scverse/annbatch

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Minibatch loading for on-disk anndata files, co-developed by Lamin Labs and scverse

Étoiles: 68
Forks: 6
Issues débutants ouvertes: 0
Issues indexées: 26
Merge moyen: 17 h 33 min
PR mergées (30 j): 8

Langage dominant: Python
Licence: MIT
Dernier push GitHub: 18/9/2026
Dernière indexation: 19/9/2026
Guide de contribution: Guide de contribution
Code de conduite: Code de conduite
Labels débutants: Aucun label débutant indexé

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Ouverte Toutes

25 issues ouvertes indexées

Some bugs I found while reviewing a PR Ouverte

bug

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100

scverse/annbatch#278 · Ouverte le 19/9/2026
`ClassSampler` only draws cat ~ Cats; batch ~ cat; exactly iff `batch_size % chunk_size == 0` Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 35/100

scverse/annbatch#271 · Ouverte le 9/9/2026
Support for non-spatial multimodal data Ouverte

enhancement

scverse/annbatch#266 · 1 commentaire · 2 personnes assignées · Ouverte le 26/8/2026
Possible overflow in np.diff usages with unsigned integers Ouverte

scverse/annbatch#259 · 1 personne assignée · Ouverte le 23/7/2026
Investigate Double Buffering Ouverte

enhancement question

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100

scverse/annbatch#220 · Ouverte le 3/6/2026
Revisit shuffle-before-persist ordering in DatasetCollection writes Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100

scverse/annbatch#194 · Ouverte le 16/4/2026
Validate categorical consistency across all obs columns when building or extending DatasetCollection Ouverte

scverse/annbatch#193 · 6 commentaires · 1 personne assignée · Ouverte le 16/4/2026
Improve `Sampler` Parameter Documentation Ouverte

enhancement

scverse/annbatch#178 · 1 personne assignée · Ouverte le 25/3/2026
Multiple workers with replacement sampling Ouverte

enhancement

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100

scverse/annbatch#173 · Ouverte le 25/3/2026
`hdf5` support via `virtualizarr` Ouverte

enhancement

scverse/annbatch#138 · 1 commentaire · 1 personne assignée · Ouverte le 5/2/2026
Concatenating and other operations without dask Ouverte

enhancement

scverse/annbatch#120 · 1 personne assignée · Ouverte le 22/1/2026
Handling different var spaces in `Loader Ouverte

enhancement

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 30/100

scverse/annbatch#110 · Ouverte le 15/1/2026
Use a buffer pools for reads from disk + in-memory shuffling Ouverte

enhancement

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

scverse/annbatch#105 · Ouverte le 6/1/2026
Supporting multiple `layers`, `X`, `obsm` etc. Ouverte

enhancement

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 30/100

scverse/annbatch#91 · 3 commentaires · Ouverte le 4/12/2025
Questions and deciding between scDataset and annbatch Ouverte

question

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 35/100

scverse/annbatch#90 · 3 commentaires · Ouverte le 3/12/2025
Making the output datasets of `add_to_collection` split-able Ouverte

enhancement

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 35/100

scverse/annbatch#88 · Ouverte le 20/11/2025
Custom indexes Ouverte

enhancement

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 28/100

scverse/annbatch#87 · 3 commentaires · Ouverte le 20/11/2025
Handle categoricals + `obs` better in preprocessing Ouverte

enhancement

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 45/100

scverse/annbatch#84 · Ouverte le 11/11/2025
Outputting Data to Multiple GPUs Ouverte

enhancement

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

scverse/annbatch#56 · Ouverte le 7/10/2025
`Loader` handling of var spaces Ouverte

enhancement

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 35/100

scverse/annbatch#33 · Ouverte le 12/9/2025
Benchmark different compression settings Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 45/100

scverse/annbatch#8 · Ouverte le 24/6/2025
Baseline Benchmarks Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

scverse/annbatch#5 · Ouverte le 20/6/2025
Benchmark randomness vs performance tradeoff Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

scverse/annbatch#4 · Ouverte le 20/6/2025
Improve the shuffling/preprocessing code Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

scverse/annbatch#3 · Ouverte le 20/6/2025
Understand Sparse vs. Dense Tradeoff Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

scverse/annbatch#2 · Ouverte le 20/6/2025

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