Report modifications only matching cannonical reference base
まだ誰も着手していません。
評価
- 難易度
- 3/5
- 見積もり時間
- 1〜2日
- 初心者へのやさしさ
- 68/100
- issue の種類
- 機能追加
- 明瞭さ
- おおむね明確
- 活発さ
- 活発
- 技術スタック
- rust
- 領域
- bioinformatics, cli
調査の方向性
Start at the modkit pileup command and trace its existing option handling and reference-base lookup. Use the issue’s example and the supplied FASTA context to define which modification calls match the canonical reference base. Done means an option can filter out non-matching calls without requiring manual post-processing.
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Hi, could you please add an option to modkit pileup so it reports only modifications matching canonical reference base?
For example, running all RNA modifications, we get unexpected calls, especially at positions with high coverage.
5S 11 12 m 77 + 11 12 255,0,0 77 11.69 9 67 1 264 7 42 0 <-- unexpected call with 11.69% modification
5S 11 12 19228 77 + 11 12 255,0,0 77 1.30 1 67 9 264 7 42 0
5S 11 12 17802 7584 + 11 12 255,0,0 7584 0.82 62 7341 181 264 35 14 0
5S 11 12 19227 7584 + 11 12 255,0,0 7584 2.39 181 7341 62 264 35 14 0 <-- T modification with 2.39% modification
Filtering them out isn't trivial for transcripts with highly variable coverage without looking up reference base in the FastA.
cheers!
- 主要言語
- Rust
- スター
- 280
- フォーク
- 35
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
環境構築
このプロジェクトには開発コンテナ、Dockerfile、コントリビューションガイドがありません。まず README を読み、一般的な手順ははじめてのコントリビューションガイドを参照してください。
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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