Adding MiniKrakenDB and SILVA to Kraken Data manager?
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Evaluación
- Dificultad
- 5/5
- Tiempo estimado
- Más de una semana
- Aptitud para principiantes
- 25/100
- Tipo de issue
- Nueva funcionalidad
- Claridad
- Necesita aclaración
- Estado de actividad
- Estancado
- Área
- databases
Línea de trabajo
Comienza localizando el Kraken Data manager y revisando cómo gestiona la base de datos predeterminada Bacteria. Determina cómo encajarían en ese flujo de trabajo una descarga de MiniKrakenDB precompilada o la compilación de una base de datos SILVA. Se considera terminado cuando la opción solicitada es compatible y evita el error de tamaño y memoria informado.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
@blankenberg Is it possible the Kraken Data manager an option for downloading pre-built MiniKraken DB (4 GB) (or building SILVA) to be added?
I have tried to download Bacteria default database but I got an error since the database is quite size and memory demanding so the pre-built MiniKrakenDB is probably an option?
- Lenguaje dominante
- Python
- Estrellas
- 37
- Forks
- 94
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
- Sin Dockerfile ni archivo de Docker Compose
- Sin plantilla de pull request
- Leer la guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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