Find a more suitable name for the pipeline
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評価
- 難易度
- 5/5
- 見積もり時間
- 1週間以上
- 初心者へのやさしさ
- 18/100
- issue の種類
- リファクタリング
- 明瞭さ
- 説明が足りない
- 活発さ
- 活発
- 領域
- tooling
調査の方向性
This is a naming and scope decision, not a code change: the issue asks for a clearer pipeline name and raises whether the project should split into a Tn-seq pipeline and a separate HTTM one. Read the repository description and the linked HTTM paper to understand both halves. Done means maintainers agree on a name and scope, and only then would renaming work across the repository begin. Discuss in the issue thread before writing any changes.
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Description of feature
I came up with this name for the event but in fact it is work in progress. It should be as explicit and straightforward as possible. Here are some constraints:
This tool is indeed doing TIS/Tn-Seq (both standard names) analysis, but not solely. We have developped a new experimental methodology AND an analysis on top of it, that we are calling HTTM (published yet not widespread : https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37040373/). It is aiming at digenic interaction discovery and has nothing to do with traditional gene essentiality that is tn-seq. See the pipeline as two halves; a standard/traditional one (TIS/Tn-Seq) and a novel one which extends this approach more than significantly (HTTM).
This may be a whole project scope issue. Maybe the community only needs a tn-seq pipeline by now and we could create another instance for HTTM downstream.
- 主要言語
- Nextflow
- スター
- 0
- フォーク
- 1
- 平均マージ
- 7時間 36分
- マージ済み PR（30日）
- 3
環境構築
このプロジェクトの開発コンテナを、あなたの GitHub アカウントでブラウザ上に起動します。
- Dockerfile・Docker Compose ファイルなし
- プルリクエストのテンプレートあり
- コントリビューションガイドを読む
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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