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Choosing a single 7-rank classification path

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Valutazione

Difficoltà
5/5
Tempo stimato
Più di una settimana
Idoneità per principianti
25/100
Tipo di issue
Funzionalità
Chiarezza
Da chiarire
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
python
Ambito
bioinformatics

Direzione di ricerca

Inizia con la risposta collegata di Global Names Verifier per “Phleum alpinum”, concentrandoti su classification_path, classification_path_ranks, name_string e sources. Esamina come dovrebbero essere gestite le fonti ripetute, i sinonimi, le fonti dipendenti e i ranghi in conflitto. Il lavoro sarà considerato concluso quando il progetto avrà un modo definito e documentato per scegliere un percorso di classificazione a sette ranghi.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

As an example, we can consider the classification paths returned for 'Phleum alpinum'. When the results are filtered to include only the 7 required ranks, we get the following with matching GNR confidence scores of 0.988:

...
  "classification_path": [
    "Viridiplantae|Streptophyta|Magnoliopsida|Poales|Poaceae|Phleum|Phleum alpinum",
    "Archaeplastida|Chloroplastida|Streptophyta|Tracheophyta|Magnoliopsida|Liliopsida|Poales|Poaceae|Phleum|Phleum alpinum",
    "Plantae|Tracheophyta|Liliopsida|Poales|Poaceae|Phleum|Phleum alpinum",
    "Plantae|Tracheophyta|Liliopsida|Poales|Poaceae|Phleum|Phleum alpinum",
    "Plantae|Tracheophyta|Liliopsida|Poales|Poaceae|Phleum|Phleum alpinum",
    "Plantae|Tracheophyta|Liliopsida|Poales|Poaceae|Phleum|Phleum alpinum",
    "Plantae|Magnoliophyta|Liliopsida|Poales|Poaceae|Phleum|Phleum alpinum",
    "Plantae|Tracheophyta|Liliopsida|Poales|Poaceae|Phleum|Phleum alpinum",
    "Plantae|Tracheophyta|Magnoliopsida|Poales|Poaceae|Phleum|Phleum alpinum"
  ],
  "name_string": [
    "Phleum alpinum",
    "Phleum alpinum",
    "Phleum alpinum",
    "Phleum alpinum L.",
    "Phleum alpinum prol. commutatum (Gaudin) Rouy",
    "Phleum alpinum prol. parviceps (Briq.) Rouy",
    "Phleum alpinum Linnaeus",
    "Phleum alpinum L.",
    "Phleum alpinum L."
  ],
  "classification_path_ranks": [
    "kingdom|phylum|class|order|family|genus|species",
    "kingdom|kingdom|phylum|phylum|class|class|order|family|genus|species",
    "kingdom|phylum|class|order|family|genus|species",
    "kingdom|phylum|class|order|family|genus|species",
    "kingdom|phylum|class|order|family|genus|species",
    "kingdom|phylum|class|order|family|genus|species",
    "kingdom|phylum|class|order|family|genus|species",
    "kingdom|phylum|class|order|family|genus|species",
    "kingdom|phylum|class|order|family|genus|species"
  ],
  "sources": [
    "National Center for Biotechnology Information",
    "Open Tree of Life Reference Taxonomy",
    "iNaturalist Taxonomy",
    "Catalogue of Life Checklist",
    "Catalogue of Life Checklist",
    "Catalogue of Life Checklist",
    "The Interim Register of Marine and Nonmarine Genera",
    "GBIF Backbone Taxonomy",
    "EUNIS"
  ],
...

The problems illustrated in this case include:

  1. A source returns multiple terms for a given rank, e.g. OTOL's Kingdom, Phylum, and Class ranks. It's not clear how the 'correct' term should be chosen.
  2. A simple vote for the most frequently occurring classification_path result is problematic because:
    • A single source can appear more than once, e.g. here the Catalogue of Life Checklist appears 3 times, reporting several synonyms as shown in the name_string field. Whether a term here is a synonym or not isn't available in the output of a GNR query.
    • The sources are interdependent.
  3. Results at a given rank (even when not considering OTOL) are discrepant, e.g. "kingdom": ["Plantae", "Viridiplantae"], "phylum": ["Tracheophyta", "Magnoliophyta", "Streptophyta"], "class": ["Magnoliopsida", "Liliopsida", "Magnoliopsida"].

The full response for this example can be explored by visiting: http://resolver.globalnames.org/name_resolvers.json?names=Phleum+alpinum&with_vernaculars=true&wigh_context=false&with_canonical_ranks=true

Lingua principale
Python
Stelle
20
Fork
0
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Preparare l'ambiente

Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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