Support `cdot` for transcript coordinate information
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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Valutazione
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Idoneità per principianti
- 42/100
- Tipo di issue
- Funzionalità
- Chiarezza
- Da chiarire
- Stato di attività
- Attiva
- Stack tecnologico
- python
- Ambito
- bioinformatics
Direzione di ricerca
Start by reading the linked cdot issue (SACGF/cdot#54) to understand how partial NCBI gff alignments cause UTA/cdot discrepancies. Then locate where vrs-python fetches transcript coordinate data (cdot/UTA-backed translation) and determine how a mismatch could be detected at runtime. Done looks like: those discrepant cases raise a clear exception instead of silently returning wrong coordinates, with a test reproducing a partial-alignment transcript.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
One possible gotcha identified so far: https://github.com/SACGF/cdot/issues/54, which leads to some discrepancies between UTA and cdot data files when an NCBI gff file only contains a partial alignment of a transcript. In the near term, I think we can identify these cases at runtime and raise an exception. Longer term we should address this in cdot.
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 64
- Fork
- 44
- Merge medio
- 3g 2h
- PR unite (30g)
- 6
Preparare l'ambiente
Avvia il container di sviluppo del progetto nel browser, con il tuo account GitHub.
- Include un Dockerfile o un file Docker Compose
- Nessun modello di pull request
- Nessuna guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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