Replace the template conf/test_full.config
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Evaluación
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Aptitud para principiantes
- 48/100
- Tipo de issue
- Nueva funcionalidad
- Claridad
- Bastante claro
- Estado de actividad
- Activo
- Área
- build-system
Línea de trabajo
Start by reading conf/test_full.config, then trace the test_full profile in nextflow.config and its use in .github/workflows/awsfulltest.yml. Decide whether a public full-size Tn-seq dataset can supply input, genome_fasta and genome_features, or whether to remove the config, profile and workflow together. Done means -profile test_full works with valid inputs or all three pieces are removed.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Part of #5.
conf/test_full.config is still the nf-core template: it points at viralrecon test data and sets a fasta parameter this pipeline doesn't have, so -profile test_full can't work. It is wired into nextflow.config (the test_full profile) and .github/workflows/awsfulltest.yml.
Either replace it with a real, public, full-size Tn-seq dataset (input, genome_fasta, genome_features), or remove the config, the profile and the workflow together.
- Lenguaje dominante
- Nextflow
- Estrellas
- 0
- Forks
- 1
- Merge medio
- 7 h 36 min
- PR fusionados (30 d)
- 3
Preparar el entorno
Inicia el contenedor de desarrollo del proyecto en tu navegador, con tu propia cuenta de GitHub.
- Sin Dockerfile ni archivo de Docker Compose
- Tiene una plantilla de pull request
- Leer la guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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