galaxyproject/foundry

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• `galaxy-workflow-test-plan`: the `evidence` enum erases the fixture-derived case, and `family` has no home for output-attribute checks

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  galaxyproject/foundry#679 · 2026年10月12日 创建

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• `galaxy-tool-discovery` `status` has no `unsuitable` case, so a capability miss routes the harness to author a wrapper that already exists

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  galaxyproject/foundry#678 · 2026年10月12日 创建

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• `gxwf lint`'s untyped-parameter check does not exempt Galaxy's reserved PJA template variables

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  galaxyproject/foundry#677 · 2026年10月12日 创建

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• Cast bundles cite three references by name without packaging them, and one holds the `__current_case__` oracle

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  galaxyproject/foundry#676 · 2026年10月12日 创建

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• Nested sub-collection arity is not assertable: TestCollectionCollectionElementAssertions has no element_count

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  galaxyproject/foundry#675 · 2026年10月12日 创建

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• Interface-tier notes have no rule for shape-changing params or meta-driven parameterization

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  难度 3/5 半天 新手友好度 56/100

  galaxyproject/foundry#674 · 2026年10月12日 创建

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• Source-read posture is set per-Mold; the Runtime Note reads as a blanket ban and adjacent phases disagree

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  galaxyproject/foundry#673 · 2026年10月12日 创建

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• galaxy-user-tool-authoring: invalid collection-output example, no vendoring recipes, and an unanswered input-object question

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  galaxyproject/foundry#672 · 2026年10月12日 创建

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• iwc-test-data-conventions' nested collection example uses `type:`, which the pinned test-format schema forbids

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  galaxyproject/foundry#671 · 2026年10月12日 创建

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• Topology repair forbids both interface edits — input promotion and output promotion — and has no gate for either

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  galaxyproject/foundry#670 · 2026年10月12日 创建

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• repair-galaxy-draft-topology disowns deletion: wrong trigger, no shape, no post-deletion consistency sweep

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  galaxyproject/foundry#669 · 2026年10月12日 创建

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• Loop CLI surfaces: errors hidden below empty `*_errors` arrays, in-port wiring unreported, `--connections` unpackaged

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  galaxyproject/foundry#668 · 2026年10月12日 创建

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• Connected conditional test params: --connections cannot resolve them and the linked schema misplaces ConnectedValue

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  galaxyproject/foundry#667 · 2026年10月12日 创建

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• summarize-nextflow resolver: six measured extraction defects on nf-core/rnaseq 3.27.0

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  galaxyproject/foundry#666 · 2026年10月12日 创建

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• summary-nextflow carries no publishDir, no resolved `ext.args`, and no template body — it cannot say what a process runs

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  galaxyproject/foundry#665 · 2026年10月12日 创建

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• Galaxy supports `paired_or_unpaired` end-to-end but no read-consuming wrapper declares it

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  galaxyproject/foundry#663 · 2026年10月12日 创建

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• A green run whose assertions were never evaluated has no debug path, and no documented way to evaluate them

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  galaxyproject/foundry#662 · 2026年10月12日 创建

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• Graph-only computability guard and no fan-in recipe for `when`-gated branches; both candidate shapes pass every gate

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  galaxyproject/foundry#661 · 2026年10月12日 创建

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• Topology repair has no split/duplicate/merge shape, and no evidence standard for choosing the rejoin point

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  galaxyproject/foundry#660 · 2026年10月12日 创建

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• A UDT-bearing run ends with two workflow artifacts; the pipeline names, and carries, only one

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  galaxyproject/foundry#659 · 2026年10月12日 创建

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• planemo workflow_lint crashes on a string-valued `run:` and never passes workflow_directory

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  galaxyproject/foundry#658 · 2026年10月12日 创建

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• planemo-asserts-idioms: `has_line_matching` is anchored for you and `has_n_columns` measures only the first line

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  galaxyproject/foundry#657 · 2026年10月12日 创建

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• No gate checks that a promoted output is a dataset and not a collection; name OUTPUT KIND MISMATCH

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  galaxyproject/foundry#656 · 2026年10月12日 创建

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• advance-galaxy-draft-step step 2: eight gaps in the wrapper-resolution cascade, one selects the wrong tool

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  galaxyproject/foundry#655 · 2026年10月12日 创建

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• Branch twins are manufactured with no parity obligation, no copy discipline, and no diff tool

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  galaxyproject/foundry#654 · 2026年10月12日 创建

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• gxwf tool-state check rejects gate-expression connection keys, not just the reserved key `when`

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  galaxyproject/foundry#653 · 2026年10月12日 创建

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• gxwf treats every `run:` as a subworkflow, so a GalaxyUserTool step is invisible to connection and state checks

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  galaxyproject/foundry#652 · 2026年10月12日 创建

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• gxwf draft-extract silently drops a workflow output whose source port does not exist

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  galaxyproject/foundry#651 · 2026年10月12日 创建

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• A bare YAML 1.1 boolean enum value validates green in gxwf and becomes False in Galaxy

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  galaxyproject/foundry#650 · 2026年10月12日 创建

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• `__current_case__` is unchecked by --strict-state, forbidden by the generated step schema, and unspecified by the Molds

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  galaxyproject/foundry#649 · 2026年10月12日 创建

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• galaxy-tool-cache summarize drops every construct that decides whether an output port exists or what it carries

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  galaxyproject/foundry#648 · 2026年10月12日 创建

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• nextflow-summary-to-galaxy-template: `_plan_*` prose asserts unverified source and wrapper claims as settled fact

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  galaxyproject/foundry#647 · 2026年10月12日 创建

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• gxformat2: a string `run:` pointing at a `GalaxyUserTool` converts to an empty subworkflow step, silently

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  galaxyproject/foundry#646 · 2026年10月12日 创建

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• Nothing verifies that a written `changeset_revision` is an installable revision; a non-existent pin survived ten phases

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  galaxyproject/foundry#645 · 2026年10月12日 创建

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• `validate-galaxy-workflow` has no importability gate: `gxwf validate` was green on a workflow that cannot import

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  galaxyproject/foundry#644 · 2026年10月12日 创建

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• Published `summarize-nextflow` ships the previous schema revision, so `validate-summary-nextflow` is inverted

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  galaxyproject/foundry#643 · 2026年10月12日 创建

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• API Docs Maybe Should Have Corresponding MCP entrypoints

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  agent/implement documentation needs-triage roadmap/off upstream/galaxy

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  galaxyproject/foundry#624 · 2026年9月26日 创建

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• Apply Rules Tutorial Patterns

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  agent/research priority/v2 roadmap/off

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  galaxyproject/foundry#621 · 2026年9月26日 创建

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• Augment freeform-to-Workflow Brief scenarios with real source artifacts

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  galaxyproject/foundry#592 · 2026年9月20日 创建

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• `download?style=ga` emits unversioned `tool_id`s, producing workflows that save but cannot be invoked

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  galaxyproject/foundry#591 · 2026年9月18日 创建

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• Authoring never checks a wrapped script's own declared input-ordering assumption against the tool it will consume from

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  galaxyproject/foundry#590 · 2026年9月18日 创建

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• `PUT /api/workflows/{id}` defaults `exact_tools` to true and discards the per-step detail it already computed

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  galaxyproject/foundry#589 · 2026年9月18日 创建

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• A `sample_sheet` column was wired onto a plain scalar tool port, a binding that can never work

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  galaxyproject/foundry#588 · 1 条评论 · 2026年9月18日 创建

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• Galaxy's unprivileged-tool lint fails opaquely on an integer input with `value: 0`

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  galaxyproject/foundry#586 · 2026年9月18日 创建

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• Invocation-failure reference has no tell for a stale toolbox read vs. a real install failure

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  galaxyproject/foundry#584 · 2026年9月18日 创建

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• `replacement_collection` indexes `rows` unconditionally, crashing Planemo staging for a `sample_sheet` input without `rows`

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  galaxyproject/foundry#583 · 2026年9月18日 创建

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• No documented path for an authored `GalaxyUserTool` to reach a Planemo-managed toolbox

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  galaxyproject/foundry#582 · 1 条评论 · 2026年9月18日 创建

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• `gxwf validate --connections` crashes on an ordinary format2 dict-shaped `step.in`

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  galaxyproject/foundry#581 · 1 条评论 · 2026年9月18日 创建

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• `comments: type: frame` authored without `position`/`size` is rejected by real Galaxy import

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  galaxyproject/foundry#580 · 2026年9月18日 创建

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• No packaged note documents the `sample_sheet` + `rows:` job-input shape

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  难度 1/5 1-3 小时 新手友好度 88/100

  galaxyproject/foundry#579 · 1 条评论 · 2026年9月18日 创建

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