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Excessive allocations with VectorOfArray in broadcast

Aperta
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Valutazione

Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Idoneità per principianti
38/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
julia
Ambito
performance

Direzione di ricerca

Inizia eseguendo il riproduttore VectorOfArray segnalato con DifferentialEquations, ODEProblem, RK4 e il benchmark rhs!, quindi confrontalo con la regola del punto medio. Traccia le allocazioni durante la risoluzione e identifica l’operazione responsabile delle allocazioni per elemento; il lavoro è completato quando il caso RK4 non mostra più allocazioni eccessive, mantenendo al contempo il comportamento di risoluzione segnalato.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

I am using a VectorOfArray as state vector in DifferentialEquations. This leads to too many allocations.

using DifferentialEquations
using RecursiveArrayTools

# Set up the state vector
U = VectorOfArray([zeros(100,100,100), zeros(100,100,100)]);
rhs!(U̇, U, p, t) = U̇ .= U

# Compile all code
prob = ODEProblem(rhs!, U, (0.0, 1.0));
sol = solve(prob, RK4(); adaptive=false, dt=1.0);

# Benchmark
prob = ODEProblem(rhs!, U, (0.0, 1.0));
@time sol = solve(prob, RK4(); adaptive=false, dt=1.0);

This outputs

  1.639028 seconds (42.00 M allocations: 991.828 MiB, 18.67% gc time)

Note the very large number of allocations. It seems as if some operation was performing one small allocation per array element.

(I notice that this problem disappears if I switch to the midpoint rule.)

I tried with both Julia 1.7 and the current release branch of Julia 1.8.

Lingua principale
Julia
Stelle
233
Fork
76
Merge medio
5h 33m
PR unite (30g)
11

Guida per i contributori

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Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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