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FileNotFoundError in demo_prepare.ipynb

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Avaliação

Dificuldade
2/5
Tempo estimado
1-3 horas
Facilidade para iniciantes
35/100
Tipo de issue
Bug
Clareza
Razoavelmente clara
Status de atividade
Estagnada
Stack de tecnologia
docker, jupyter-notebook, python
Domínio
data-engineering, database

Direção de pesquisa

Comece com notebooks/demo_prepare.ipynb e reproduza a célula 5 no Dev Container. Verifique os caminhos example_data/raw e example_data/processed mencionados no traceback e confirme a etapa esperada de download dos dados nas Instructions do repositório. Está concluído quando EphysRecording.populate for concluído sem FileNotFoundError.

Escrita pelo modelo de indexação a partir do texto da issue.

Descrição

bug

Bug Report

Description

The repo's Instructions say: "We recommend you start by navigating to the notebooks directory on the left panel and go through the demo_prepare.ipynb".
When executing code cell 5 in that notebook

populate_settings = {"display_progress": True}

ephys.EphysRecording.populate(**populate_settings)

a FileNotFoundError occurs.

Reproducibility

Repository environment created with Dev Containers extension.
Navigate to demo_prepare.ipynb notebook, select kernel and execute code.
Error stack:

Output exceeds the [size limit](command:workbench.action.openSettings?[). Open the full output data [in a text editor](command:workbench.action.openLargeOutput?5cae5363-0515-4d6b-9fe4-f0979c9a6448)
---------------------------------------------------------------------------
FileNotFoundError                         Traceback (most recent call last)
Cell In[5], line 3
      1 populate_settings = {"display_progress": True}
----> 3 ephys.EphysRecording.populate(**populate_settings)

File /usr/local/lib/python3.9/site-packages/datajoint/autopopulate.py:241, in AutoPopulate.populate(self, suppress_errors, return_exception_objects, reserve_jobs, order, limit, max_calls, display_progress, processes, make_kwargs, *restrictions)
    237 if processes == 1:
    238     for key in (
    239         tqdm(keys, desc=self.__class__.__name__) if display_progress else keys
    240     ):
--> 241         error = self._populate1(key, jobs, **populate_kwargs)
    242         if error is not None:
    243             error_list.append(error)

File /usr/local/lib/python3.9/site-packages/datajoint/autopopulate.py:292, in AutoPopulate._populate1(self, key, jobs, suppress_errors, return_exception_objects, make_kwargs)
    290 self.__class__._allow_insert = True
    291 try:
--> 292     make(dict(key), **(make_kwargs or {}))
    293 except (KeyboardInterrupt, SystemExit, Exception) as error:
    294     try:

File /usr/local/lib/python3.9/site-packages/element_array_ephys/ephys_acute.py:291, in EphysRecording.make(self, key)
    289 def make(self, key):
    290     """Populates table with electrophysiology recording information."""
...
     43     "No valid full-path found (from {})"
     44     " for {}".format(root_directories, relative_path)
     45 )

FileNotFoundError: No valid full-path found (from [PosixPath('/workspaces/workflow-array-ephys/example_data/raw'), PosixPath('/workspaces/workflow-array-ephys/example_data/processed')]) for subject5/session1
Expected Behavior

The data should be downloaded first then used to populate the database.

Linguagem predominante
Jupyter Notebook
Estrelas
10
Forks
44
Nenhum PR com merge em 30d

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