Add an example SLURM config and remove the hardcoded cluster profiles
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Evaluación
- Dificultad
- 3/5
- Tiempo estimado
- 1-2 días
- Aptitud para principiantes
- 68/100
- Tipo de issue
- Nueva funcionalidad
- Claridad
- Bien especificado
- Estado de actividad
- Activo
- Área
- devops
Línea de trabajo
Start with nextflow.config and docs/usage.md to see how the existing profiles are defined and documented. Add a documented example SLURM config with the requested placeholders, update or remove the cluster specific profiles, and explain the multi-thread mode, light sbatch driver job, and nf-core/configs guidance. Done when the example is referenced in the usage docs and the documented setup matches the tested -c slurm.config workflow.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Part of #5.
The slurm, local and modules profiles in nextflow.config are hardcoded to one cluster (partitions bio,c-3t,cpubase, module load apptainer/1.3.5, mugqic/* modules), so -profile slurm fails elsewhere.
- Add a documented example config (placeholders for partition, account, container-engine module,
resourceLimits,queueSize) and reference it fromdocs/usage.md. - Remove or rewrite the three cluster-specific profiles.
- Document how to combine it with
execution_mode: multi_thread, and how to run the Nextflow driver as a lightsbatchjob. - For institutions: point to nf-core/configs.
Tested on a real SLURM cluster with -c slurm.config and execution_mode: multi_thread.
- Lenguaje dominante
- Nextflow
- Estrellas
- 0
- Forks
- 1
- Merge medio
- 10 h 36 min
- PR fusionados (30 d)
- 4
Preparar el entorno
Inicia el contenedor de desarrollo del proyecto en tu navegador, con tu propia cuenta de GitHub.
- Sin Dockerfile ni archivo de Docker Compose
- Tiene una plantilla de pull request
- Leer la guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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