modkit's pileup is unresponsive.
Nessuno ha ancora preso questa issue.
Valutazione
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Idoneità per principianti
- 25/100
- Tipo di issue
- Bug
- Chiarezza
- Da chiarire
- Stato di attività
- Ferma
- Stack tecnologico
- rust
- Ambito
- bioinformatics, cli
Direzione di ricerca
The report provides a minimap2, samtools, and modkit pileup command plus a progress excerpt; start by reproducing the command and reviewing how the pileup CLI handles the BED and reference inputs. Done means identifying why no rows are written and documenting or fixing the observed behavior.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
I have been using modkit's pileup command to generate whole-genome methylation levels; however, after running for 10 hours, no output has been produced. I would appreciate it if anyone could let me know if there is an error in my command.
"minimap2 -ax map-ont myreference all.fastq (bam from dorado to fastq) -y -t 50 | samtools view -o aligned.bam
samtools sort -o aligned.sorted.bam aligned.bam
samtools index aligned.sorted.bam
modkit pileup aligned.sorted.bam ceshi.bed2 --ref myreference -t 50”
discarded 0 contigs with zero aligned reads
attempting to sample 10042 reads
using general workers
[00:00:00] ---------------------------------------- 0/300000000 genome positions 0/s 0s
0 rows written
0 ~records errored
- Lingua principale
- Rust
- Stelle
- 274
- Fork
- 33
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Non abbiamo ancora controllato i file di configurazione di questo progetto. Parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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