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Choosing a single 7-rank classification path

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Evaluación

Dificultad
5/5
Tiempo estimado
Más de una semana
Aptitud para principiantes
25/100
Tipo de issue
Nueva funcionalidad
Claridad
Necesita aclaración
Estado de actividad
Estancado
Stack tecnológico
python
Área
bioinformatics

Línea de trabajo

Comienza con la respuesta enlazada de Global Names Verifier para “Phleum alpinum”, centrándote en classification_path, classification_path_ranks, name_string y sources. Revisa cómo deberían manejarse las fuentes repetidas, los sinónimos, las fuentes dependientes y los rangos en conflicto. Se considerará terminado cuando el proyecto tenga una forma decidida y documentada de elegir una ruta de clasificación de siete rangos.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

As an example, we can consider the classification paths returned for 'Phleum alpinum'. When the results are filtered to include only the 7 required ranks, we get the following with matching GNR confidence scores of 0.988:

...
  "classification_path": [
    "Viridiplantae|Streptophyta|Magnoliopsida|Poales|Poaceae|Phleum|Phleum alpinum",
    "Archaeplastida|Chloroplastida|Streptophyta|Tracheophyta|Magnoliopsida|Liliopsida|Poales|Poaceae|Phleum|Phleum alpinum",
    "Plantae|Tracheophyta|Liliopsida|Poales|Poaceae|Phleum|Phleum alpinum",
    "Plantae|Tracheophyta|Liliopsida|Poales|Poaceae|Phleum|Phleum alpinum",
    "Plantae|Tracheophyta|Liliopsida|Poales|Poaceae|Phleum|Phleum alpinum",
    "Plantae|Tracheophyta|Liliopsida|Poales|Poaceae|Phleum|Phleum alpinum",
    "Plantae|Magnoliophyta|Liliopsida|Poales|Poaceae|Phleum|Phleum alpinum",
    "Plantae|Tracheophyta|Liliopsida|Poales|Poaceae|Phleum|Phleum alpinum",
    "Plantae|Tracheophyta|Magnoliopsida|Poales|Poaceae|Phleum|Phleum alpinum"
  ],
  "name_string": [
    "Phleum alpinum",
    "Phleum alpinum",
    "Phleum alpinum",
    "Phleum alpinum L.",
    "Phleum alpinum prol. commutatum (Gaudin) Rouy",
    "Phleum alpinum prol. parviceps (Briq.) Rouy",
    "Phleum alpinum Linnaeus",
    "Phleum alpinum L.",
    "Phleum alpinum L."
  ],
  "classification_path_ranks": [
    "kingdom|phylum|class|order|family|genus|species",
    "kingdom|kingdom|phylum|phylum|class|class|order|family|genus|species",
    "kingdom|phylum|class|order|family|genus|species",
    "kingdom|phylum|class|order|family|genus|species",
    "kingdom|phylum|class|order|family|genus|species",
    "kingdom|phylum|class|order|family|genus|species",
    "kingdom|phylum|class|order|family|genus|species",
    "kingdom|phylum|class|order|family|genus|species",
    "kingdom|phylum|class|order|family|genus|species"
  ],
  "sources": [
    "National Center for Biotechnology Information",
    "Open Tree of Life Reference Taxonomy",
    "iNaturalist Taxonomy",
    "Catalogue of Life Checklist",
    "Catalogue of Life Checklist",
    "Catalogue of Life Checklist",
    "The Interim Register of Marine and Nonmarine Genera",
    "GBIF Backbone Taxonomy",
    "EUNIS"
  ],
...

The problems illustrated in this case include:

  1. A source returns multiple terms for a given rank, e.g. OTOL's Kingdom, Phylum, and Class ranks. It's not clear how the 'correct' term should be chosen.
  2. A simple vote for the most frequently occurring classification_path result is problematic because:
    • A single source can appear more than once, e.g. here the Catalogue of Life Checklist appears 3 times, reporting several synonyms as shown in the name_string field. Whether a term here is a synonym or not isn't available in the output of a GNR query.
    • The sources are interdependent.
  3. Results at a given rank (even when not considering OTOL) are discrepant, e.g. "kingdom": ["Plantae", "Viridiplantae"], "phylum": ["Tracheophyta", "Magnoliophyta", "Streptophyta"], "class": ["Magnoliopsida", "Liliopsida", "Magnoliopsida"].

The full response for this example can be explored by visiting: http://resolver.globalnames.org/name_resolvers.json?names=Phleum+alpinum&with_vernaculars=true&wigh_context=false&with_canonical_ranks=true

Lenguaje dominante
Python
Estrellas
19
Forks
0
Sin PR fusionados en 30 d

Preparar el entorno

Aún no hemos revisado los archivos de configuración de este proyecto. Empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

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