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Excessive allocations with VectorOfArray in broadcast

オープン
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評価

難易度
4/5
見積もり時間
3〜5日
初心者へのやさしさ
38/100
issue の種類
バグ
明瞭さ
おおむね明確
活発さ
停滞
技術スタック
julia
領域
performance

調査の方向性

まず、報告された VectorOfArray の再現コードを DifferentialEquations、ODEProblem、RK4、および rhs! ベンチマークで実行し、次に中点則と比較します。solve 中のアロケーションを追跡し、要素ごとのアロケーションの原因となっている操作を特定します。RK4 のケースで過剰なアロケーションが発生しなくなり、報告された solve の挙動が維持されれば完了です。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

説明

I am using a VectorOfArray as state vector in DifferentialEquations. This leads to too many allocations.

using DifferentialEquations
using RecursiveArrayTools

# Set up the state vector
U = VectorOfArray([zeros(100,100,100), zeros(100,100,100)]);
rhs!(U̇, U, p, t) = U̇ .= U

# Compile all code
prob = ODEProblem(rhs!, U, (0.0, 1.0));
sol = solve(prob, RK4(); adaptive=false, dt=1.0);

# Benchmark
prob = ODEProblem(rhs!, U, (0.0, 1.0));
@time sol = solve(prob, RK4(); adaptive=false, dt=1.0);

This outputs

  1.639028 seconds (42.00 M allocations: 991.828 MiB, 18.67% gc time)

Note the very large number of allocations. It seems as if some operation was performing one small allocation per array element.

(I notice that this problem disappears if I switch to the midpoint rule.)

I tried with both Julia 1.7 and the current release branch of Julia 1.8.

主要言語
Julia
スター
233
フォーク
76
平均マージ
5時間 33分
マージ済み PR（30日）
11

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