Find a more suitable name for the pipeline
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Evaluación
- Dificultad
- 5/5
- Tiempo estimado
- Más de una semana
- Aptitud para principiantes
- 18/100
- Tipo de issue
- Refactorización
- Claridad
- Necesita aclaración
- Estado de actividad
- Activo
- Área
- tooling
Línea de trabajo
This is a naming and scope decision, not a code change: the issue asks for a clearer pipeline name and raises whether the project should split into a Tn-seq pipeline and a separate HTTM one. Read the repository description and the linked HTTM paper to understand both halves. Done means maintainers agree on a name and scope, and only then would renaming work across the repository begin. Discuss in the issue thread before writing any changes.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Description of feature
I came up with this name for the event but in fact it is work in progress. It should be as explicit and straightforward as possible. Here are some constraints:
This tool is indeed doing TIS/Tn-Seq (both standard names) analysis, but not solely. We have developped a new experimental methodology AND an analysis on top of it, that we are calling HTTM (published yet not widespread : https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37040373/). It is aiming at digenic interaction discovery and has nothing to do with traditional gene essentiality that is tn-seq. See the pipeline as two halves; a standard/traditional one (TIS/Tn-Seq) and a novel one which extends this approach more than significantly (HTTM).
This may be a whole project scope issue. Maybe the community only needs a tn-seq pipeline by now and we could create another instance for HTTM downstream.
- Lenguaje dominante
- Nextflow
- Estrellas
- 0
- Forks
- 1
- Merge medio
- 10 h 36 min
- PR fusionados (30 d)
- 4
Preparar el entorno
Inicia el contenedor de desarrollo del proyecto en tu navegador, con tu propia cuenta de GitHub.
- Sin Dockerfile ni archivo de Docker Compose
- Tiene una plantilla de pull request
- Leer la guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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