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Blue Brain Nexus - A knowledge graph for data-driven science

Scala · 301 Sterne
NeuroMorphoVis
A lightweight, interactive, extensible and cross-platform framework for building, visualizing and analyzing digital reconstructions of ne...

Python · 138 Sterne
nexus-forge
Building and Using Knowledge Graphs made easy

Python · 52 Sterne
Tide
Tiled Interactive Display Environment

C++ · 50 Sterne
VessMorphoVis
A lightweight, interactive, extensible and cross-platform framework for building, visualizing and analyzing vasculature (or blood vessels...

Python · 50 Sterne
MOOC-neurons-and-synapses-2017
Reference data for the "Simulation Neuroscience:Neurons and Synapses" Massive Online Open Course

Jupyter Notebook · 44 Sterne
Ultraliser
Reconstruction of watertight meshes, annotated volumes and center line skeletons of neuroscience spatial structures from non-watertight i...

C++ · 36 Sterne
BlueGraph
Python framework for graph analytics and co-occurrence analysis

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C++ library for building applications to stream pixels to Tide

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Blue Brain C++ File IO Library

C++ · 23 Sterne
Atlas-Download-Tools
Search, download, and prepare brain atlas data.

Python · 17 Sterne
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Runs cells from stand-alone packages.

Python · 16 Sterne
BluePyMM
Blue Brain Python Cell Model Management

Python · 13 Sterne
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Blue Brain multi-modal registration and alignment toolbox

Python · 12 Sterne
morphoclass
Neuronal morphology preparation and classification using Machine Learning.

Python · 12 Sterne
MOOC-hippocampus-network-simulation-2019

Jupyter Notebook · 11 Sterne
Long-range-micro-connectome
BlueBrain's recipe writer to parameterize structure and logic of a mouse whole-neocortex connectome

Python · 10 Sterne
hpc-coding-conventions

Python · 10 Sterne
nexus-bbp-domains
BBP domains specification (schemas, vocabularies)

Scala · 9 Sterne
ccfv3a-extended-atlas

Python · 9 Sterne
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Einsteigerfreundlich Alles

Offen Alle

missing file in Windows install Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

BlueBrain/NeuroMorphoVis#219 · 2 Kommentare · Erstellt am 08.6.2026
Regarding course Jupyter notebook Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

BlueBrain/MOOC-neurons-and-synapses-2017#106 · Erstellt am 17.5.2026
Operator Advisory: GitHub Discussions must be enabled to start the pipeline Offen

Schwierigkeit 1/5 Unter einer Stunde Anfängerfreundlichkeit 20/100

BlueBrain/Molsys-transcriptomic-atlas#1 · Erstellt am 27.3.2026
Thank you Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 1/100

BlueBrain/dir-content-diff#79 · 4 Kommentare · 1 Reaktion · Erstellt am 20.8.2025
spinal cord part data in QuickNII or BrainGlobe platform missing Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

BlueBrain/ccfv3a-extended-atlas#1 · Erstellt am 02.6.2025
Voxelization Error in Blender 4.2.3 Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

BlueBrain/NeuroMorphoVis#218 · 4 Kommentare · Erstellt am 20.2.2025
recompiling the sphinx docs fails (neurodamus) Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

BlueBrain/sphinx-bluebrain-theme#74 · Erstellt am 30.1.2025
Simulating the Hippocampus Microcircuits Brayns and App Recordings Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 20/100

BlueBrain/MOOC-neurons-and-synapses-2017#105 · 1 Kommentar · Erstellt am 11.12.2024
Mismatch between Assignment Scores obtained and overal grade Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 20/100

BlueBrain/MOOC-neurons-and-synapses-2017#104 · Erstellt am 11.12.2024
Can I show the running executable in Tide? Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 30/100

BlueBrain/Tide#320 · Erstellt am 19.11.2024
neuro Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 1/100

BlueBrain/MOOC-neurons-and-synapses-2017#103 · Erstellt am 24.10.2024
Needs to be updated to use `bluepysnap` and `brain-indexer` Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 15/100

BlueBrain/white-matter-projections#1 · Erstellt am 16.10.2024
Compute distance from spine base to the soma Offen

enhancement

BlueBrain/Ultraliser#76 · 1 Kommentar · 1 zugewiesene Person · Erstellt am 27.8.2024
Classification of arbors into axons and dendrites. Offen

enhancement

BlueBrain/Ultraliser#75 · 1 zugewiesene Person · Erstellt am 27.8.2024
Support loading PropertyShape-s in RdfModel Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 30/100

BlueBrain/nexus-forge#422 · Erstellt am 20.8.2024
Make a macOS App Installer Offen

enhancement

BlueBrain/NeuroMorphoVis#214 · 1 zugewiesene Person · Erstellt am 19.8.2024
Refactor the shading layer Offen

enhancement

BlueBrain/NeuroMorphoVis#213 · 1 zugewiesene Person · Erstellt am 19.8.2024
Soma analyzer Offen

bug enhancement

BlueBrain/NeuroMorphoVis#212 · 1 zugewiesene Person · Erstellt am 19.8.2024
Display the entire axon in the Morpholoy Toolbox Offen

bug enhancement

BlueBrain/NeuroMorphoVis#210 · 1 zugewiesene Person · Erstellt am 18.8.2024
When distribution contentType and File contentType mismatch, silently fails Offen

bug

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

BlueBrain/nexus-forge#421 · Erstellt am 08.8.2024
Error about Cytoscapeviz.pl: command not found Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

BlueBrain/basalt#115 · Erstellt am 18.7.2024
Catch all retrieval request failures into kgforge.core.commons.exception.RetrievalError Offen

enhancement

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

BlueBrain/nexus-forge#417 · Erstellt am 08.7.2024
Allow loading local schemas for testing validation Offen

enhancement

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

BlueBrain/nexus-forge#412 · 1 Kommentar · Erstellt am 19.6.2024
Add an endpoint to return schema dependencies Offen

delta enhancement

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

BlueBrain/nexus#5028 · Erstellt am 10.6.2024
Deduplicate and add version validation of imports Offen

delta enhancement

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 42/100

BlueBrain/nexus#5027 · Erstellt am 10.6.2024
Keep track of schema and ontology import resolution Offen

delta enhancement

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 30/100

BlueBrain/nexus#5026 · Erstellt am 10.6.2024
Allow to deprecate directories Offen

delta feature

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

BlueBrain/nexus#4979 · Erstellt am 15.5.2024
Allow to tag directories Offen

delta feature

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

BlueBrain/nexus#4978 · Erstellt am 15.5.2024
Allow to update directories via an link operation Offen

delta feature

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

BlueBrain/nexus#4977 · Erstellt am 15.5.2024
Add a fetch endpoint for directories Offen

delta feature

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 38/100

BlueBrain/nexus#4976 · Erstellt am 15.5.2024
Introduce the Directory entity with a link operation Offen

delta feature

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 35/100

BlueBrain/nexus#4924 · Erstellt am 02.5.2024
Remove unnecessary polling of statistics endpoint Offen

fusion

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

BlueBrain/nexus#4913 · Erstellt am 30.4.2024
Advanced view disappears when user clicks "fold" in some cases Offen

fusion

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

BlueBrain/nexus#4905 · Erstellt am 25.4.2024
Implement a binary PLY mesh reader and exporter. Offen

enhancement

BlueBrain/Ultraliser#71 · 1 zugewiesene Person · Erstellt am 12.4.2024
Invalid time since creation/update in resource metadata display Offen

bug fusion

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

BlueBrain/nexus#4835 · Erstellt am 04.4.2024
Traversing links in Fusion's advanced view of a resource resolves view in wrong bucket Offen

bug fusion

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

BlueBrain/nexus#4834 · Erstellt am 04.4.2024
Copying resource tags in fusion Offen

feature fusion

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

BlueBrain/nexus#4815 · Erstellt am 02.4.2024
Where can I find synaptic calcium concentration values in this simulation? Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 30/100

BlueBrain/EModelRunner#104 · 1 Kommentar · Erstellt am 15.3.2024
Add an endpoint to compare two resources Offen

delta feature

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 35/100

BlueBrain/nexus#4787 · 1 Reaktion · Erstellt am 07.3.2024
Investigate if the largest projects can be benefit from further partitioning Offen

delta investigation

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 35/100

BlueBrain/nexus#4786 · Erstellt am 07.3.2024
As the user I want to display File/Image Resource and resources with image property in preview plugin Offen

enhancement fusion

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 20/100

BlueBrain/nexus#4761 · Erstellt am 28.2.2024
Dataset from Resource doesn't keep LazyActions Offen

bug Dataset

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 42/100

BlueBrain/nexus-forge#390 · Erstellt am 27.2.2024
Further coloring schemes for the analaysis. Offen

enhancement

BlueBrain/NeuroMorphoVis#207 · 1 zugewiesene Person · Erstellt am 27.2.2024
Remove the custom error / rejection handling for routes in Delta Offen

delta refactoring and maintenance

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

BlueBrain/nexus#4754 · Erstellt am 23.2.2024
Failed download does not set any _last_action Offen

bug

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

BlueBrain/nexus-forge#385 · Erstellt am 19.2.2024
User should be able to find resources when they search by id Offen

bug fusion

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

BlueBrain/nexus#4744 · Erstellt am 19.2.2024
Apply schema mapping to resources Offen

delta feature

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

BlueBrain/nexus#4704 · Erstellt am 29.1.2024
Introduce a schema mapping configuration Offen

delta feature

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

BlueBrain/nexus#4703 · Erstellt am 29.1.2024
Update morphologyviewer plugin in fusion Offen

fusion fusion-plugin

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

BlueBrain/nexus#4680 · Erstellt am 22.1.2024
Show count of triples when querying a sparql view Offen

feature fusion

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

BlueBrain/nexus#4668 · Erstellt am 17.1.2024

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