Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

Choosing a single 7-rank classification path

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#1 1 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
5/5
Thời gian dự kiến
Hơn một tuần
Mức phù hợp với người mới
25/100
Loại issue
Tính năng
Độ rõ ràng
Cần làm rõ
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
python
Lĩnh vực
bioinformatics

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu với response Global Names Verifier được liên kết cho “Phleum alpinum”, tập trung vào classification_path, classification_path_ranks, name_string và sources. Xem xét cách nên xử lý các source lặp lại, synonym, source phụ thuộc và rank xung đột. Công việc được xem là hoàn tất khi dự án có một cách thức đã được quyết định và ghi chép để chọn một đường dẫn phân loại gồm bảy rank.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

As an example, we can consider the classification paths returned for 'Phleum alpinum'. When the results are filtered to include only the 7 required ranks, we get the following with matching GNR confidence scores of 0.988:

...
  "classification_path": [
    "Viridiplantae|Streptophyta|Magnoliopsida|Poales|Poaceae|Phleum|Phleum alpinum",
    "Archaeplastida|Chloroplastida|Streptophyta|Tracheophyta|Magnoliopsida|Liliopsida|Poales|Poaceae|Phleum|Phleum alpinum",
    "Plantae|Tracheophyta|Liliopsida|Poales|Poaceae|Phleum|Phleum alpinum",
    "Plantae|Tracheophyta|Liliopsida|Poales|Poaceae|Phleum|Phleum alpinum",
    "Plantae|Tracheophyta|Liliopsida|Poales|Poaceae|Phleum|Phleum alpinum",
    "Plantae|Tracheophyta|Liliopsida|Poales|Poaceae|Phleum|Phleum alpinum",
    "Plantae|Magnoliophyta|Liliopsida|Poales|Poaceae|Phleum|Phleum alpinum",
    "Plantae|Tracheophyta|Liliopsida|Poales|Poaceae|Phleum|Phleum alpinum",
    "Plantae|Tracheophyta|Magnoliopsida|Poales|Poaceae|Phleum|Phleum alpinum"
  ],
  "name_string": [
    "Phleum alpinum",
    "Phleum alpinum",
    "Phleum alpinum",
    "Phleum alpinum L.",
    "Phleum alpinum prol. commutatum (Gaudin) Rouy",
    "Phleum alpinum prol. parviceps (Briq.) Rouy",
    "Phleum alpinum Linnaeus",
    "Phleum alpinum L.",
    "Phleum alpinum L."
  ],
  "classification_path_ranks": [
    "kingdom|phylum|class|order|family|genus|species",
    "kingdom|kingdom|phylum|phylum|class|class|order|family|genus|species",
    "kingdom|phylum|class|order|family|genus|species",
    "kingdom|phylum|class|order|family|genus|species",
    "kingdom|phylum|class|order|family|genus|species",
    "kingdom|phylum|class|order|family|genus|species",
    "kingdom|phylum|class|order|family|genus|species",
    "kingdom|phylum|class|order|family|genus|species",
    "kingdom|phylum|class|order|family|genus|species"
  ],
  "sources": [
    "National Center for Biotechnology Information",
    "Open Tree of Life Reference Taxonomy",
    "iNaturalist Taxonomy",
    "Catalogue of Life Checklist",
    "Catalogue of Life Checklist",
    "Catalogue of Life Checklist",
    "The Interim Register of Marine and Nonmarine Genera",
    "GBIF Backbone Taxonomy",
    "EUNIS"
  ],
...

The problems illustrated in this case include:

  1. A source returns multiple terms for a given rank, e.g. OTOL's Kingdom, Phylum, and Class ranks. It's not clear how the 'correct' term should be chosen.
  2. A simple vote for the most frequently occurring classification_path result is problematic because:
    • A single source can appear more than once, e.g. here the Catalogue of Life Checklist appears 3 times, reporting several synonyms as shown in the name_string field. Whether a term here is a synonym or not isn't available in the output of a GNR query.
    • The sources are interdependent.
  3. Results at a given rank (even when not considering OTOL) are discrepant, e.g. "kingdom": ["Plantae", "Viridiplantae"], "phylum": ["Tracheophyta", "Magnoliophyta", "Streptophyta"], "class": ["Magnoliopsida", "Liliopsida", "Magnoliopsida"].

The full response for this example can be explored by visiting: http://resolver.globalnames.org/name_resolvers.json?names=Phleum+alpinum&with_vernaculars=true&wigh_context=false&with_canonical_ranks=true

Ngôn ngữ chính
Python
Star
20
Fork
0
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Chuẩn bị môi trường

Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của Imageomics/TaxonoPy

Tất cả issue của Imageomics/TaxonoPy

Issue tương tự

Thêm issue về Python

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.