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BlueBrain

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Blue Brain Nexus - A knowledge graph for data-driven science

Scala · 301 stelle
NeuroMorphoVis
A lightweight, interactive, extensible and cross-platform framework for building, visualizing and analyzing digital reconstructions of ne...

Python · 138 stelle
nexus-forge
Building and Using Knowledge Graphs made easy

Python · 52 stelle
Tide
Tiled Interactive Display Environment

C++ · 50 stelle
VessMorphoVis
A lightweight, interactive, extensible and cross-platform framework for building, visualizing and analyzing vasculature (or blood vessels...

Python · 50 stelle
MOOC-neurons-and-synapses-2017
Reference data for the "Simulation Neuroscience:Neurons and Synapses" Massive Online Open Course

Jupyter Notebook · 44 stelle
Ultraliser
Reconstruction of watertight meshes, annotated volumes and center line skeletons of neuroscience spatial structures from non-watertight i...

C++ · 36 stelle
BlueGraph
Python framework for graph analytics and co-occurrence analysis

Python · 34 stelle
Deflect
C++ library for building applications to stream pixels to Tide

C++ · 25 stelle
Brion
Blue Brain C++ File IO Library

C++ · 23 stelle
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Search, download, and prepare brain atlas data.

Python · 17 stelle
EModelRunner
Runs cells from stand-alone packages.

Python · 16 stelle
BluePyMM
Blue Brain Python Cell Model Management

Python · 13 stelle
atlas-alignment
Blue Brain multi-modal registration and alignment toolbox

Python · 12 stelle
morphoclass
Neuronal morphology preparation and classification using Machine Learning.

Python · 12 stelle
MOOC-hippocampus-network-simulation-2019

Jupyter Notebook · 11 stelle
Long-range-micro-connectome
BlueBrain's recipe writer to parameterize structure and logic of a mouse whole-neocortex connectome

Python · 10 stelle
hpc-coding-conventions

Python · 10 stelle
nexus-bbp-domains
BBP domains specification (schemas, vocabularies)

Scala · 9 stelle
ccfv3a-extended-atlas

Python · 9 stelle
19 altri repository si trovano su Vedi su GitHub

Adatte ai principianti Tutto

Aperta Tutte

missing file in Windows install Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

BlueBrain/NeuroMorphoVis#219 · 2 commenti · Aperta il 8/6/2026
Regarding course Jupyter notebook Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

BlueBrain/MOOC-neurons-and-synapses-2017#106 · Aperta il 17/5/2026
Operator Advisory: GitHub Discussions must be enabled to start the pipeline Aperta

Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 20/100

BlueBrain/Molsys-transcriptomic-atlas#1 · Aperta il 27/3/2026
Thank you Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 1/100

BlueBrain/dir-content-diff#79 · 4 commenti · 1 reazione · Aperta il 20/8/2025
spinal cord part data in QuickNII or BrainGlobe platform missing Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

BlueBrain/ccfv3a-extended-atlas#1 · Aperta il 2/6/2025
Voxelization Error in Blender 4.2.3 Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

BlueBrain/NeuroMorphoVis#218 · 4 commenti · Aperta il 20/2/2025
recompiling the sphinx docs fails (neurodamus) Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

BlueBrain/sphinx-bluebrain-theme#74 · Aperta il 30/1/2025
Simulating the Hippocampus Microcircuits Brayns and App Recordings Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 20/100

BlueBrain/MOOC-neurons-and-synapses-2017#105 · 1 commento · Aperta il 11/12/2024
Mismatch between Assignment Scores obtained and overal grade Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 20/100

BlueBrain/MOOC-neurons-and-synapses-2017#104 · Aperta il 11/12/2024
Can I show the running executable in Tide? Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 30/100

BlueBrain/Tide#320 · Aperta il 19/11/2024
neuro Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 1/100

BlueBrain/MOOC-neurons-and-synapses-2017#103 · Aperta il 24/10/2024
Needs to be updated to use `bluepysnap` and `brain-indexer` Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 15/100

BlueBrain/white-matter-projections#1 · Aperta il 16/10/2024
Compute distance from spine base to the soma Aperta

enhancement

BlueBrain/Ultraliser#76 · 1 commento · 1 assegnatario · Aperta il 27/8/2024
Classification of arbors into axons and dendrites. Aperta

enhancement

BlueBrain/Ultraliser#75 · 1 assegnatario · Aperta il 27/8/2024
Support loading PropertyShape-s in RdfModel Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 30/100

BlueBrain/nexus-forge#422 · Aperta il 20/8/2024
Make a macOS App Installer Aperta

enhancement

BlueBrain/NeuroMorphoVis#214 · 1 assegnatario · Aperta il 19/8/2024
Refactor the shading layer Aperta

enhancement

BlueBrain/NeuroMorphoVis#213 · 1 assegnatario · Aperta il 19/8/2024
Soma analyzer Aperta

bug enhancement

BlueBrain/NeuroMorphoVis#212 · 1 assegnatario · Aperta il 19/8/2024
Display the entire axon in the Morpholoy Toolbox Aperta

bug enhancement

BlueBrain/NeuroMorphoVis#210 · 1 assegnatario · Aperta il 18/8/2024
When distribution contentType and File contentType mismatch, silently fails Aperta

bug

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

BlueBrain/nexus-forge#421 · Aperta il 8/8/2024
Error about Cytoscapeviz.pl: command not found Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 25/100

BlueBrain/basalt#115 · Aperta il 18/7/2024
Catch all retrieval request failures into kgforge.core.commons.exception.RetrievalError Aperta

enhancement

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

BlueBrain/nexus-forge#417 · Aperta il 8/7/2024
Allow loading local schemas for testing validation Aperta

enhancement

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

BlueBrain/nexus-forge#412 · 1 commento · Aperta il 19/6/2024
Add an endpoint to return schema dependencies Aperta

delta enhancement

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

BlueBrain/nexus#5028 · Aperta il 10/6/2024
Deduplicate and add version validation of imports Aperta

delta enhancement

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 42/100

BlueBrain/nexus#5027 · Aperta il 10/6/2024
Keep track of schema and ontology import resolution Aperta

delta enhancement

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 30/100

BlueBrain/nexus#5026 · Aperta il 10/6/2024
Allow to deprecate directories Aperta

delta feature

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

BlueBrain/nexus#4979 · Aperta il 15/5/2024
Allow to tag directories Aperta

delta feature

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

BlueBrain/nexus#4978 · Aperta il 15/5/2024
Allow to update directories via an link operation Aperta

delta feature

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

BlueBrain/nexus#4977 · Aperta il 15/5/2024
Add a fetch endpoint for directories Aperta

delta feature

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 38/100

BlueBrain/nexus#4976 · Aperta il 15/5/2024
Introduce the Directory entity with a link operation Aperta

delta feature

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

BlueBrain/nexus#4924 · Aperta il 2/5/2024
Remove unnecessary polling of statistics endpoint Aperta

fusion

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

BlueBrain/nexus#4913 · Aperta il 30/4/2024
Advanced view disappears when user clicks "fold" in some cases Aperta

fusion

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

BlueBrain/nexus#4905 · Aperta il 25/4/2024
Implement a binary PLY mesh reader and exporter. Aperta

enhancement

BlueBrain/Ultraliser#71 · 1 assegnatario · Aperta il 12/4/2024
Invalid time since creation/update in resource metadata display Aperta

bug fusion

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

BlueBrain/nexus#4835 · Aperta il 4/4/2024
Traversing links in Fusion's advanced view of a resource resolves view in wrong bucket Aperta

bug fusion

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

BlueBrain/nexus#4834 · Aperta il 4/4/2024
Copying resource tags in fusion Aperta

feature fusion

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

BlueBrain/nexus#4815 · Aperta il 2/4/2024
Where can I find synaptic calcium concentration values in this simulation? Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 30/100

BlueBrain/EModelRunner#104 · 1 commento · Aperta il 15/3/2024
Add an endpoint to compare two resources Aperta

delta feature

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

BlueBrain/nexus#4787 · 1 reazione · Aperta il 7/3/2024
Investigate if the largest projects can be benefit from further partitioning Aperta

delta investigation

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

BlueBrain/nexus#4786 · Aperta il 7/3/2024
As the user I want to display File/Image Resource and resources with image property in preview plugin Aperta

enhancement fusion

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

BlueBrain/nexus#4761 · Aperta il 28/2/2024
Dataset from Resource doesn't keep LazyActions Aperta

bug Dataset

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 42/100

BlueBrain/nexus-forge#390 · Aperta il 27/2/2024
Further coloring schemes for the analaysis. Aperta

enhancement

BlueBrain/NeuroMorphoVis#207 · 1 assegnatario · Aperta il 27/2/2024
Remove the custom error / rejection handling for routes in Delta Aperta

delta refactoring and maintenance

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

BlueBrain/nexus#4754 · Aperta il 23/2/2024
Failed download does not set any _last_action Aperta

bug

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

BlueBrain/nexus-forge#385 · Aperta il 19/2/2024
User should be able to find resources when they search by id Aperta

bug fusion

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

BlueBrain/nexus#4744 · Aperta il 19/2/2024
Apply schema mapping to resources Aperta

delta feature

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

BlueBrain/nexus#4704 · Aperta il 29/1/2024
Introduce a schema mapping configuration Aperta

delta feature

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

BlueBrain/nexus#4703 · Aperta il 29/1/2024
Update morphologyviewer plugin in fusion Aperta

fusion fusion-plugin

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

BlueBrain/nexus#4680 · Aperta il 22/1/2024
Show count of triples when querying a sparql view Aperta

feature fusion

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

BlueBrain/nexus#4668 · Aperta il 17/1/2024

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