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Taxonomy columns in `dataset/catalog.parquet` are shifted incorrectly causing species to be null

Aperta
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Valutazione

Difficoltà
3/5
Tempo stimato
1-2 giorni
Idoneità per principianti
68/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Attiva
Stack tecnologico
python
Ambito
data

Direzione di ricerca

Start by inspecting dataset/catalog.parquet, including the Cinnamon Clownfish row identified by UUID, and compare the rank columns against scientific_name. Trace the Python data-generation or alignment entry point that produces the catalog. Done means missing taxonomy ranks remain null without shifting downstream values, including for the reported affected rows.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

I was spot checking some fish labels and noticed that some rows in dataset/catalog.parquet have lower ranks shifted one column left, so species ends up null. E.g. the Cinnamon Clownfish (uuid 0eb15b94-0fc6-42cb-a3b2-b310018b7ba4) has

  • kingdom: Animalia
  • phylum: Chordata
  • class: Perciformes (WRONG, this is an order; should be Actinopterygii)
  • order: Pomacentridae (this is a family)
  • family: Amphiprion (this is a genus)
  • genus: melanopus (this is a species)
  • species: null
  • scientific_name: Amphiprion melanopus

As an aside, I believe clownfish have more recently been placed in the order Blenniiformes but I think Perciformes at least historically correct.

I believe at least 32,943 labels for 2,643,887 rows match this pattern for the species I filtered down to for my use, but there may be more.

I think the fix for this should be that a missing rank should remain null instead of shifting downstream ranks.

Lingua principale
Python
Stelle
20
Fork
0
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

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Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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