galaxyproject/foundry

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• API Docs Maybe Should Have Corresponding MCP entrypoints

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  agent/implement documentation needs-triage roadmap/off upstream/galaxy

  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 45/100

  galaxyproject/foundry#624 · 2026年9月26日 に作成

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• Apply Rules Tutorial Patterns

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  agent/research priority/v2 roadmap/off

  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 35/100

  galaxyproject/foundry#621 · 2026年9月26日 に作成

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• Augment freeform-to-Workflow Brief scenarios with real source artifacts

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 48/100

  galaxyproject/foundry#592 · 2026年9月20日 に作成

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• `download?style=ga` emits unversioned `tool_id`s, producing workflows that save but cannot be invoked

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 45/100

  galaxyproject/foundry#591 · 2026年9月18日 に作成

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• Authoring never checks a wrapped script's own declared input-ordering assumption against the tool it will consume from

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  難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 52/100

  galaxyproject/foundry#590 · 2026年9月18日 に作成

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• `PUT /api/workflows/{id}` defaults `exact_tools` to true and discards the per-step detail it already computed

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 68/100

  galaxyproject/foundry#589 · 2026年9月18日 に作成

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• A `sample_sheet` column was wired onto a plain scalar tool port, a binding that can never work

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 52/100

  galaxyproject/foundry#588 · 2026年9月18日 に作成

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• gxformat2 has no `tool_uuid`, so a step bound to a registered UDT imports unresolved

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 55/100

  galaxyproject/foundry#587 · 2026年9月18日 に作成

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• Galaxy's unprivileged-tool lint fails opaquely on an integer input with `value: 0`

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  難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 68/100

  galaxyproject/foundry#586 · 2026年9月18日 に作成

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• The real UDT registration endpoint is `/api/unprivileged_tools`, not the admin-only `/api/dynamic_tools`

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  難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 72/100

  galaxyproject/foundry#585 · 2026年9月18日 に作成

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• Invocation-failure reference has no tell for a stale toolbox read vs. a real install failure

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  難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 76/100

  galaxyproject/foundry#584 · 2026年9月18日 に作成

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• `replacement_collection` indexes `rows` unconditionally, crashing Planemo staging for a `sample_sheet` input without `rows`

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  難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 86/100

  galaxyproject/foundry#583 · 2026年9月18日 に作成

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• No documented path for an authored `GalaxyUserTool` to reach a Planemo-managed toolbox

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 48/100

  galaxyproject/foundry#582 · 2026年9月18日 に作成

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• `gxwf validate --connections` crashes on an ordinary format2 dict-shaped `step.in`

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  難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 72/100

  galaxyproject/foundry#581 · 2026年9月18日 に作成

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• `comments: type: frame` authored without `position`/`size` is rejected by real Galaxy import

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 56/100

  galaxyproject/foundry#580 · 2026年9月18日 に作成

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• No packaged note documents the `sample_sheet` + `rows:` job-input shape

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  難易度 1/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 88/100

  galaxyproject/foundry#579 · 2026年9月18日 に作成

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• tests-format has no way to put a value on an intermediate step's input port

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  難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 66/100

  galaxyproject/foundry#578 · 2026年9月18日 に作成

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• `freeform-summary-to-galaxy-test-plan` is silent on being handed a concrete draft and resolved test-data refs

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  galaxyproject/foundry#577 · 2026年9月18日 に作成

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• Test-plan schema requires a file-shaped `fixture` for plain scalar workflow parameters

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  galaxyproject/foundry#576 · 2026年9月18日 に作成

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• `paper-to-test-data` has no scoping or upstream-fixture guidance, and is the weaker half of its own fallback chain

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  galaxyproject/foundry#575 · 2026年9月18日 に作成

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• `gxwf tool-search` returns zero hits for a literal Tool Shed repo slug

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  galaxyproject/foundry#574 · 2026年9月18日 に作成

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• `implement-galaxy-tool-step` documents no binding convention for an authored UDT

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  難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 74/100

  galaxyproject/foundry#573 · 2026年9月18日 に作成

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• ToolShed-fetch decoder rejects a real IUC wrapper's filtered list-collection output

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  難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 55/100

  galaxyproject/foundry#572 · 2026年9月18日 に作成

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• `gxformat2-schema` documents nested `state` but not nested `in:` key addressing

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  galaxyproject/foundry#571 · 2026年9月18日 に作成

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• Pattern MOCs are cast without the pattern pages they point at

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 55/100

  galaxyproject/foundry#570 · 2026年9月18日 に作成

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• Review New Paper

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  agent/implement priority/mvp roadmap/off

  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 48/100

  galaxyproject/foundry#568 · 2026年9月18日 に作成

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• Needs better guidance for importing to a real galaxy instance

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  galaxyproject/foundry#566 · コメント 2 件 · 2026年9月17日 に作成

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• advance-galaxy-draft-step/repair-galaxy-draft-topology can produce step doc: text long enough to crash workflow import on live Galaxy instances; no lint/validate check catches it

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  galaxyproject/foundry#564 · コメント 2 件 · 2026年9月17日 に作成

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• Workflow Plan

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  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

  galaxyproject/foundry#563 · コメント 1 件 · 2026年9月17日 に作成

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• Sandbox Support - agent-safehouse

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  needs-triage

  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 42/100

  galaxyproject/foundry#562 · 2026年9月17日 に作成

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• No reachable route serves a Tool Shed wrapper's raw XML at a pinned changeset

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  enhancement needs-triage

  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 25/100

  galaxyproject/foundry#553 · コメント 1 件 · 2026年9月16日 に作成

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• advance-galaxy-draft-step's built-in/stock version branch is circular

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  bug needs-triage

  難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 72/100

  galaxyproject/foundry#552 · 2026年9月16日 に作成

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• `gxwf draft-validate --concrete`: the other half of #166 — a ParsedTool decode failure's `Error.message` is still a full type declaration

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  bug needs-triage

  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 55/100

  galaxyproject/foundry#548 · コメント 2 件 · 2026年9月16日 に作成

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• Profiling the per-step draft loop: it is model-bound, not network-bound

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  documentation needs-triage

  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

  galaxyproject/foundry#547 · 2026年9月16日 に作成

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• Prove the IWC review pipeline on a real PR and accept its policy pin

  オープン

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  agent/implement enhancement priority/mvp roadmap/main

  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 30/100

  galaxyproject/foundry#535 · 2026年9月15日 に作成

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• Replace abstract summarize-nextflow scenarios with concrete pinned fixtures

  オープン

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  agent/implement needs-triage

  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 68/100

  galaxyproject/foundry#534 · 2026年9月15日 に作成

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• Prove the IWC maturation pipeline with runnable fixtures and a .ga entry case

  オープン

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  agent/implement enhancement priority/mvp roadmap/main

  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 50/100

  galaxyproject/foundry#531 · 2026年9月15日 に作成

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• Improved Structure and Schemas for Mold Artifacts

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  priority/v2 roadmap/main

  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 30/100

  galaxyproject/foundry#507 · 2026年9月12日 に作成

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• Ensure every pattern page has a test workflow.

  オープン

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  priority/mvp roadmap/substep

  難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 45/100

  galaxyproject/foundry#505 · 2026年9月12日 に作成

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• Improve Pattern Pages

  オープン

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  enhancement priority/mvp roadmap/main

  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 20/100

  galaxyproject/foundry#504 · 2026年9月12日 に作成

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• Improved Support for Tool Development

  オープン

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  priority/mvp roadmap/main

  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

  galaxyproject/foundry#501 · 2026年9月12日 に作成

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• Implement actual interviews.

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  priority/mvp roadmap/main

  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

  galaxyproject/foundry#500 · 2026年9月12日 に作成

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• First Class CWL Support

  オープン

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  priority/v2 roadmap/main

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  galaxyproject/foundry#499 · 2026年9月12日 に作成

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• Build a Pi-backed black-box Pipeline evaluation harness

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  priority/mvp roadmap/main

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  galaxyproject/foundry#476 · 2026年8月28日 に作成

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• author-galaxy-tool-wrapper: no validation step, no GalaxyUserTool schema, and the bundled prompt contradicts it

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  agent/implement priority/mvp roadmap/substep

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  galaxyproject/foundry#468 · コメント 1 件 · 2026年8月19日 に作成

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• paper-to-cwl: a missing cwl-test-plan producer, and find-test-data used off its target axis

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  galaxyproject/foundry#448 · 2026年8月5日 に作成

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• The Foundry Diagram Makes it look like Molds are not part of the KB

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  bug priority/v2 roadmap/off

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  galaxyproject/foundry#415 · 2026年7月30日 に作成

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• First walk: cwl-to-galaxy end-to-end via ga4gh_challenge (earn the CWL-source tier out of draft)

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  galaxyproject/foundry#378 · 2026年7月24日 に作成

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• interview-to-freeform-summary is reviewed + pipelined but declares zero references

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  galaxyproject/foundry#377 · 2026年7月24日 に作成

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• Include upstream advice/prompts/docs for tool development.

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  galaxyproject/foundry#368 · コメント 3 件 · 2026年7月22日 に作成

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