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Blue Brain Nexus - A knowledge graph for data-driven science

Scala · 301 estrellas
NeuroMorphoVis
A lightweight, interactive, extensible and cross-platform framework for building, visualizing and analyzing digital reconstructions of ne...

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Building and Using Knowledge Graphs made easy

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Tiled Interactive Display Environment

C++ · 50 estrellas
VessMorphoVis
A lightweight, interactive, extensible and cross-platform framework for building, visualizing and analyzing vasculature (or blood vessels...

Python · 50 estrellas
MOOC-neurons-and-synapses-2017
Reference data for the "Simulation Neuroscience:Neurons and Synapses" Massive Online Open Course

Jupyter Notebook · 44 estrellas
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Reconstruction of watertight meshes, annotated volumes and center line skeletons of neuroscience spatial structures from non-watertight i...

C++ · 36 estrellas
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Python framework for graph analytics and co-occurrence analysis

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Search, download, and prepare brain atlas data.

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Runs cells from stand-alone packages.

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Blue Brain Python Cell Model Management

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Neuronal morphology preparation and classification using Machine Learning.

Python · 12 estrellas
MOOC-hippocampus-network-simulation-2019

Jupyter Notebook · 11 estrellas
Long-range-micro-connectome
BlueBrain's recipe writer to parameterize structure and logic of a mouse whole-neocortex connectome

Python · 10 estrellas
hpc-coding-conventions

Python · 10 estrellas
nexus-bbp-domains
BBP domains specification (schemas, vocabularies)

Scala · 9 estrellas
ccfv3a-extended-atlas

Python · 9 estrellas
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Para principiantes Todo

Abierto Todos

missing file in Windows install Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

BlueBrain/NeuroMorphoVis#219 · 2 comentarios · Abierto el 8/6/2026
Regarding course Jupyter notebook Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

BlueBrain/MOOC-neurons-and-synapses-2017#106 · Abierto el 17/5/2026
Operator Advisory: GitHub Discussions must be enabled to start the pipeline Abierto

Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 20/100

BlueBrain/Molsys-transcriptomic-atlas#1 · Abierto el 27/3/2026
Thank you Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 1/100

BlueBrain/dir-content-diff#79 · 4 comentarios · 1 reacción · Abierto el 20/8/2025
spinal cord part data in QuickNII or BrainGlobe platform missing Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

BlueBrain/ccfv3a-extended-atlas#1 · Abierto el 2/6/2025
Voxelization Error in Blender 4.2.3 Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

BlueBrain/NeuroMorphoVis#218 · 4 comentarios · Abierto el 20/2/2025
recompiling the sphinx docs fails (neurodamus) Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

BlueBrain/sphinx-bluebrain-theme#74 · Abierto el 30/1/2025
Simulating the Hippocampus Microcircuits Brayns and App Recordings Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 20/100

BlueBrain/MOOC-neurons-and-synapses-2017#105 · 1 comentario · Abierto el 11/12/2024
Mismatch between Assignment Scores obtained and overal grade Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 20/100

BlueBrain/MOOC-neurons-and-synapses-2017#104 · Abierto el 11/12/2024
Can I show the running executable in Tide? Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 30/100

BlueBrain/Tide#320 · Abierto el 19/11/2024
neuro Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 1/100

BlueBrain/MOOC-neurons-and-synapses-2017#103 · Abierto el 24/10/2024
Needs to be updated to use `bluepysnap` and `brain-indexer` Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 15/100

BlueBrain/white-matter-projections#1 · Abierto el 16/10/2024
Compute distance from spine base to the soma Abierto

enhancement

BlueBrain/Ultraliser#76 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 27/8/2024
Classification of arbors into axons and dendrites. Abierto

enhancement

BlueBrain/Ultraliser#75 · 1 asignado · Abierto el 27/8/2024
Support loading PropertyShape-s in RdfModel Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 30/100

BlueBrain/nexus-forge#422 · Abierto el 20/8/2024
Make a macOS App Installer Abierto

enhancement

BlueBrain/NeuroMorphoVis#214 · 1 asignado · Abierto el 19/8/2024
Refactor the shading layer Abierto

enhancement

BlueBrain/NeuroMorphoVis#213 · 1 asignado · Abierto el 19/8/2024
Soma analyzer Abierto

bug enhancement

BlueBrain/NeuroMorphoVis#212 · 1 asignado · Abierto el 19/8/2024
Display the entire axon in the Morpholoy Toolbox Abierto

bug enhancement

BlueBrain/NeuroMorphoVis#210 · 1 asignado · Abierto el 18/8/2024
When distribution contentType and File contentType mismatch, silently fails Abierto

bug

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

BlueBrain/nexus-forge#421 · Abierto el 8/8/2024
Error about Cytoscapeviz.pl: command not found Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

BlueBrain/basalt#115 · Abierto el 18/7/2024
Catch all retrieval request failures into kgforge.core.commons.exception.RetrievalError Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

BlueBrain/nexus-forge#417 · Abierto el 8/7/2024
Allow loading local schemas for testing validation Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

BlueBrain/nexus-forge#412 · 1 comentario · Abierto el 19/6/2024
Add an endpoint to return schema dependencies Abierto

delta enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

BlueBrain/nexus#5028 · Abierto el 10/6/2024
Deduplicate and add version validation of imports Abierto

delta enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 42/100

BlueBrain/nexus#5027 · Abierto el 10/6/2024
Keep track of schema and ontology import resolution Abierto

delta enhancement

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 30/100

BlueBrain/nexus#5026 · Abierto el 10/6/2024
Allow to deprecate directories Abierto

delta feature

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

BlueBrain/nexus#4979 · Abierto el 15/5/2024
Allow to tag directories Abierto

delta feature

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

BlueBrain/nexus#4978 · Abierto el 15/5/2024
Allow to update directories via an link operation Abierto

delta feature

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

BlueBrain/nexus#4977 · Abierto el 15/5/2024
Add a fetch endpoint for directories Abierto

delta feature

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 38/100

BlueBrain/nexus#4976 · Abierto el 15/5/2024
Introduce the Directory entity with a link operation Abierto

delta feature

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

BlueBrain/nexus#4924 · Abierto el 2/5/2024
Remove unnecessary polling of statistics endpoint Abierto

fusion

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

BlueBrain/nexus#4913 · Abierto el 30/4/2024
Advanced view disappears when user clicks "fold" in some cases Abierto

fusion

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

BlueBrain/nexus#4905 · Abierto el 25/4/2024
Implement a binary PLY mesh reader and exporter. Abierto

enhancement

BlueBrain/Ultraliser#71 · 1 asignado · Abierto el 12/4/2024
Invalid time since creation/update in resource metadata display Abierto

bug fusion

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

BlueBrain/nexus#4835 · Abierto el 4/4/2024
Traversing links in Fusion's advanced view of a resource resolves view in wrong bucket Abierto

bug fusion

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

BlueBrain/nexus#4834 · Abierto el 4/4/2024
Copying resource tags in fusion Abierto

feature fusion

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

BlueBrain/nexus#4815 · Abierto el 2/4/2024
Where can I find synaptic calcium concentration values in this simulation? Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 30/100

BlueBrain/EModelRunner#104 · 1 comentario · Abierto el 15/3/2024
Add an endpoint to compare two resources Abierto

delta feature

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

BlueBrain/nexus#4787 · 1 reacción · Abierto el 7/3/2024
Investigate if the largest projects can be benefit from further partitioning Abierto

delta investigation

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

BlueBrain/nexus#4786 · Abierto el 7/3/2024
As the user I want to display File/Image Resource and resources with image property in preview plugin Abierto

enhancement fusion

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

BlueBrain/nexus#4761 · Abierto el 28/2/2024
Dataset from Resource doesn't keep LazyActions Abierto

bug Dataset

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 42/100

BlueBrain/nexus-forge#390 · Abierto el 27/2/2024
Further coloring schemes for the analaysis. Abierto

enhancement

BlueBrain/NeuroMorphoVis#207 · 1 asignado · Abierto el 27/2/2024
Remove the custom error / rejection handling for routes in Delta Abierto

delta refactoring and maintenance

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

BlueBrain/nexus#4754 · Abierto el 23/2/2024
Failed download does not set any _last_action Abierto

bug

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

BlueBrain/nexus-forge#385 · Abierto el 19/2/2024
User should be able to find resources when they search by id Abierto

bug fusion

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

BlueBrain/nexus#4744 · Abierto el 19/2/2024
Apply schema mapping to resources Abierto

delta feature

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

BlueBrain/nexus#4704 · Abierto el 29/1/2024
Introduce a schema mapping configuration Abierto

delta feature

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

BlueBrain/nexus#4703 · Abierto el 29/1/2024
Update morphologyviewer plugin in fusion Abierto

fusion fusion-plugin

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

BlueBrain/nexus#4680 · Abierto el 22/1/2024
Show count of triples when querying a sparql view Abierto

feature fusion

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

BlueBrain/nexus#4668 · Abierto el 17/1/2024

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