modkit's pileup is unresponsive.
まだ誰も着手していません。
評価
- 難易度
- 4/5
- 見積もり時間
- 3〜5日
- 初心者へのやさしさ
- 25/100
- issue の種類
- バグ
- 明瞭さ
- 説明が足りない
- 活発さ
- 停滞
- 技術スタック
- rust
- 領域
- bioinformatics, cli
調査の方向性
The report provides a minimap2, samtools, and modkit pileup command plus a progress excerpt; start by reproducing the command and reviewing how the pileup CLI handles the BED and reference inputs. Done means identifying why no rows are written and documenting or fixing the observed behavior.
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
I have been using modkit's pileup command to generate whole-genome methylation levels; however, after running for 10 hours, no output has been produced. I would appreciate it if anyone could let me know if there is an error in my command.
"minimap2 -ax map-ont myreference all.fastq (bam from dorado to fastq) -y -t 50 | samtools view -o aligned.bam
samtools sort -o aligned.sorted.bam aligned.bam
samtools index aligned.sorted.bam
modkit pileup aligned.sorted.bam ceshi.bed2 --ref myreference -t 50”
discarded 0 contigs with zero aligned reads
attempting to sample 10042 reads
using general workers
[00:00:00] ---------------------------------------- 0/300000000 genome positions 0/s 0s
0 rows written
0 ~records errored
- 主要言語
- Rust
- スター
- 276
- フォーク
- 33
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
環境構築
このプロジェクトには開発コンテナ、Dockerfile、コントリビューションガイドがありません。まず README を読み、一般的な手順ははじめてのコントリビューションガイドを参照してください。
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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