Report modifications only matching cannonical reference base
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Valutazione
- Difficoltà
- 3/5
- Tempo stimato
- 1-2 giorni
- Idoneità per principianti
- 68/100
- Tipo di issue
- Funzionalità
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Stato di attività
- Attiva
- Stack tecnologico
- rust
- Ambito
- bioinformatics, cli
Direzione di ricerca
Start at the modkit pileup command and trace its existing option handling and reference-base lookup. Use the issue’s example and the supplied FASTA context to define which modification calls match the canonical reference base. Done means an option can filter out non-matching calls without requiring manual post-processing.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Hi, could you please add an option to modkit pileup so it reports only modifications matching canonical reference base?
For example, running all RNA modifications, we get unexpected calls, especially at positions with high coverage.
5S 11 12 m 77 + 11 12 255,0,0 77 11.69 9 67 1 264 7 42 0 <-- unexpected call with 11.69% modification
5S 11 12 19228 77 + 11 12 255,0,0 77 1.30 1 67 9 264 7 42 0
5S 11 12 17802 7584 + 11 12 255,0,0 7584 0.82 62 7341 181 264 35 14 0
5S 11 12 19227 7584 + 11 12 255,0,0 7584 2.39 181 7341 62 264 35 14 0 <-- T modification with 2.39% modification
Filtering them out isn't trivial for transcripts with highly variable coverage without looking up reference base in the FastA.
cheers!
- Lingua principale
- Rust
- Stelle
- 280
- Fork
- 35
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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