Excessive allocations with VectorOfArray in broadcast
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
Chưa có ai nhận issue này.
Đánh giá
- Độ khó
- 4/5
- Thời gian dự kiến
- 3-5 ngày
- Mức phù hợp với người mới
- 38/100
- Loại issue
- Lỗi
- Độ rõ ràng
- Khá rõ ràng
- Mức độ hoạt động
- Đình trệ
- Công nghệ
- julia
- Lĩnh vực
- performance
Hướng nghiên cứu
Bắt đầu bằng cách chạy reproducer VectorOfArray đã báo cáo với DifferentialEquations, ODEProblem, RK4 và benchmark rhs!, sau đó so sánh nó với quy tắc trung điểm. Theo dõi các allocation trong quá trình solve và xác định thao tác chịu trách nhiệm cho các allocation trên mỗi phần tử; hoàn tất khi trường hợp RK4 không còn cho thấy các allocation quá mức mà vẫn giữ nguyên hành vi solve đã báo cáo.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Mô tả
I am using a VectorOfArray as state vector in DifferentialEquations. This leads to too many allocations.
using DifferentialEquations
using RecursiveArrayTools
# Set up the state vector
U = VectorOfArray([zeros(100,100,100), zeros(100,100,100)]);
rhs!(U̇, U, p, t) = U̇ .= U
# Compile all code
prob = ODEProblem(rhs!, U, (0.0, 1.0));
sol = solve(prob, RK4(); adaptive=false, dt=1.0);
# Benchmark
prob = ODEProblem(rhs!, U, (0.0, 1.0));
@time sol = solve(prob, RK4(); adaptive=false, dt=1.0);
This outputs
1.639028 seconds (42.00 M allocations: 991.828 MiB, 18.67% gc time)
Note the very large number of allocations. It seems as if some operation was performing one small allocation per array element.
(I notice that this problem disappears if I switch to the midpoint rule.)
I tried with both Julia 1.7 and the current release branch of Julia 1.8.
- Ngôn ngữ chính
- Julia
- Star
- 234
- Fork
- 77
- Merge trung bình
- 1 ngày 2 giờ
- Pull request đã merge (30 ngày)
- 11
Chuẩn bị môi trường
- Không có Dockerfile hay tệp Docker Compose
- Không có mẫu pull request
- Đọc hướng dẫn đóng góp
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của SciML/RecursiveArrayTools.jl
-
Docs: usage of j vs iĐang mở
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 68/100
SciML/RecursiveArrayTools.jl#255 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
JET: similar_type(::Any) no-matching-method in RecursiveArrayToolsRaggedArrays (pre-existing QA red)Đang mở
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 48/100
SciML/RecursiveArrayTools.jl#620 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100
SciML/RecursiveArrayTools.jl#619 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
bug
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100
SciML/RecursiveArrayTools.jl#570 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Re-enable downgrade CI testsĐang mở
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 28/100
SciML/RecursiveArrayTools.jl#522 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
Tất cả issue của SciML/RecursiveArrayTools.jl
Issue tương tự
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 68/100
CliMA/ClimaArtifacts#184 ·
-
In-place Vern7 stiffness estimate uses mismatched stage valuesCó thể đã có người làm @devmotion đã nhận hôm nay. Đang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 72/100
SciML/OrdinaryDiffEq.jl#4778 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
`pick_batchsize` spends ~1 µs constructing `BatchSizeSettings{B}(N)` with a run-time `B`Có thể đã có người làm @devmotion đã nhận hôm nay. Đang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 68/100
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 86/100
JuliaDiff/ReverseDiff.jl#318 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 82/100