galaxyproject/foundry

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The Galaxy Workflow Knowledge Base

Stelle: 2
Fork: 3
Issue aperte per principianti: 9
Issue indicizzate: 80
Merge medio: 19h 23m
PR unite (30g): 60

Lingua principale: TypeScript
Licenza: Nessun dato sulla licenza
Ultimo push su GitHub: 17/9/2026
Ultima indicizzazione: 16/9/2026
Guida per i contributori: Nessuna guida per i contributori
Codice di condotta: Nessun codice di condotta
Label per principianti: Nessuna label per principianti indicizzata

Adatte ai principianti Tutto

Aperta Tutte

Augment freeform-to-Workflow Brief scenarios with real source artifacts Aperta

needs-triage

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100

galaxyproject/foundry#592 · Aperta il 20/9/2026
`download?style=ga` emits unversioned `tool_id`s, producing workflows that save but cannot be invoked Aperta

needs-triage

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

galaxyproject/foundry#591 · Aperta il 18/9/2026
Authoring never checks a wrapped script's own declared input-ordering assumption against the tool it will consume from Aperta

needs-triage

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 52/100

galaxyproject/foundry#590 · Aperta il 18/9/2026
`PUT /api/workflows/{id}` defaults `exact_tools` to true and discards the per-step detail it already computed Aperta

needs-triage

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 68/100

galaxyproject/foundry#589 · Aperta il 18/9/2026
A `sample_sheet` column was wired onto a plain scalar tool port, a binding that can never work Aperta

needs-triage

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 52/100

galaxyproject/foundry#588 · Aperta il 18/9/2026
gxformat2 has no `tool_uuid`, so a step bound to a registered UDT imports unresolved Aperta

needs-triage

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 55/100

galaxyproject/foundry#587 · Aperta il 18/9/2026
Galaxy's unprivileged-tool lint fails opaquely on an integer input with `value: 0` Aperta

needs-triage

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 68/100

galaxyproject/foundry#586 · Aperta il 18/9/2026
The real UDT registration endpoint is `/api/unprivileged_tools`, not the admin-only `/api/dynamic_tools` Aperta

needs-triage

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 72/100

galaxyproject/foundry#585 · Aperta il 18/9/2026
Invocation-failure reference has no tell for a stale toolbox read vs. a real install failure Aperta

needs-triage

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 76/100

galaxyproject/foundry#584 · Aperta il 18/9/2026
`replacement_collection` indexes `rows` unconditionally, crashing Planemo staging for a `sample_sheet` input without `rows` Aperta

needs-triage

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 86/100

galaxyproject/foundry#583 · Aperta il 18/9/2026
No documented path for an authored `GalaxyUserTool` to reach a Planemo-managed toolbox Aperta

needs-triage

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100

galaxyproject/foundry#582 · Aperta il 18/9/2026
`gxwf validate --connections` crashes on an ordinary format2 dict-shaped `step.in` Aperta

needs-triage

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 72/100

galaxyproject/foundry#581 · Aperta il 18/9/2026
`comments: type: frame` authored without `position`/`size` is rejected by real Galaxy import Aperta

needs-triage

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 56/100

galaxyproject/foundry#580 · Aperta il 18/9/2026
No packaged note documents the `sample_sheet` + `rows:` job-input shape Aperta

needs-triage

Difficoltà 1/5 1-3 ore Idoneità per principianti 88/100

galaxyproject/foundry#579 · Aperta il 18/9/2026
tests-format has no way to put a value on an intermediate step's input port Aperta

needs-triage

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 66/100

galaxyproject/foundry#578 · Aperta il 18/9/2026
`freeform-summary-to-galaxy-test-plan` is silent on being handed a concrete draft and resolved test-data refs Aperta

needs-triage

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 82/100

galaxyproject/foundry#577 · Aperta il 18/9/2026
Test-plan schema requires a file-shaped `fixture` for plain scalar workflow parameters Aperta

needs-triage

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

galaxyproject/foundry#576 · Aperta il 18/9/2026
`paper-to-test-data` has no scoping or upstream-fixture guidance, and is the weaker half of its own fallback chain Aperta

needs-triage

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 76/100

galaxyproject/foundry#575 · Aperta il 18/9/2026
`gxwf tool-search` returns zero hits for a literal Tool Shed repo slug Aperta

needs-triage

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 68/100

galaxyproject/foundry#574 · Aperta il 18/9/2026
`implement-galaxy-tool-step` documents no binding convention for an authored UDT Aperta

needs-triage

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 74/100

galaxyproject/foundry#573 · Aperta il 18/9/2026
ToolShed-fetch decoder rejects a real IUC wrapper's filtered list-collection output Aperta

needs-triage

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 55/100

galaxyproject/foundry#572 · Aperta il 18/9/2026
`gxformat2-schema` documents nested `state` but not nested `in:` key addressing Aperta

needs-triage

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 72/100

galaxyproject/foundry#571 · Aperta il 18/9/2026
Pattern MOCs are cast without the pattern pages they point at Aperta

needs-triage

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 55/100

galaxyproject/foundry#570 · Aperta il 18/9/2026
Review New Paper Aperta

agent/implement priority/mvp roadmap/off

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100

galaxyproject/foundry#568 · Aperta il 18/9/2026
Needs better guidance for importing to a real galaxy instance Aperta

needs-triage

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100

galaxyproject/foundry#566 · 2 commenti · Aperta il 17/9/2026
advance-galaxy-draft-step/repair-galaxy-draft-topology can produce step doc: text long enough to crash workflow import on live Galaxy instances; no lint/validate check catches it Aperta

needs-triage

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

galaxyproject/foundry#564 · 2 commenti · Aperta il 17/9/2026
Workflow Plan Aperta

needs-triage

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

galaxyproject/foundry#563 · 1 commento · Aperta il 17/9/2026
Sandbox Support - agent-safehouse Aperta

needs-triage

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 42/100

galaxyproject/foundry#562 · Aperta il 17/9/2026
No reachable route serves a Tool Shed wrapper's raw XML at a pinned changeset Aperta

enhancement needs-triage

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

galaxyproject/foundry#553 · 1 commento · Aperta il 16/9/2026
advance-galaxy-draft-step's built-in/stock version branch is circular Aperta

bug needs-triage

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 72/100

galaxyproject/foundry#552 · Aperta il 16/9/2026
`gxwf draft-validate --concrete`: the other half of #166 — a ParsedTool decode failure's `Error.message` is still a full type declaration Aperta

bug needs-triage

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 55/100

galaxyproject/foundry#548 · 2 commenti · Aperta il 16/9/2026
Profiling the per-step draft loop: it is model-bound, not network-bound Aperta

documentation needs-triage

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

galaxyproject/foundry#547 · Aperta il 16/9/2026
Prove the IWC review pipeline on a real PR and accept its policy pin Aperta

agent/implement enhancement priority/mvp roadmap/main

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 30/100

galaxyproject/foundry#535 · Aperta il 15/9/2026
Replace abstract summarize-nextflow scenarios with concrete pinned fixtures Aperta

agent/implement needs-triage

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 68/100

galaxyproject/foundry#534 · Aperta il 15/9/2026
Prove the IWC maturation pipeline with runnable fixtures and a .ga entry case Aperta

agent/implement enhancement priority/mvp roadmap/main

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 50/100

galaxyproject/foundry#531 · Aperta il 15/9/2026
Improved Structure and Schemas for Mold Artifacts Aperta

priority/v2 roadmap/main

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 30/100

galaxyproject/foundry#507 · Aperta il 12/9/2026
Ensure every pattern page has a test workflow. Aperta

priority/mvp roadmap/substep

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

galaxyproject/foundry#505 · Aperta il 12/9/2026
Improve Pattern Pages Aperta

enhancement priority/mvp roadmap/main

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

galaxyproject/foundry#504 · Aperta il 12/9/2026
Improved Support for Tool Development Aperta

priority/mvp roadmap/main

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

galaxyproject/foundry#501 · Aperta il 12/9/2026
Implement actual interviews. Aperta

priority/mvp roadmap/main

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

galaxyproject/foundry#500 · Aperta il 12/9/2026
First Class CWL Support Aperta

priority/v2 roadmap/main

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

galaxyproject/foundry#499 · Aperta il 12/9/2026
Build a Pi-backed black-box Pipeline evaluation harness Aperta

priority/mvp roadmap/main

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 30/100

galaxyproject/foundry#476 · Aperta il 28/8/2026
author-galaxy-tool-wrapper: no validation step, no GalaxyUserTool schema, and the bundled prompt contradicts it Aperta

agent/implement priority/mvp roadmap/substep

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 68/100

galaxyproject/foundry#468 · 1 commento · Aperta il 19/8/2026
paper-to-cwl: a missing cwl-test-plan producer, and find-test-data used off its target axis Aperta

priority/v2 roadmap/substep

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

galaxyproject/foundry#448 · Aperta il 5/8/2026
The Foundry Diagram Makes it look like Molds are not part of the KB Aperta

bug priority/v2 roadmap/off

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

galaxyproject/foundry#415 · Aperta il 30/7/2026
First walk: cwl-to-galaxy end-to-end via ga4gh_challenge (earn the CWL-source tier out of draft) Aperta

enhancement priority/v2 roadmap/substep

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100

galaxyproject/foundry#378 · Aperta il 24/7/2026
interview-to-freeform-summary is reviewed + pipelined but declares zero references Aperta

priority/mvp roadmap/substep

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 55/100

galaxyproject/foundry#377 · Aperta il 24/7/2026
Include upstream advice/prompts/docs for tool development. Aperta

enhancement priority/mvp roadmap/substep

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

galaxyproject/foundry#368 · 3 commenti · Aperta il 22/7/2026
Foundry should use (or know about) job cache Aperta

enhancement priority/mvp roadmap/main

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100

galaxyproject/foundry#365 · 1 commento · 1 reazione · Aperta il 21/7/2026
Introduce a finalize-workflow step. Aperta

enhancement priority/mvp roadmap/main

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

galaxyproject/foundry#332 · Aperta il 19/6/2026

galaxyproject/foundry

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