Support `cdot` for transcript coordinate information
Los mantenedores suelen responder en 1 día
Nadie ha tomado este issue todavía.
Evaluación
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Aptitud para principiantes
- 42/100
- Tipo de issue
- Nueva funcionalidad
- Claridad
- Necesita aclaración
- Estado de actividad
- Activo
- Stack tecnológico
- python
- Área
- bioinformatics
Línea de trabajo
Start by reading the linked cdot issue (SACGF/cdot#54) to understand how partial NCBI gff alignments cause UTA/cdot discrepancies. Then locate where vrs-python fetches transcript coordinate data (cdot/UTA-backed translation) and determine how a mismatch could be detected at runtime. Done looks like: those discrepant cases raise a clear exception instead of silently returning wrong coordinates, with a test reproducing a partial-alignment transcript.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
One possible gotcha identified so far: https://github.com/SACGF/cdot/issues/54, which leads to some discrepancies between UTA and cdot data files when an NCBI gff file only contains a partial alignment of a transcript. In the near term, I think we can identify these cases at runtime and raise an exception. Longer term we should address this in cdot.
- Lenguaje dominante
- Python
- Estrellas
- 64
- Forks
- 44
- Merge medio
- 2 d 19 h
- PR fusionados (30 d)
- 7
Preparar el entorno
Inicia el contenedor de desarrollo del proyecto en tu navegador, con tu propia cuenta de GitHub.
- Incluye un Dockerfile o un archivo de Docker Compose
- Sin plantilla de pull request
- Sin guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
Más de ga4gh/vrs-python
-
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 78/100
ga4gh/vrs-python#540 · 8 comentarios ·
Los mantenedores suelen responder en 1 día
-
Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100
ga4gh/vrs-python#673 ·
Los mantenedores suelen responder en 1 día
-
Merge `vrs/2.1` into `v3`Posiblemente ocupada @korikuzma la tomó hoy. Abiertov3
ga4gh/vrs-python#672 · 1 asignado ·
Los mantenedores suelen responder en 1 día
-
test(ci): dont make live network requestsPosiblemente ocupada @theferrit32 la tomó hace 14 días. Abierto
Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100
ga4gh/vrs-python#659 · 1 comentario · 1 reacción · 1 asignado ·
Los mantenedores suelen responder en 1 día
-
Add Relative Allele NormalizationQuizá libre de nuevo @korikuzma la tomó hace 94 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto
ga4gh/vrs-python#641 · 1 asignado ·
Los mantenedores suelen responder en 1 día
Todos los issues de ga4gh/vrs-python
Issues similares
-
bug documentation
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 78/100
awslabs/visual-asset-management-system#514 ·
Los mantenedores suelen responder en 1 día
-
backend bug spec:REQ-053
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 66/100
nolte/kamerplanter#2547 ·
Los mantenedores suelen responder en 1 día
-
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 75/100
EleutherAI/lm-evaluation-harness#4425 ·
Los mantenedores suelen responder en 1 día
-
Gemini: respect PLANNING_DISABLED=1 in lifecycle context hooksPosiblemente ocupada @AmariAugustin la tomó hoy. Abiertobug good first issue help wanted
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 87/100
OthmanAdi/planning-with-files#329 · 1 comentario ·
Los mantenedores suelen responder en 1 día
-
wr.dynamodb.read_items returns [{}] for a single partition value that does not existPosiblemente ocupada @auraseb la tomó hoy. Abierto
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 84/100
aws/aws-sdk-pandas#3520 ·
Los mantenedores suelen responder en 2 días