galaxyproject/foundry

Xem trên GitHub

The Galaxy Workflow Knowledge Base

Star: 2
Fork: 3
Issue cho người mới đang mở: 9
Issue đã lập chỉ mục: 80
Merge trung bình: 19 giờ 23 phút
Pull request đã merge (30 ngày): 60

Ngôn ngữ chính: TypeScript
Giấy phép: Không có dữ liệu giấy phép
Lần push lên GitHub gần nhất: 17/9/2026
Lập chỉ mục gần nhất: 16/9/2026
Hướng dẫn đóng góp: Không có hướng dẫn đóng góp
Quy tắc ứng xử: Không có quy tắc ứng xử
Label cho người mới: Chưa lập chỉ mục label nào cho người mới

Phù hợp cho người mới Tất cả

Đang mở Tất cả

Augment freeform-to-Workflow Brief scenarios with real source artifacts Đang mở

needs-triage

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 48/100

galaxyproject/foundry#592 · Mở ngày 20/9/2026
`download?style=ga` emits unversioned `tool_id`s, producing workflows that save but cannot be invoked Đang mở

needs-triage

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100

galaxyproject/foundry#591 · Mở ngày 18/9/2026
Authoring never checks a wrapped script's own declared input-ordering assumption against the tool it will consume from Đang mở

needs-triage

Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 52/100

galaxyproject/foundry#590 · Mở ngày 18/9/2026
`PUT /api/workflows/{id}` defaults `exact_tools` to true and discards the per-step detail it already computed Đang mở

needs-triage

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 68/100

galaxyproject/foundry#589 · Mở ngày 18/9/2026
A `sample_sheet` column was wired onto a plain scalar tool port, a binding that can never work Đang mở

needs-triage

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 52/100

galaxyproject/foundry#588 · Mở ngày 18/9/2026
gxformat2 has no `tool_uuid`, so a step bound to a registered UDT imports unresolved Đang mở

needs-triage

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 55/100

galaxyproject/foundry#587 · Mở ngày 18/9/2026
Galaxy's unprivileged-tool lint fails opaquely on an integer input with `value: 0` Đang mở

needs-triage

Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 68/100

galaxyproject/foundry#586 · Mở ngày 18/9/2026
The real UDT registration endpoint is `/api/unprivileged_tools`, not the admin-only `/api/dynamic_tools` Đang mở

needs-triage

Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 72/100

galaxyproject/foundry#585 · Mở ngày 18/9/2026
Invocation-failure reference has no tell for a stale toolbox read vs. a real install failure Đang mở

needs-triage

Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 76/100

galaxyproject/foundry#584 · Mở ngày 18/9/2026
`replacement_collection` indexes `rows` unconditionally, crashing Planemo staging for a `sample_sheet` input without `rows` Đang mở

needs-triage

Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 86/100

galaxyproject/foundry#583 · Mở ngày 18/9/2026
No documented path for an authored `GalaxyUserTool` to reach a Planemo-managed toolbox Đang mở

needs-triage

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 48/100

galaxyproject/foundry#582 · Mở ngày 18/9/2026
`gxwf validate --connections` crashes on an ordinary format2 dict-shaped `step.in` Đang mở

needs-triage

Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 72/100

galaxyproject/foundry#581 · Mở ngày 18/9/2026
`comments: type: frame` authored without `position`/`size` is rejected by real Galaxy import Đang mở

needs-triage

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 56/100

galaxyproject/foundry#580 · Mở ngày 18/9/2026
No packaged note documents the `sample_sheet` + `rows:` job-input shape Đang mở

needs-triage

Độ khó 1/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 88/100

galaxyproject/foundry#579 · Mở ngày 18/9/2026
tests-format has no way to put a value on an intermediate step's input port Đang mở

needs-triage

Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 66/100

galaxyproject/foundry#578 · Mở ngày 18/9/2026
`freeform-summary-to-galaxy-test-plan` is silent on being handed a concrete draft and resolved test-data refs Đang mở

needs-triage

Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 82/100

galaxyproject/foundry#577 · Mở ngày 18/9/2026
Test-plan schema requires a file-shaped `fixture` for plain scalar workflow parameters Đang mở

needs-triage

Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100

galaxyproject/foundry#576 · Mở ngày 18/9/2026
`paper-to-test-data` has no scoping or upstream-fixture guidance, and is the weaker half of its own fallback chain Đang mở

needs-triage

Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 76/100

galaxyproject/foundry#575 · Mở ngày 18/9/2026
`gxwf tool-search` returns zero hits for a literal Tool Shed repo slug Đang mở

needs-triage

Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 68/100

galaxyproject/foundry#574 · Mở ngày 18/9/2026
`implement-galaxy-tool-step` documents no binding convention for an authored UDT Đang mở

needs-triage

Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 74/100

galaxyproject/foundry#573 · Mở ngày 18/9/2026
ToolShed-fetch decoder rejects a real IUC wrapper's filtered list-collection output Đang mở

needs-triage

Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 55/100

galaxyproject/foundry#572 · Mở ngày 18/9/2026
`gxformat2-schema` documents nested `state` but not nested `in:` key addressing Đang mở

needs-triage

Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 72/100

galaxyproject/foundry#571 · Mở ngày 18/9/2026
Pattern MOCs are cast without the pattern pages they point at Đang mở

needs-triage

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 55/100

galaxyproject/foundry#570 · Mở ngày 18/9/2026
Review New Paper Đang mở

agent/implement priority/mvp roadmap/off

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 48/100

galaxyproject/foundry#568 · Mở ngày 18/9/2026
Needs better guidance for importing to a real galaxy instance Đang mở

needs-triage

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 48/100

galaxyproject/foundry#566 · 2 bình luận · Mở ngày 17/9/2026
advance-galaxy-draft-step/repair-galaxy-draft-topology can produce step doc: text long enough to crash workflow import on live Galaxy instances; no lint/validate check catches it Đang mở

needs-triage

Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100

galaxyproject/foundry#564 · 2 bình luận · Mở ngày 17/9/2026
Workflow Plan Đang mở

needs-triage

Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

galaxyproject/foundry#563 · 1 bình luận · Mở ngày 17/9/2026
Sandbox Support - agent-safehouse Đang mở

needs-triage

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 42/100

galaxyproject/foundry#562 · Mở ngày 17/9/2026
No reachable route serves a Tool Shed wrapper's raw XML at a pinned changeset Đang mở

enhancement needs-triage

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 25/100

galaxyproject/foundry#553 · 1 bình luận · Mở ngày 16/9/2026
advance-galaxy-draft-step's built-in/stock version branch is circular Đang mở

bug needs-triage

Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 72/100

galaxyproject/foundry#552 · Mở ngày 16/9/2026
`gxwf draft-validate --concrete`: the other half of #166 — a ParsedTool decode failure's `Error.message` is still a full type declaration Đang mở

bug needs-triage

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 55/100

galaxyproject/foundry#548 · 2 bình luận · Mở ngày 16/9/2026
Profiling the per-step draft loop: it is model-bound, not network-bound Đang mở

documentation needs-triage

Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

galaxyproject/foundry#547 · Mở ngày 16/9/2026
Prove the IWC review pipeline on a real PR and accept its policy pin Đang mở

agent/implement enhancement priority/mvp roadmap/main

Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 30/100

galaxyproject/foundry#535 · Mở ngày 15/9/2026
Replace abstract summarize-nextflow scenarios with concrete pinned fixtures Đang mở

agent/implement needs-triage

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 68/100

galaxyproject/foundry#534 · Mở ngày 15/9/2026
Prove the IWC maturation pipeline with runnable fixtures and a .ga entry case Đang mở

agent/implement enhancement priority/mvp roadmap/main

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 50/100

galaxyproject/foundry#531 · Mở ngày 15/9/2026
Improved Structure and Schemas for Mold Artifacts Đang mở

priority/v2 roadmap/main

Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 30/100

galaxyproject/foundry#507 · Mở ngày 12/9/2026
Ensure every pattern page has a test workflow. Đang mở

priority/mvp roadmap/substep

Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100

galaxyproject/foundry#505 · Mở ngày 12/9/2026
Improve Pattern Pages Đang mở

enhancement priority/mvp roadmap/main

Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 20/100

galaxyproject/foundry#504 · Mở ngày 12/9/2026
Improved Support for Tool Development Đang mở

priority/mvp roadmap/main

Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

galaxyproject/foundry#501 · Mở ngày 12/9/2026
Implement actual interviews. Đang mở

priority/mvp roadmap/main

Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

galaxyproject/foundry#500 · Mở ngày 12/9/2026
First Class CWL Support Đang mở

priority/v2 roadmap/main

Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

galaxyproject/foundry#499 · Mở ngày 12/9/2026
Build a Pi-backed black-box Pipeline evaluation harness Đang mở

priority/mvp roadmap/main

Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 30/100

galaxyproject/foundry#476 · Mở ngày 28/8/2026
author-galaxy-tool-wrapper: no validation step, no GalaxyUserTool schema, and the bundled prompt contradicts it Đang mở

agent/implement priority/mvp roadmap/substep

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 68/100

galaxyproject/foundry#468 · 1 bình luận · Mở ngày 19/8/2026
paper-to-cwl: a missing cwl-test-plan producer, and find-test-data used off its target axis Đang mở

priority/v2 roadmap/substep

Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100

galaxyproject/foundry#448 · Mở ngày 5/8/2026
The Foundry Diagram Makes it look like Molds are not part of the KB Đang mở

bug priority/v2 roadmap/off

Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100

galaxyproject/foundry#415 · Mở ngày 30/7/2026
First walk: cwl-to-galaxy end-to-end via ga4gh_challenge (earn the CWL-source tier out of draft) Đang mở

enhancement priority/v2 roadmap/substep

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 48/100

galaxyproject/foundry#378 · Mở ngày 24/7/2026
interview-to-freeform-summary is reviewed + pipelined but declares zero references Đang mở

priority/mvp roadmap/substep

Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 55/100

galaxyproject/foundry#377 · Mở ngày 24/7/2026
Include upstream advice/prompts/docs for tool development. Đang mở

enhancement priority/mvp roadmap/substep

Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

galaxyproject/foundry#368 · 3 bình luận · Mở ngày 22/7/2026
Foundry should use (or know about) job cache Đang mở

enhancement priority/mvp roadmap/main

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 48/100

galaxyproject/foundry#365 · 1 bình luận · 1 reaction · Mở ngày 21/7/2026
Introduce a finalize-workflow step. Đang mở

enhancement priority/mvp roadmap/main

Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100

galaxyproject/foundry#332 · Mở ngày 19/6/2026

galaxyproject/foundry

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn