files to parquet for manipulation in AI/ML techniques.
CC: @hmoustahfid-NOAA
- Lenguaje dominante
- Jupyter Notebook
- Estrellas
- 16
- Forks
- 16
- Merge medio
- 2 h 42 min
- PR fusionados (30 d)
- 1
Preparar el entorno
- Sin Dockerfile ni archivo de Docker Compose
- Tiene una plantilla de pull request
- Leer la guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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