modkit's pileup is unresponsive.
Nadie ha tomado este issue todavía.
Evaluación
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Aptitud para principiantes
- 25/100
- Tipo de issue
- Error
- Claridad
- Necesita aclaración
- Estado de actividad
- Estancado
- Stack tecnológico
- rust
- Área
- bioinformatics, cli
Línea de trabajo
The report provides a minimap2, samtools, and modkit pileup command plus a progress excerpt; start by reproducing the command and reviewing how the pileup CLI handles the BED and reference inputs. Done means identifying why no rows are written and documenting or fixing the observed behavior.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
I have been using modkit's pileup command to generate whole-genome methylation levels; however, after running for 10 hours, no output has been produced. I would appreciate it if anyone could let me know if there is an error in my command.
"minimap2 -ax map-ont myreference all.fastq (bam from dorado to fastq) -y -t 50 | samtools view -o aligned.bam
samtools sort -o aligned.sorted.bam aligned.bam
samtools index aligned.sorted.bam
modkit pileup aligned.sorted.bam ceshi.bed2 --ref myreference -t 50”
discarded 0 contigs with zero aligned reads
attempting to sample 10042 reads
using general workers
[00:00:00] ---------------------------------------- 0/300000000 genome positions 0/s 0s
0 rows written
0 ~records errored
- Lenguaje dominante
- Rust
- Estrellas
- 276
- Forks
- 33
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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