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Adding MiniKrakenDB and SILVA to Kraken Data manager?

Aperta
  • Qualcosa non va?
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Valutazione

Difficoltà
5/5
Tempo stimato
Più di una settimana
Idoneità per principianti
25/100
Tipo di issue
Funzionalità
Chiarezza
Da chiarire
Stato di attività
Ferma
Ambito
databases

Direzione di ricerca

Inizia individuando il Kraken Data manager e verificando come gestisce il database Bacteria predefinito. Determina come si inserirebbero in quel workflow il download di una MiniKrakenDB precompilata o la compilazione di un database SILVA. Il lavoro è completato quando l’opzione richiesta è supportata ed evita l’errore di dimensioni e memoria segnalato.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

@blankenberg Is it possible the Kraken Data manager an option for downloading pre-built MiniKraken DB (4 GB) (or building SILVA) to be added?

I have tried to download Bacteria default database but I got an error since the database is quite size and memory demanding so the pre-built MiniKrakenDB is probably an option?

Lingua principale
Python
Stelle
37
Fork
94
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Preparare l'ambiente

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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